ブウに懐いた子犬が、悪党に撃たれて激怒したサタンは悪党に鉄拳制裁を加える。子犬は、ブウの不思議な力で元気な姿を取り戻す。平和な日常が戻った矢先、今度はサタンが悪党に撃たれてしまい…。

魔人ブウが2人に分裂した。無邪気なブウは一方の純粋悪のブウに闘いを挑むが力及ばず、最後に相手をチョコにする光線を放つ。だが、跳ね返されて逆にチョコにされてしまい、無邪気なブウは食べられてしまう。

ピッコロは悟天とトランクスが修業する時間を稼ぐために、ブウが地球人を皆殺しにした後での戦いを提案する。ブウは無数の気弾で瞬く間に人類を駆逐。ピッコロは、ブウに1時間の猶予をもらうことにして…。

ピッコロは精神と時の部屋へ遠回りしながらブウを案内。そして、悟天とトランクスは、完璧なフュージョンでゴテンクスに変身したのだが、繰り出す技がブウには効かない。そこでゴテンクスは、超ゴテンクスとなる。

ギャラクティカドーナツをやぶられた超ゴテンクスは、スーパーゴーストカミカゼアタックをブウに仕掛けた。ブウはオバケに触れて大爆発するが、飛び散ったブウの肉片から煙が湧き上がり、ブウは再生してしまう。

ピッコロは、精神と時の部屋の出入り口を爆破。ゴテンクス、ピッコロと一緒に閉じ込められたブウは、お菓子が手に入らないので大激怒。怒りの大声で精神と時の部屋の空間に穴を空けて脱出してしまう。

ブウに続き、ゴテンクスたちも精神と時の部屋から脱出したのだが、仲間たちはブウに食べられてしまっていた。怒ったゴテンクスは、ブウをボールにし、ピッコロとブウをバレーボールのように地上に叩きつける。

ゴテンクスがブウにとどめを刺そうとした時、時間切れで超サイヤ人3から通常のゴテンクスに戻ってしまい、フュージョンまで解けてしまう。その頃、界王神界では老界王神による悟飯のパワーアップが完了していた。

パワーアップした悟飯はブウを圧倒。追い詰められたブウは大爆発する。間一髪、悟飯は悟天たちと避難したが、ブウは姿をくらましてしまう。ブウがいない間に、悟飯たちはデンデとミスター・サタンを見つけ…。

再び悟飯たちの前に現れたブウは、悟天とトランクスを闘う相手に指名。指名された2人は超サイヤ人3に変身。ゴテンクスが攻めようとすると、アメーバ状になったブウの体の一部がゴテンクスとピッコロを吸収する。

悟空は悟飯を救出し、悟飯と合体するためにポタラを投げ渡すが、悟飯は受け損ね、ブウに吸収されてしまう。悟空は合体相手を探すが、それがいない。その時、ベジータが地球に到着し、悟空と共にブウと闘うが…。

悟空とベジータが合体して、究極戦士・ベジットが誕生。ブウのエネルギー弾を跳ね返し、圧倒する。ベジットはさらに進化し、超ベジットとなった。ベジットのビッグバンアタックを受けて、ブウは瀕死となる。

ブウはスーパーゴーストカミカゼアタックでかめはめ波と魔閃光のダブル攻撃を仕掛けるが、ベジットは回避。窮地のブウはベジットをキャンディーにしてしまうが、宇宙一強いアメ玉のベジットにブウは叩きのめされる。

ブウはベジットを吸収するが、これは悟飯たちを救出するためのベジットの作戦だった。だが、ブウの体内でポタラによる合体が解け、悟空とべジータは元の姿になる。さらにベジータがポタラを破壊してしまい…。

ブウの体内で悟空たちは、ブウの分身に苦戦する。焦った悟空はエネルギー弾を乱射するがその流れ弾が、吸収され繭に包まれた太っちょのブウに当たりそうになった時、ブウの分身が遮る。ベジータは、繭を引きちぎり…。

邪悪なブウは、創造者・ビビディも制御不能となった。だが大界王神を吸収したブウは、彼の優しい性格と体型を受け継ぐ。そして、体内の太っちょのブウが引きちぎられたことによって再び凶悪な魔人に戻ったのだ。

悟空はブウと決着をつけようと気を高め、ブウを界王神界に呼び込む。悟空とベジータはじゃんけんでブウと闘う順番を決めることになった。そして、じゃんけんに勝った悟空は、全宇宙の命運を懸けてブウに挑む。

ブウと戦って力尽きた悟空を休ませるために出撃するベジータ。だが、力の差は歴然としていた。今度はベジータを救うべく悟空が割って入る。ベジータは悟空の姿を目の当たりにして、その強さを認めることになった。

ブウを倒すには、悟空が溜め込んだ気で消し去るしかない。そのための時間は1分。ベジータはその時間を稼ごうとするが、ブウの攻撃に防戦一方だった。1分が経過しても、悟空の気は十分ではなく…。

ブウが太っちょのブウを吐き出した。太っちょのブウが邪悪なブウを食い止める中、悟空は力が抜けて超サイヤ人3の変身が解けてしまう。そこでベジータはナメック星のドラゴンボールで、人々を生き返らせようとする。

ポルンガの力で地球が復活し、人々も蘇った。ベジータは悟空に元気玉を作らせ、地球人たちに力を貸せとメッセージを送る。悟飯たちの気で元気玉は膨れるが、悟空の仲間たち以外はほとんど元気を分けてくれない。

ベジータの呼び掛けを信用しない地球人だったが、ミスター・サタンの一喝で気を送り始めて、元気玉が完成した。悟空は元気玉をブウに放とうとするが、ベジータが近くに倒れているために放てないでいると…。

悟空はブウにめがけて元気玉を放つが、押し戻されてしまう。このピンチにベジータが、ポルンガへの3つ目の願いによって、悟空の体力を回復させる。悟空は渾身の力で元気玉をブウにぶつけ、ブウは完全に消滅した。

ブウとの闘いから10年後。悟飯とビーデルが結婚し、娘のパンは4歳になった。悟空、ベジータ、悟天、トランクス、そしてパンも天下一武道会に参加することを決意。悟空は、ウーブという少年と闘いたいと思い…。

天下一武道会の第1試合ではパンが勝利。次戦は悟空対ブウの生まれ変わりの少年・ウーブだ。ウーブは悟空と互角に渡り合う。その力を認めた悟空は、ウーブを鍛えるために2人で修行の旅に出ることにする。