L’Agente Claire Bennigan sta indagando su una bimba di sei anni che ha tentato di uccidere la madre e capisce che una persona misteriosa di nome Drill sta manipolando i bambini. Nel frattempo, l'agente del Dipartimento della Difesa Wes Lawrence è inviato nel deserto del Sahara dove un F22 scomparso, pilotato da Sean - marito di Claire - si è incagliato in una strana struttura di origine aliena.

Mentre Drill continua a manipolare i bambini, Claire e Jessup scoprono che Sean è stato all’ospedale ed è l’uomo descritto dalla signora Bellings. Nel frattempo, l'FBI scopre che una violazione al suo server è partita dal computer di Wes.

Sean prende la dottoressa Maria Benavidez in ostaggio e una misteriosa entità lo guida in un luogo segreto, nel frattempo Claire e Wes indagano per scoprire il suo prossimo obbiettivo.

Minx cerca di convincere Henry a giocare ancora con Drill, Claire e Wes devono correre contro il tempo per cercare di evitare che Sean provochi un incidente che potrebbe causare milioni di morti.

Wes scopre un indizio che lo riporta a Mali, senza sapere che si tratta di una trappola di Drill. Claire parla con Sean cercando di fargli ritornare la memoria raccontando avvenimenti vissuti insieme. Lena osserva Minx per capire se Drill sta ancora comunicando con lei.

Claire e l’FBI decidono di parlare con un gruppo di ragazzi che sono stati contattati da Drill per capirne di più; Wes porta con se la roccia recuperata nel Mali e Sean ne avverte il richiamo e l’influenza che esercita su di lui.

Drill prende di mira un membro della famiglia del Presidente. Intanto Sean deve affrontare seriamente la minaccia di finire in prigione.

Quando diventa chiaro che Drill non è stato distrutto con la roccia, Claire e Sean cercano Thomas, un uomo che ben trent’anni prima ha dovuto affrontare Drill con conseguenze disastrose, ma potrebbe avere la soluzione per sconfiggerlo.

Claire, Sean e Wes cercano di mantenere vivo Thomas Harcourt, nella speranza che possa fornire informazioni sull’obiettivo finale di Drill. Tuttavia, Drill ha preparato un nuovo piano per uccidere il suo ex "amico".

La squadra tenta di intrappolare Drill ed ucciderlo una volta per tutte drenando la sua energia, ben sapendo che se il tentativo andrà male la vendetta di Drill non tarderà a manifestarsi.

Wes convince il Presidente a radunare tutti i bambini in una zona protetta, nella speranza di indebolire Drill; tuttavia, l’entità aliena riesce ad infiltrarsi nella stazione di quarantena.

Drill si impossessa di uno dei bambini, la squadra deve capire chi è la vittima, la paura e la confusione aumenta. Wes cerca di salvare Minx, mentre Sean fa un patto con Goetz.

Drill si prepara a mettere in opera la sua ultima mossa. Claire, Sean e Wes si mettono in moto per fermarlo prima che raggiunga il suo scopo, ma potrebbe essere ormai troppo tardi.