中原の大国パルスの王太子・アルスラーンは、御年11。老大将軍をはじめとする臣下の者に囲まれ、穏やかな時間を過ごしていた。しかし、市中散策の最中、アルスラーンは、脱走した捕虜の少年に捕まり、人質として連れ去られてしまう。それは、アルスラーンにとって、新たな世界との最初の出会いだった……。

14歳になったアルスラーン王太子は初陣の日を迎えていた。戦場には歴戦の勇士が集い、パルス王国の勝利は確実と思われた。しかし、王子は晴天の空から舞い戻った愛鷹の濡れた羽根を訝しみ、心を騒がせる。そして戦いが始まる。パルス軍を待ち受けていたのは、敵の仕掛けた巧妙な罠だった。戦いの行方はいかに――！

混迷を極める戦場で、部下をすべて失ったアルスラーンは、ひとり強敵にまみえ、死の恐怖に直面していた。窮地に立った王子を救うため、黒衣の騎士は霧と炎に包まれた戦場を駆ける。一方、アンドラゴラスは部下の進言を受け、自身にとって初めての退却の道を選ぶ。無敵の王が敗走したとの報は、すぐさま戦場に響き渡り、兵達の心を挫くのだった。そして王の退路には、銀仮面の男が立ち塞がった……。

アルスラーンとダリューンが向かったのは、ダリューンの友で、訳あって隠遁中の知者・ナルサスと、その従者の少年・エラムの住まう土地だった。ナルサスの武勇伝を聞いたアルスラーンは、力を貸してほしいと願い出る。世俗と関わることを嫌うナルサスの心は動かないように思われた。アルスラーンの提案を聞くまでは……。

先の会戦において大敗を喫したのち、パルス王国の都は敵国の大群に包囲された。敵国の聖職者は、王国民に魅せつけるかのように、捕虜となったパルスの将軍に対して残忍な辱めを行おうとする。あたりに響く捕虜の叫び。そのとき、はるか遠方より放たれた一筋の矢が、空を切り裂いた。矢の射手は、琵琶を携えた謎の男。その名は、ギーヴ。

アルスラーン一行が決起のときを探る中、王都では、敵国の誘いに応じた奴隷が反乱を起こし、内側から守りが崩壊しつつあった。力で抑えようと試みても、圧倒的な数を誇る奴隷たちの勢いはとどまることを知らず、都の治安は悪化するばかり。その混乱の渦中に身を置いていたギーヴは、宰相から直々に、王妃を城外の安全な場所まで逃すという依頼を受ける。

パルスの王都がついに陥落した。異教徒の存在を認めない敵国の兵は、人々を容赦なく蹂躙する。殺戮ののち、王都へと姿を現した敵国の王は、捕らえたパルスの王妃に、ひと目で心奪われてしまう。また、パルスを裏切り、敵国に身を寄せた将であるカーラーンは、新たな動きを見せることに。一方、王都をあとにしたギーヴは旅の途上で、絶世の美女ファランギースと出会う。

アルスラーンの行方を追うカーラーンは、一行の居場所に関する手がかりを手に入れる。北の山岳で、王子を助けるためにやってきた女神官・ファランギースと、彼女に惚れ込んで同行してきたギーヴがナルサスと合流した直後、アルスラーンとカーラーンはついに相まみえる。味方５人、敵は1000人。圧倒的な軍勢を前に、アルスラーンたちがとった作戦とは……！？

カーラーンの最期の言葉を確かめるため、ダリューンとナルサスは、敵の手に落ちたかつてのパルス王都へと潜入する。そこでふたりが見たものは、思わず顔をしかめるような、非道かつ醜悪な敵の振る舞いだった。一方、残された4人は、敵に備えながら森の中に身を隠していた。しかし、水を汲みに出かけたアルスラーンは、偶然目撃した、敵兵による略奪を見過ごすことができず、思わず飛び出してしまう。そして彼は、意外な人物と、思わぬ形での再会を果たす。

舞い戻ったダリューンとナルサスの話を聞いたアルスラーンは、王都奪還を目指し、新たな行動に出る。まず一行が目指すのは、パルスの東の拠点・ペシャワール。しかし道中、敵の大軍に見つかってしまい、一旦、カシャーン城塞へと身を寄せることに。城塞を治める将軍から、盛大にもてなされるアルスラーンたち。だが、その歓待の裏には、将軍の醜い思惑が……。

敵国に支配されたパルス王都は、聖職者の横暴によってさらなる混迷を極めていた。その渦中で、銀仮面卿――ヒルメスは、みずからの野望のため、密かに策謀を巡らせる。一方、ペシャワールを目指すアルスラーンたちは、旅路の途中で敵の襲撃を受ける。ダリューンに迫る、怒りを宿した敵将の刃……。

混戦の中、アルスラーンたちと分断されてしまったナルサスは、ペシャワールへの最短の道を通るため、勇猛さで知られるゾット族の縄張りに足を踏み入れていた。そこでアルスラーンを追って来たヒルメスの部隊とゾット族とのいさかいの場面を目撃した彼は、途中で戦いに割り込み、窮地に陥ったゾット族族長の娘・アルフリードを助けるのだった。

無事合流に成功したアルスラーン、ダリューン、エラム、ギーヴ、ファランギースの5人は、ペシャワールまであと少しのところで、ふたたび追手の激しい攻撃を受けていた。さすがの面々も焦り見せ始めたころ、懐かしい鷹の飛来とともに、アルスラーンの視界に二人の勇者の姿が映る。かくして、目的の土地にようやく辿り着いたアルスラーンたちだったが、 そこには困惑の種となるひとりの少女が待っていた。

一難去ってまた一難――東方の大国であるシンドゥラが、国境を越えてパルスへと侵攻してきた。ペシャワールへと迫るシンドゥラ5万の大軍を迎え撃つ、アルスラーンたちパルスの兵は、わずか1万。しかしパルスには、ナルサスの智略と、ダリューンたち無双の戦士がいる。かくして、戦端はひらかれた……！

アルスラーン率いるパルス軍は、同盟を結んだラジェンドラの軍とともに、シンドゥラの都を目指していた。道中の戦いで、パルスの将たちの高い実力をあらためて目にしたラジェンドラは、兵を二手にわけ、挟み撃ちをかける作戦を持ちかける。その提案を受けることにしたアルスラーンたちだが、案内役としてやってきたラジェンドラの部下、ジャスワントの様子は、どこか謎めいていた。

常勝無敗を誇ったアンドラゴラスですら正面からの戦いを避けたという、シンドゥラの誇る「戦象部隊」が、ついに動き出した。さらに、シンドゥラ軍の戦力はおよそ15万、アルスラーンたち連合軍の戦力は6万と、戦況は圧倒的に連合軍が不利。だが、秘策を持ったアルスラーンと仲間たちの表情は崩れない。

神前決闘。それは、決闘の勝者を神々の名において正義と認める、シンドゥラの特殊な裁判である。シンドゥラ王の決定により、次期国王位をめぐるいさかいは、神前決闘によって収められることとなった。アルスラーンは、ラジェンドラからその戦いにダリューンを自身の代理を務める戦士として貸して欲しいと頼まれ、了承する。おそるべき相手が待ち受けるとも知らずに……。

神前決闘は終わり、シンドゥラの次期王位をめぐる争いはひとまずの終わりを迎えた。そのときを待ったかのようにシンドゥラ王は静かに息を引き取り、ラジェンドラが新たな王として即位する。事の顛末を見届けたアルスラーンは、パルスへの帰還を決意する。そんなアルスラーンに、ラジェンドラは返礼を申し出る。

シンドゥラでの戦いを無事に乗り切ったアルスラーンは、旅先で得た新たな同志をともない、ペシャワール城へと帰還する。そのころ、銀仮面卿ことヒルメスは、イノケンティス王に愛想を尽かし、聖堂騎士団を連れてエクバターナを飛び出したボダンの討伐を命じられていた。策謀を胸に秘めつつ、ボダンの立て籠もる城を目指すヒルメス一行。その耳に、すさまじい武勇を誇る、不思議な旅人の噂が飛び込んでくる。

王太子アルスラーンの名にもとづき、「ルシタニア追討令」と「奴隷制度廃止令」が発された。それを受け、アルスラーンの下に、各地から数多くの諸侯や武将たちが集うが、裏にはさまざまな思惑がある様子。さらに、大勢の人間が集まるということは、これまでには考えられなかったようないさかいが、軍の中で起こりかねないということでもあった。騒動を事前に収めるため、ナルサスは策を講じるが……。

ついに、王都奪還に向けた出陣を決意したアルスラーン。ペシャワール城内は戦の準備で活気づく。しかし、そんな空気の中、以前よりアルスラーンの下に付き従っていた仲間たちと、ルシタニア追討令を受けて新たに集った将のあいだで、揉め事が生じてしまう。ひとまずはナルサスのとりなしで事態を収めたものの、争いの火種はくすぶったまま。そして決起集会の最中、ギーヴの言葉で、軍に決定的な亀裂がはしる。やむなくアルスラーンは、彼を軍から追放することに……。

王都を目指し、アルスラーンの進軍は続く。その手勢は６万だといわれている。これに対し敵国は、10万の兵を持って応じることを決定する。兵を率いる将には、ヒルメスが抜擢された。

しかし、それは必ずしも、彼に対する敵国の王たちの信頼を意味せず、兵の中にも、彼を含む元パルスの兵たちを心良く思わない者は数多いのだった。かくして、両軍激突のときは近づく！

聖マヌエル城にて、アルスラーン率いるパルス軍と、ヒルメス率いるルシタニア軍の戦いの火蓋が、ついに切って落とされた。戦いの中、将たちの胸には、さまざまな思いが湧き上がる。そして、戦闘開始から数刻。戦況は、大きな動きを見せる。

アルスラーン軍の本陣を襲撃したルシタニアの将。それは、パルスの城内で幼いアルスラーンが出会い、その後、幾度も運命的な邂逅を果たした人物――エトワールだった。敵味方の立場を超え、心を通わせたと思った相手が、憎むべきパルスの王太子であった……そんな意外な真実を受け止めきれず、とまどい、猛るエトワール。その荒ぶる刃が、アルスラーンへと迫る。

戦いは終わった。敵も、そしてもちろん、アルスラーンの仲間たちも、多くの犠牲を払った、激しい戦いだった。勝利の美酒に酔いながら、傷ついた心身を休ませるパルスの将兵たち。穏やかな空気の中、アルスラーンは、ある思いを胸に、とらえた捕虜の元を訪れる……。

聖マヌエル城での戦いから一ヶ月。パルスでは未だ終わりの見えない戦乱が続いていた。 ルシタニアの侵攻によって生じたパルス国内の隙を突き、ペシャワール城砦に攻め込む遊牧国家トゥラーンの軍勢。パルスの兵たちは懸命に持ちこたえているものの、圧倒的な数の敵を前に、もはやその命は風前の灯。しかしそのとき、一迅の黒い風が戦場を駆け抜け、トゥラーン兵たちを次々と切り伏せる。続いて響く、涼やかで力強い「ヤシャスィーン！」の声。アルスラーンとその仲間たちが、帰ってきたのだ。

ペシャワール城砦を窮地から救うことに成功したアルスラーンたち。しかしトゥラーン軍にも国王トクトミシュの率いる後発の大部隊が合流し、戦端は閉じる気配を見せない。そんな折、ペシャワール城砦に捕えられていたトゥラーンの将ジムサが逃げ出し、トクトミシュの元にパルス軍の貴重な情報をもたらす。攻め時と見たトクトミシュは、卑劣な手段を用意して、アルスラーンの前に姿をあらわすのだが……。

ボダンの足取りを追う行軍の途中、夜盗の凶状を目撃したヒルメスは、襲われている馬車の中に意外な人物の姿を見つけ、思わず助けに入ってしまう。そして訪れる、突然の再会。ヒルメスの胸に去来するのは、恥辱に塗れた雌伏の日々と、ほのかな安らぎの記憶だった。一方その頃、ペシャワール城塞で王位に復帰したアンドラゴラスは、アルスラーンに対してねぎらいの言葉をかけることすらなく、理不尽な命令を下していた。パルス軍に広がる波紋……。

アンドラゴラス王の命を受け、ペシャワール城塞を旅立ったアルスラーンたちは、一路、南を目指して馬を進める。路の途上で出会ったゾット族の助けも得て、無事、ギランへと辿り着いた一行は、活気あふれる街の風景に心躍らせる。さらに、ナルサスの旧友・シャガードからの歓待を受け、しばしの安息を手にするのだった。だがしかし、噂ではそんな街にも平和を脅かす存在があるのだという。商船を襲う、神出鬼没の海賊たちだ。

ギランの付近で海賊に襲われていた商船「勝利」号を助けたダリューンたち。その船長であるグラーゼは気持ちの良い海の男で、命の恩人の主であるアルスラーンが５万人の兵を求めていることを聞き、持てる財力を駆使した惜しみない協力を申し出る。そうした申し出を受けてナルサスは、どこか不審な様子を見せているギランの総督・ペラギウスに対し、ちょっとした策を仕掛けようと試みるのだった。

ルシタニアの支配によって、すっかり荒廃してしまった王都エクバターナ。アンドラゴラスの逃亡をきっかけとして国の実権は王弟のギスカールが握り、国王であるイノケンティスは幽閉状態にある。そんな状態にあっても尚、ギスカールは厄介な王を亡き者とする機会を虎視眈々と狙っていた。そんな彼の前に、イノケンティスに対して恨みを持つイリーナ姫と、何も知らない愚直な少女・エトワールという、謀殺のための格好の存在があらわれた。

捕えた海賊から、とある島に隠された古（いにしえ）の財宝の情報を聞き出したアルスラーンは、ダリューンとナルサスの率いる軍を島へと送り込む。しかしその情報は、海賊たちと通じたシャガードによる罠だった。頼りがいのあるふたりの将が不在となり、手薄になったアルスラーンの陣。その隙を突き、シャガードの率いる大量の海賊たちが、どこからともなく姿を現す。突然の敵襲によって、窮地に陥った王太子の命運や、いかに!?

エトワールとの再会。それは、アルスラーンに思わぬ事態の到来を告げるものであった。ルシタニア軍の実権をもはや完全に掌握したギスカール、パルスの王位継承という悲願の達成を目指すヒルメス……これまで、その野心を内に秘めていた男たちが、ついにその本性を露わにし始める。さらにアンドラゴラスも、王都奪還に向けて動き出した。パルスの地に吹き荒れる戦の風は勢いを増し、嵐へと転じようとしている。そのとき、アルスラーンの胸に去来する思いは……。