中学校の入学式当日。さっそく寝坊したエレンはミカサの声で目が覚める。慌てて家を駆けだしたエレンは、同じ中学校の一年生らしき生徒達と出会いがしらに次々とぶつかってしまい、追いかけられたり吹き飛ばされたりしながら、巨大な建物の前へと辿りつく。そここそ、彼らが入学する進撃中学校。響くチャイムの音に教室へと急ぐ一同。しかし、周囲の様子が何かおかしい。そんな中、扉を開けたエレンの頭上に巨大な何かが落下する！

寒さを理由に、一度も登校してない極度の寒がりアルミン・アルレルト。その入部届けを回収するため、肉まん片手にアルミンの家へと向かったエレンとミカサは巨人に襲われる。奪われた肉まんを取り戻そうとするエレンだったが、その拳は巨人に届かない。あれでは肉まんが冷めてしまう。そう判断したミカサが助けに入ろうとした瞬間、突如現れた人影がハリセン一閃、巨人をしばく。羨望の眼差しで見上げたエレンの目に映ったものは？

エレンのせいで好物を「もずく」と偽るはめになったアニ・レオンハートは、ドッジボール大会でエレンを倒すと宣言する。しかし大会当日、1年4組Aチームはエレンの寝坊により危機を迎えていた。大会参加条件はチームメイトの全員参加。エレンの不在を隠すAチームは、朝から一定時間エレンと会えないとスペックが30％に落ち込むミカサが戦力外になるなど苦戦続き。アニとの対決は実現するのか、その前にエレンは起きられるのか？！

強制的に壁美化部に入部させられ苛立つエレンの前に、新入部員育成に燃えるリコ・プレツェンスカが現れる。設立当初は100人いたといわれる壁美化部も、いまや部長のリコ一人。部活動として窓掃除を言い渡されたエレン達は、ぼやきながらも窓をみがき続けるが、通りがかった女生徒達にかっこ悪いと笑われ嫌気のさしたジャンが逃げ出す。サボリは許さん！とばかりにジャンを追うリコ。その姿に思わずエレン達の目が釘付けになる！

学校中、全学年、全生徒に走る緊張感。それは彼らの運命を左右する一瞬。恐怖のテスト返却の始まりだった。結果、オール０点もどこ吹く風といったコニーよりも、追試も赤点だったら給食抜きと言い渡されてしまったサシャの漂わせる悲壮感のほうが凄まじく、アルミンに勉強を教えて欲しいと頼み込む。コニーを交えて追試対策の勉強をすることにした三人だが、コニーのやる気はもつのか？そしてサシャは苦手な数学を克服できるのか？

珍しく一緒に帰ろうとするサシャとコニーに、ハンナとフランツのバカ夫婦っぷりはいつもの事ながら、それを見るジャンの心は密かにささくれ立っていた。しかもエレンとミカサのやり取りまでもが始まってしまい、羨ましさから思わず摑みかかる。マルコになだめられつつ、ここには俺の魅力がわかる女子がいないと憤るジャン。しかし、下駄箱をあけるとそこにはラブレターが！差出人は誰なのか？！ジャンの妄想に基づく推理が炸裂する！

一年生は購買の焼きそばパンを買うべからず。それ以外にも挨拶、服装、髪型と、生徒の間で引き継がれる暗黙のルールはたくさんある。そうとは知らずにルール違反を重ねてしまったエレン達一年生は、罰掃除に次ぐ罰掃除に次第に苛立ちを募らせた末、リヴァイ達三年生に喧嘩を売ってしまい、オルオ達二年生を巻き込み学年対抗体育大会で勝負をつける事になるのだが、負けた学年には巨人棟の掃除が待っている！エレン達は勝てるのか？

調査団の親睦をより深めるためにハンジが企画したのは、泣く子も黙るKIMODAMESHI！日も沈む頃、集合場所の教室へと向かうエレン達。昼間とはうって変わって夜の校内は薄気味悪い。｢暗いの怖い｣と怯えるアルミン。それを怖がりすぎだと笑うエレンの足も、恐怖でガタガタ震えている。その時、背後の暗闇から伸びてきた手が、強がるエレンの肩をわし摑む。闇夜に響くエレンの悲鳴。果たしてエレンには何が見えたのかっ？！？

芸術的な寝相の悪さで幼い頃の夢を見ていたベルトルト。夏祭りの日に仲良しの2人から得意の型抜きを褒められる夢から一転、ライナーに叩き起こされて目が覚める。夏祭りにクリスタを誘いたいから一緒に来て欲しいと言うライナーの頼みを断るベルトルトだったが、視線の先にはアニの姿が。何やら察したライナー、クリスタを誘いに行った流れでユミルとともに、ベルトルトがアニに声を掛けるきっかけを作ってやろうとするのだが。

新聞部により生徒会の不祥事が暴かれ、新たに生徒会会長選挙が行われる事になった進撃中学校。モテたいジャンが立候補を決め、みんなのために仕事ができる喜びを話すマルコにお利口ぶらないで本音を言えよと迫って困らせる。会長になって一匹残らず巨人を駆逐してやる！と息巻くエレンも立候補を決め、白熱していく選挙戦。ところが、これさえあれば生徒会長戦で一発逆転も夢ではないという｢イルゼの手帳｣の存在が明らかになり…

もうすぐ文化祭。エレンたち1年4組は演劇とチーハン屋の二つをやる事に。とは言え、文化祭の目玉は全模擬店参加のB級グルメ大会。チーハンの素晴らしさを皆に知らしめるチャンスとやる気満々のエレンだが、くしくも隣の店はリコとイアンが仕切る去年の優勝店。絶対に優勝する！エレンの熱い想いにうたれたアルミンは、チーハン屋を優勝に導くため去年の優勝者を凌ぐ必要に迫られたなら……と大事な何かを捨てる覚悟を決める！

チーハンを取り戻す！立ち上がったエレン、ミカサ、アルミン、ジャン、サシャ、コニーは、ライナー達の協力を得て、行く手を阻もうとする教師陣を振り切るのに成功する。力になってくれるに違いないと信じて調査団の部室に行くが、リヴァイが出した結論は待機だった。動かない理由を問うエレンに、ペトラやオルオは指示に従えとしか言わない。せいぜい悔いが残らない方を自分で選べ。リヴァイの言葉にエレンは巨人棟へと向かう！