Tsurugi Yoshichika, qui était autrefois un Logicalist d'ALCA jusqu’à ce qu’il perde sa Logic, se retrouve pris entre la protection de sa famille en tant que civil contre les invasions d’un autre monde et le fait de rejoindre ALCA lorsque sa Logic est retrouvée. ‎

‎Yoshichika est obligé de passer par une période d’essai de deux jours pour être réintégré à ALCA, au cours de laquelle il excelle dans tous les domaines et parvient à surclasser son chef d’équipe. Yoshichika rencontre Olga et est curieux du traitement spécial qu’il reçoit.‎

‎Après que Tamaki soit remplacée en tant que chef d’équipe par Yoshichika, elle est dévastée. Yoshichika apprend de Veronica que lui et Tamaki ne sont pas si différents.

‎Chloé s’occupe d’enquêter sur les Paradoxes de niveau 9.8 apparues récemment, sans prévenir les membres du personnel désigné pour les recherches. Chloé désobéit aux ordres de s’attaquer seule à un envahisseur.

‎Yoshichika et Yukari découvrent que Mana a été abandonnée quand elle était enfant, et que même maintenant, elle espère revoir un jour ses parents. Lorsqu’un envahisseur qui s’avère être trop difficile à gérer pour Chloé et Tamaki apparaît, Mana prend une décision étonnante. ‎

‎Yukari rêve d’en faire plus en tant que Logicalist, mais son manque d’expérience et son incapacité à entrer en trance pendant les séances d’entraînement la retiennent. Une crise dans le centre de détention des envahisseurs menace l’ensemble de la branche. ‎

‎Les membres d'ALCA sont de repos, et Shiori les invite à la maison sous le faux prétexte que c’est l’anniversaire de Yoshichika. Un malentendu creuse un fossé entre Yoshichika et Athéna. ‎

‎Lorsque l’ancien entraîneur de Veronica, est soudainement transféré à Sapporo, elle présente sa démission pour le poursuivre. Le directeur Jarno, se méfiant des événements qui se déroulent au laboratoire d'ALCA de Sapporo, charge Yoshichika de protéger Veronica. ‎

‎Au fur et à mesure que les membres d'ALCA améliorent leurs compétences, Olga a de plus en plus l’impression d’être laissé pour compte. Lucifer rend une visite surprise au bureau d’ALCA avec une proposition inattendue. ‎

‎Après la disparition d’Olga avec son Logigraph, Yukari et Quetzie s’envolent et le retrouvent avec Lucifer. Lucifer révèle à Olga quels sont ses plans concernant Septpia, l’humanité et les archidémons déplacés de Tetra-Heaven. ‎

La branche d'ALCA ne parvient plus à communiquer avec le siège et ses envahisseurs sont en libertés. Toutes les autres options étant épuisées, Yoshichika et Athéna prennent une décision fatidique afin d’arrêter Olga. ‎

‎Yoshichika et Athena affrontent Olga et Lucifer pour une confrontation finale au sommet du siège d'ALCA. Les logicalists et les déesses s’occupent des retombées laissées à la suite de la fin du conflit. ‎