平凡なサラリーマン若村一勇は、妻を亡くして幼い娘の夕子と暮らしていた。

ある朝、二人の乗るバスは護送車から脱走した超人ジャックフラッシュに襲撃される。

死にかけた一勇の全身が膨れあがり、超人ニンゲンマンに変身して事態を収拾した。

身体の激変に当惑した一勇だったが、正義の超人出現に夢中になる夕子を見て、活動の継続を決意する。

だが彼の能力発現には、大量発生した外来種セイタカアワダチソウが大きく関わっていた。

古来から人とともに存在してきた妖怪、魔物、悪魔たちは、科学至上主義となった人類の犠牲とされることに反発し、爾朗を盟主として決起した。

だが、爾朗の乗るアーラエクウスのエネルギー放射は留まることを知らず、輝く竜と化して敵味方の別なく炎に巻きこみ始める。

超人同士が対立するように仕向けてきた、帝都広告社の里見の真の目的とは何か？　

超人の存在意義を賭けた戦いの中、最後の決着の時が、まさに迫っていた……。