불사의 괴물 카바네가 아라가네역을 습격한다. 아라가네역에 사는 증기 대장장이 소년 이코마는 도망치는 인파를 거스르며 달리기 시작한다. 자신이 개발한 무기, 관통통으로 카바네와 싸우기 위해서!

가까스로 살아난 이코마는 아라가네역에 유일하게 남은 준성, 갑철성을 향한다.

한편, 카바네 무리 속에 남겨진 아야메 앞에 어린 소녀 무명이 나타난다. 무명은 뛰어난 전투력으로 갑철성으로 향하는 탈출로를 열어간다.

아라가네역을 탈출한 갑철성은 막부의 요해처 금강곽을 향해 달린다. 하지만 갑철성에 탄 사람들 몇몇이 카바네리인 이코마와 무명을 쫓아내야 한다고 강하게 주장한다.

이코마와 무명은 맨 끝 차량에 갇히고 만다. 그런데 그때 카바네가 습격해 온다. 게다가 카바네 중에는 싸움을 거듭하며 전투 기술을 익혀 막강한 기술잡이까지 섞여 있는데…

갑철성은 카바네에게 점령당한 야시로역에서 생존자를 태우는데 그들 중에는 무명의 동료 에노키사도 끼어있다.

그는 갑철성에 익숙해지기 시작한 무명에게 무뎌졌다며 위기감을 부추긴다. 조급한 무명은 무모한 싸움을 자초하며 궁지에 몰리고 만다.

갑철성은 수많은 카바네들로 뒤엉킨 검은 연기 앞에서 망연자실한다.

한편, 이코마와 무명은 폐역 바닥에 떨어진다.

주위는 온통 카바네고, 무명은 바위 사이에 끼었으며, 도움은 바랄 수도 없는 절망적인 상황. 하지만 이코마는 포기하지 않는다.

갑철성은 아라가네역을 나온 뒤 처음으로 사람이 사는 시토리역에 도착한다.

마침 오늘이 칠석이란 걸 깨달은 사람들은 칠석 축제를 열고 소원을 빌기로 하며 오랜만에 찾아온 평화를 누린다.

한편, 아카네는 카바네를 물리칠 수 있는 분류탄과 식량을 맞바꾸기 위해 시토리역의 영주를 만나러 간다.

무명이 늘 입버릇처럼 말하던 오빠는 카바네를 사냥하는 특수부대 수방중을 이끄는 비바였다. 그런데 이코마는 비바가 무명을 카바네리로 만든 자라는 걸 알아채고, 사람들이 영웅이라고 떠받드는 비바를 의심의 눈초리로 바라본다.

갑철성은 금강곽까지 가는 길의 마지막 보루 이와토역에 도착한다.

막부는 백성들의 신망을 모은 비바를 경계해 비바가 금강곽으로 들어오는 길을 막으려 하지만 비바는 이와토역의 영주에게 회담을 요청한다.

드디어, 비바와 수중방에 의한 막부 타도가 시작됐다.

극성에 연결된 갑철성 사람들은 수방중의 삼엄한 관리 아래 피를 헌납하게 된다.

절망에 빠진 사람들 속에서 이코마는 포기하지 않고 반격 작전을 기도한다.

자유와 긍지, 그리고 무명을 되찾기 위해서.

비바는 쇼군인 아버지와 10년 만에 재회한다.

뒤에서는 무명이 심장인 누에를 준비하면서.

한편, 이코마는 가까스로 목숨을 건지지만, 자책하며 깊은 절망과 무력감에 빠진다.

비바의 계략과 누에가 된 무명, 그리고 유입된 카바네리로 인해 아수라장이 된 금강곽.

그곳에 이코마가 나타난다.

자신의 몸을 개조한 이코마는 무명을 구하기 위해서 적이 우글대는 금강곽에 발을 들여놓는다.