오키나와에 만들어진 우주 파일럿 양성 학교 '오키나와 여자 우주 고등학교'. 우주 파일럿을 목표로 하는 타카야 노리코 앞에 나타난 한 명의 코치, 오오타 코이치로. 조종 실력이 늘지 않아 의기소침해지기 십상인 노리코였지만, 그의 특별훈련에 따라, 이윽고 강한 의지를 되찾아 간다.

거대 우주전함 엑셀리온호에 올라탄 노리코는 워프 시의 연례행사인 담력 테스트에서 남자팀 스미스 토렌과 만난다. 자신을 놀리는 스미스에게 처음엔 반발하던 노리코였지만, 점점 그 미소에 매료된다. 그러나 그와 동시에 카즈미의 페어 해소 선언, 우주 괴수의 공격등의 충격이 연달아 노리코를 덮친다!

우주괴수에게 습격당하는 거대 우주전함 '엑셀리온'. 압도적인 적의 공격에 노출된 대위기 상황에서 노리코는 최종병기 건버스터에 오른다…….

무사히 지구로 귀환한 노리코와 카즈미. 그러나 이때 이미 지구에선 10년의 세월이 흘러 있었다. 10년 늦게 졸업식을 맞아 절친한 친구 키미코와 재회를 하지만, 혼자 시간의 흐름에서 동떨어졌다는 외로움을 떨칠 수는 없었다. 그러던 중 수십억의 우주괴수들이 접근하고 있다는 소식이 들렸다. 드디어 인류 최후의 싸움이 시작된다....!!

우주괴수에 대해 결사의 항전을 결정한 인류. 노리코 일행은 우주 괴수와 싸우기 위해 은하계 중심으로 떠난다. 한편 지구에 있던 카즈미는 이제 막 완성된 버스터 머신 3호(블랙홀 폭탄)를 몰고 노리코에게로 간다. 인류의 미래는, 과연…….