Jérémy a programmé un nouveau véhicule, le Mégapod, un véhicule permettant de s'adapter aux mouvements de terrain du Cortex. Parallèlement, Laura, nouvelle camarade de classe des Lyoko-guerriers, cherche à en apprendre plus sur le groupe. Les Lyoko-guerriers retournent sur le Cortex pour aller chercher des informations dans le cœur et tester le nouveau véhicule. C'est Yumi qui conduit le véhicule mais celui-ci se retrouve bloqué au-dessus de la mer numérique. XANA attaque le véhicule et c'est Aelita, Odd et Ulrich qui doivent le défendre. Problème, le véhicule est bogué, résultat, Yumi reste coincée et risque de tomber dans la mer numérique.

Les héros sont toujours réticents envers William. De son côté, Ulrich montre des signes de jalousie en voyant que Yumi et William sont souvent ensemble. XANA attaque et envoie un clone à l'image de William pour récupérer les code-sources des Lyoko-guerriers. Il commence par s'attaquer à Yumi puis prend en chasse Ulrich qui veut faire diversion. C'est Odd qui désactive la tour. Mais XANA ne tarde pas à réattaquer à nouveau en piratant le réseau téléphonique. Le problème est qu'Ulrich est le seul pouvant encore se rendre sur Lyoko et désactiver la tour. Les autres refusent cependant de le laisser tenter la mission seul et demandent l'aide de William. En entendant cela, Ulrich se virtualise et part vers la tour tout seul voulant effectuer la mission sans son rival. William le rejoint et commence à le provoquer en lui empruntant son Overbike. Les deux tentent alors de rivaliser de performance en combattant les monstres plutôt que de travailler ensemble ce qui coûte presque une chute dans la Mer Numérique à Ulrich, qui sera sauvé par William. Une fois la tour désactivée, les Lyoko-guerriers, inquiets de la montée régulière en puissance de XANA acceptent de laisser William réintégrer l'équipe.

Jérémie à l'idée de créer des faux-codes afin d'en charger ses amis pour repousser les attaques de XANA contre eux. Ulrich se porte volontaire pour être le premier à tester ces faux-codes.

Ulrich veut rester au lycée en raison d'une compétition scolaire de karaté. Le reste du groupe lui reproche de faire passer ses activités personnelles avant leurs missions sur Lyoko. Sur le Cortex, les héros se préparent à affronter de nouveaux ennemis, les Ninjas, qui attaquent de façon bien plus imprévisible que les monstres habituels.

De nombreux bugs informatiques et électriques ont lieu au collège, provoquant notamment des erreurs d'attribution des notes de devoir aux élèves. Le père de Laura vient voir sa fille au collège pour comprendre l'origine de sa mauvaise note et la menace de l'envoyer dans un autre lycée meilleur pour elle. Pour ne pas partir, celle-ci lui montre l'Usine et le Supercalculateur.

Jérémie a trouvé un moyen de pirater le système vidéo du labo de Tyron. Aelita s'en réjouit: elle va pouvoir entrer en contact avec sa mère. Alors que les Lyoko-Guerriers le testent au Cortex, ils se font repérer par Tyron. Les Ninjas de ce dernier les dévirtualisent en un instant, sauf Aelita, qui décide de rester. Aelita est formelle : elle doit rester sur le Cortex pour attendre un quelconque signe de sa mère...

C'est l'anniversaire d'Aelita. Alors que ses amis lui préparent une surprise, Jérémie tombe dans un piège de XANA : ce dernier parvient à détruire le Skid et buguer l'Holomap. S'en voulant pour son erreur, Jérémie laisse tomber ses amis...