特殊能力を持つ要人警護官・SPが、テロリストと闘う姿を描く。警視庁所属のSP・井上は、上司・尾形の命令で都知事・大川の警護に付く。超人的な五感を持つ井上は、都知事襲撃をたくらむテロリストの事前確保に成功。そんな中、井上は再び都知事の周辺に不穏な気配を感じ取る。

井上が警護訓練中にめまいを起こした。検査の結果、井上の超人的な五感は幼いころの体験が原因だと分かる。そんな中、元総理・加藤が検査入院することに。加藤の入院は極秘事項のため、井上と笹本の二人だけで警護に付く。そのころ、加藤を狙うテロリストが病院に迫っていた。

テロリスト集団はネット証券を利用し、身代金3億円分の株取引を行う。そんな中、井上はテロリストの一人を倒し、笹本を救出。加藤と入院患者を憂慮し、テロリストに悟られないように行動を開始する。井上はナース長・富永の協力を得て、反撃のための道具を集め始める。

井上が食事に出たすきに、テロリスト・金田らが病院を占拠した。不意をつかれ、笹本は身柄を拘束される。金田らは加藤を盾に、外部と交渉を開始。一方、病院に戻った井上は、とっさに医者の白衣を着て人質に紛れ込む。そんな中、尾形の元にも病院占拠の情報が届く。

井上は尾形らとともに、経済事件の重要参考人・大橋の警護に当たる。そんな中、同じ事件の関係者の一人が、保釈中に不審死を遂げる。不安がる大橋を、井上らは24時間体制で警護することに。そのころ、何者かから大橋の殺害を依頼された殺し屋が、大橋が宿泊するホテルに向かっていた。

井上らの警護に嫌気が差した大橋が、部屋から姿を消す。ホテルを出る前に見つけ出すが、大橋は気晴らしがしたいと訴える。尾形は大橋の精神状態を考慮し、許可する。一方、部屋の会話を盗聴していた殺し屋・ポールらは、その機会を狙って、大橋を殺す計画を立てていた。

大橋の居場所が漏れ、井上らは滞在場所を移動する。だが、殺し屋・ジョンは居場所を突き止め、警護車両に爆弾を仕掛ける。さらに、おとりの小包を大橋の元へ。不審に思った尾方は、車での避難を指示。駐車場を下見していた井上は、大橋をおびき出すワナだと気付く。

SP訓練生だった井上が現在に至るまでを描く。訓練生・井上は、SPとして高い能力を発揮していた。評判を聞き、訓練を目にした尾形は井上と面談を。SPに懸ける熱意と能力を評価し、尾形は井上を自分のチームに引き入れることに。だが、笹本らは、特別扱いされる井上に納得がいかない。

井上は偶然、山西を見掛け、過去の記憶を取り戻す。そんな中、麻田が出席する式典が始まる。だが、山西に遭遇して以来、頭痛とめまいに悩まされる井上は、警備に集中できない。そこへかつて都知事を狙った大男が現れる。井上は男を拘束しようとする。

20年前、当時議員だった麻田を襲い、井上の両親を殺害した山西が出所。公安は、山西の動向をうかがう。一方、尾方は麻田が出席する記念式典の警護会議に参加し、井上らが警護に当たることに。だが、内通者により警護計画が外部に漏れる。式典当日、山西は会場に向かう。

山西は、麻田を撃とうとするが、弾切れに。井上はそのすきを突いて麻田を出口へと誘導。だが、負傷していた井上はすぐ追いつかれてしまう。山西は、身をていして麻田を守る井上に、20年前井上の両親を巻き込んだテロは、麻田が人気取りのために仕組んだ偽装テロだったと語る。

麻田首相襲撃事件後、西島の死に「大義のためだ」と謎の言葉を発した尾形に対し、井上は疑念を募らせていた。1ヶ月後、第4係機動警護班のメンバーと共に六本木ヒルズのイベントで応援警護に当たっていた井上は、爆弾テロを起こそうとする不審な男の存在を察知、追跡劇の末に男を逮捕する。尾形は公安部に目をつけられながらも、同じ大学の政治サークル「雄翔会」に所属し官僚として要職に就く成員と、彼らを支援する与党幹事長・伊達と一堂に会す。彼らは国民の価値観を揺るがす強大な計画を実行に移す時を伺っていた。井上を疑問視する伊達に対し、計画に引き入れることを決めた尾形は20年前の場所で井上と対峙し、その過去と大義に同調させようとするも決裂する。翌日、伊達の警護を命じられた第4係が丁度任務を終えた時、北朝鮮が日本海に向けて弾道ミサイルを発射したという情報が入る。尾形に命じられた井上たち4人は、この事態に対応するため総理大臣官邸に向かう官房長官の警護を担当することに。尾形を監視していた伊達らはこの機に井上を排除するべく動き出し、第4係は突如送り込まれたテロリストの襲撃を受ける。

『野望篇』の出来事から2ヶ月後。日々過酷な任務をこなしている警視庁警備部警護課第四係の尾形、井上、笹本、山本、石田にとって、つかの間の休日―。前夜、任務を終えて帰宅した時の恰好のままの係長･尾形は、身辺整理をしてがらんとしたマンションの一室にいた。尾形が覗き込むパソコンには、明日の"計画"決行に向けて準備している３つのテロリストチームのリーダーたちから、「予定通り」と書かれたメールが送られて来る―。恋人と久しぶりのデートの約束をしていた山本はシネコンにいた。遅れて来た彼女に愚痴りつつも、幸せそうな山本。一方、娘の千花と会う予定の石田は公園で待ち合わせ。その公園には、計画の決行日までは顔を合わせない約束だった防衛大臣秘書･滝川と外務省国際テロ対策協力室･安斎もいた。安斎は、井上を警戒し、今日中に始末した方がいいと言うが、滝川はほっておけばいいと落ち着いた様子だ。その頃、シンクロの症状が昂進している井上は、病院を訪れていた。精密検査の結果を見た医師から、休養を勧められるが、今は現場を離れることができないと断る。井上を心配し、官房長官襲撃事件で痛めた肩の定期検診のふりをして病院に来ていた笹本が、リハビリに付き合えと強引に井上を誘い出し、二人はバッティングセンターへ―。

官房長官を狙ったテロ事件から2ヶ月-。井上薫(岡田准一) 、笹本絵里（真木よう子）、山本隆文（松尾諭）、石田光男（神尾佑）ら警視庁警護課第四係のメンバーたちは、テロリストとの死闘による怪我も回復し、要人警護の通常任務をこなしていた。だが、尾形総一郎（堤真一）の思惑を確実に感じ取っている井上のシンクロの症状は悪化の一途を辿っている。そんな中、麻田内閣不信任案の採決が行われる国会議事堂での応援警護任務に就く第四係の面々。この日、尾形の人生をかけた計画が実行に移されようとは知る由もなかった…。麻田内閣の行方をマスコミが注視する中、いよいよ本会議がスタート。同時に、尾形が命をかけて挑む、計画の火蓋が切られる。国会議事堂を占拠し、一斉に活動を開始するテロリスト。そして尾形と行動を共にする意外な人物たち。初めて明かされる、尾形の決意と行動の真の意味とは？