Boruto sostiene un combate con un hombre llamado Kawaki en el área del monumento de los Hokage. Ahí, este último declara que la era shinobi ha terminado. Boruto activa su ojo derecho y, preparando su contraataque, afirma que él es un shinobi; Konoha ha sido destruida. Años antes de ese evento, Boruto y Shikadai viajan en el techo de un vagón de tren mientras toman su almuerzo, este último le recuerda que mañana es el día de su ceremonia de ingreso a la Academia, sin embargo, a Boruto no le importa pues solo piensa como avergonzar a Naruto. El pequeño Uzumaki ve a un niño, Denki, siendo intimidado y lo defiende, luego ambos hablan sobre sus padres; Denki revela que su padre es un empresario multimillonario responsable del sistema de trenes en Konoha. Boruto le anima a enfrentarse a su padre y defender lo que a el le gusta. Boruto regresa a casa con su madre y su hermana, pero no está sorprendido de que Naruto no esté en casa. Mientras tanto, Denki intenta defenderse, pero su padre lo rechaza, diciéndole que ganará su aprobación al ser fuerte. A la mañana siguiente, Boruto llega tarde a la ceremonia y ve a Denki maipulado por un aura maligna. Denki atrae a quienes le intimidaron a un defectuoso vagón de tren al que lo envía a colisionar contra otro vagón en el mismo estado, esto con la intención de asustarlos. Boruto interviene y hace recapacitar a Denki, logrando evitar la colisión; mientras el aura maligna le abandona. Sin embargo, el tren termina chocando contra el rostro de piedra de Naruto que ha sido esculpido en el monumento de los Hokage. Ambos se hacen amigos y asisten a la academia el día siguiente.

Boruto y Shikadai hablan acerca del aura maligna que el primero ha presenciado en ciertas ocasiones, mientras Sarada, Chōchō y Sumire caminan por las calles de la aldea perciben una presencia que les acecha pero no pueden identificar al responsable. Al día siguiente perciben lo mismo pero Chōchō le atrapa, al escuchar los gritos de quien las acechaba, Boruto, Shikadai y Mitsuki se apresuran al lugar de los hechos, el asediador resulta ser un estudiante de otra clase, les explica que a quien sigue es a Sumire. Chōchō le siguiere que le declare sus sentimientos, al hacerlo, ella le rechaza. Al día siguiente en la academia, Sumire es secuestrada por lo que Boruto y los demás acuden a salvarla. El Uzumaki puede ver que el aura maligna manipula al acosador, por lo que le ataca con la ayuda de Shikadai, situación que se dificulta pues su oponente utiliza el jutsu de camuflaje. Al mismo tiempo, Chōchō le habla y trata de que se de cuenta que la gente no le presta atención debido a su propia debilidad y timidez; Boruto observa que el aura abandona al asediador sin haberle tenido que derrotar, posteriormente se desmaya. Mientras, Shikamaru informa al Séptimo Hokage que últimamente, por razones desconocidas, muchas personas han llegado al hospital por la pérdida de su chakra, por lo que se preparará una investigación que lo considere.

Boruto y Mitsuki han sido trasladados a la dimensión donde se encuentra Núe, el Uzumaki, utilizando su döjutsu se percata que es capaz de ver el flujo de chakra y los puntos vitales, ambos se enfrentan a la bestia y logran dominarla. Sumire, quien observaba desde las sombras, entra en acción, Mitsuki le enfrenta pero nuevamente Boruto se interpone en el momento crucial. Las palabras de Boruto logran disminuir el rencor acumulado por Sumire al punto que el aura maligna que la rodea desaparece, el gozu tennō de su espalda se destruye y Núe actúe dócilmente. Como consecuencia de ello, la dimensión en la que se encuentran comienza a colapsar, sin embargo, logran escapar con la ayuda de la bestia al mismo tiempo que son guiados por las voces de Shikadai, Inojin y Denki. Sai llega al lugar y promete ayudar a Sumire, antes de partir, Boruto le dice a la delegada que Núe sigue con vida pues ha visto como un leve chakra está unido a su mano izquierda.

Naruto y los demás acuden al rescate de Sakura, quien lucha contra Shin. Sarada corre en busca de su madre y Sasuke va tras su hija; mientras, Naruto se enfrenta a los clones del Uchiha. Shin ataca a Sakura y clava dos cuchillas en su brazo, restringe sus movimientos e intenta matarla con un shuriken gigante, Sasuke frena el ataque y asiste a Sakura. Luego, se prepara para acabar con Shin quien ha perdido su pierna izquierda, uno de sus clones se interpone. Shin aprovecha la situación y apuñala a Sasuke a través de su clon. Sasuke cambia de lugar con Sakura usando su rinnegan y derrota a Shin de un solo golpe; mientras, los clones que luchan contra Naruto se acercan a Shin, pero en lugar de salvarlo, lo apuñalan con sus armas diciéndole que únicamente siguen los principios de Shin, creyendo que es su turno para evolucionar. Así, los clones luchan contra Naruto y Sasuke quienes eventualmente comprenden que no podrán vencer, Shin finalmente es neutralizado por Sarada quien demuestra que ha heredado de su madre el control natural sobre el chakra, para gran orgullo de Sasuke y la sorpresa de Sakura. Todos los clones son enviados al orfanato que administra Kabuto, al regresar a la aldea, Chōchō ve por primera vez a Choji en su forma delgada, comprendiendo que es su verdadero padre; mientras tanto, Karin explica a Suigetsu que Sarada es la hija de Sasuke y Sakura. Al día siguiente, Sarada y Sakura se despiden de Sasuke, Antes de partir, Sasuke toca la frente de Sarada, quien se vuelve hacia Sakura y sonríe feliz. En la academia, Sarada le dice a Boruto que desea convertirse en Hokage.

Boruto intenta apelar al sentido común de Kagura, pero este continúa sus ataques debido a la influencia de Shizuma. Sin embargo, Mitsuki interviene y revela el contenido del rollo que recibió de Suigetsu: una confesión firmada por los benefactores de Shizuma en la que expresan que han cometido asesinatos para comenzar una nueva guerra. Con su plan expuesto, Shizuma ataca a todos con Samehada. Boruto, Kagura y Mitsuki logran vencer a Shizuma, no sin antes de que este se fusione con Samehada convirtiéndose en un monstruo. El Uzumaki y el Karatachi, utilizando a Hiramekarei, superan al transformado Shizuma y se reúnen con Sarada e Iwabe antes de regresar al hotel.

Va a comenzar la primera misión del equipo 7 pero Boruto llega tarde. Entonces nos muestran el pasado de Mitsuki: había perdido la memoria y está con Orochimaru, van en busca de algo que está custrodiado por el que resulta ser un clon del mismo solo que este es llamdo Log, pero más mayor. Orochimaru y Log lo hacen dudar, entonces nuestro Mitsuki despierta el modo Sennin Ka y huye con lo que habían venido a buscar. Resulta que dentro del pergamino está una persona que representa su Sol: Boruto, por lo que desde ese momento empieza su misteriosa obsesión con él.

Mirai parte orgullosa en una misión superior en importancia a una de clase S en la que acompañará al Sexto Hokage, Kakashi... y a Guy.

Boruto's quick thinking exposes Urashiki's trick that enables him to see into the future and they manage to inflict some damage. But before they can breathe a sigh of relief, Urashiki emerges again with an even stronger move, and they're back in the same predicament!

Boruto and the others learn that the boy named Kawaki is the target that Kara has been seeking. They watch on as a battle rages between Kawaki and the Kara Outer, Garo, and are shocked by the young man's capabilities.