Shaun trifft auf einen jungen Patienten, der seinem verstorbenen Bruder auf unheimliche Weise ähnlich sieht. Außerdem erfährt der Jung-Chirurg, dass seine Eltern ihm nie die ganze Wahrheit über seinen Gesundheitszustand sagten. Die Ärzte der Klinik kämpfen unterdessen mit einer rätselhaften Serie lebensgefährlicher allergischer Reaktionen unter den Patienten.

Shaun vermutet, dass eine Patientin ihn anlügt. Der Chirurg hat eine ganz andere Erklärung für ihre Verletzung. Private Turbulenzen haben offenbar Auswirkungen auf die Arbeit von Dr. Melendez, was womöglich auch Patienten in Lebensgefahr bringen kann.

Das junge Mädchen Gretchen leidet unter dem ‚Möbius Syndrom‘ und kann deshalb durch ihre Gesichtsmuskeln keine Gefühle ausdrücken. Eine Operation soll ihr die Fähigkeit zum Lächeln geben. Shaun steht dem Eingriff jedoch äußerst skeptisch gegenüber, da die Erkrankung nicht lebensbedrohlich ist. Unterdessen bekommen es Morgan und Claire mit einer Patientin zu tun, deren Krankenversicherungskarte gestohlen wurde. Eine andere Frau hat nun ihre Identität angenommen, um eine Behandlung zu bekommen.

Glassman leidet an einer postoperativen Psychose. Die Ärzte müssen entscheiden, ob sie einen jungen Patienten ins Heim schicken – was Shaun an die Zeit bei seiner Pflegemutter erinnert.

Die Beziehung von Melendez und Lim wirkt sich auf ihren Job aus. Andrews behandelt eine Patientin, die nach einem Unfall entstellt ist – und zieht eine Gesichtstransplantation in Betracht.

Nach einem Barbesuch muss Shaun in die Klinik – als Patient! Melendez und Lim gehen einen großen Schritt in ihrer Beziehung. Park und Lim geraten bei der Behandlung einer Patientin aneinander.

Ist Shaun bereit, seine erste Operation zu leiten? Sein Kollege Dr. Andrews hat Zweifel. Auch in der Beziehung zu Carly wagt Shaun einen wichtigen Schritt.

Shaun will unbedingt eine Autopsie bei einer Unbekannten durchführen, was das Verhältnis zu den anderen Ärzten strapaziert. Ein Student kommt mit einer seltsamen Persönlichkeitsstörung in die Klinik.

Morgan kann ihre Patientin retten, zahlt jedoch einen hohen Preis dafür. Lim und Park müssen einem eingeklemmten Jungen helfen. Und Lea wird sich ihrer wahren Gefühle für Shaun bewusst.

Lea soll bei ihm einziehen, findet Shaun. Doch sie sieht das anders. In der Klinik kämpfen die Ärzte um das Leben von Zwillingen und stehen dabei bald vor einer schweren Entscheidung.

Nach zehn Jahren erwacht eine Patientin plötzlich aus dem Koma. Die Ursache gibt Sean und den Kollegen Rätsel auf. Unterdessen will sich Glassman an einer extrem komplizierten Rücken-OP versuchen.

Dr. Shaun Murphy and the team race to save a pregnant woman's baby and find her current situation as a convicted felon complicates it even more than they realize. Meanwhile, the hospital takes on some unexpected changes that the staff are not prepared for.

Sophie takes Lea out for a day full of luxurious wedding planning. And after a near fatal oversight, Dr. Lim senses an underlying issue is behind nurse Villanueva's unprofessional behavior.