世界中の「奇跡」の真偽を調査する奇跡調査官、平賀・ヨゼフ・庚とロベルト・ニコラス。彼らはサウロ大司教から、セント・ロザリオ教会の調査を命じられる。それは「神の子を宿した」と主張するシスター・ドロレスの処女受胎の真偽と、悪魔崇拝疑惑を裏付ける「蛇の割り符」の片割れを見つけ出すというものだった。現地で調査を始めた二人は、教会に不穏な空気があることを感じとっていた。

セント・ロザリオ教会で、神父の一人が殺された。翌日、マリア像が涙を流し、寄宿学校では学生のマリオがトランス状態で神のお告げを口にする。重ねて起こる「奇跡」の真偽を調査する平賀とロベルト。その頃、学生のカルロスは何かに怯えるように寮の自室で閉じこもっていた。そんな時、再び事件が起き、今度は神父とシスターの二人が殺される。平賀は一連の殺人には共通点があると気づくが……。

再び神父が殺された。平賀とロベルトは手がかりを求め、寄宿学校を創設した亡きミハイル・ブラウン司教の部屋へ潜入するが、そこで悪魔崇拝を示す割り符の片割れを見つける。翌日、カルロスが悪魔憑きの状態で突然暴れだす。聖水を手に、意を決して悪魔祓いを試みる平賀とロベルト。やがて、落ち着きを取り戻したカルロスが語ったのは、セント・ロザリオ教会の暗部ともいえる事実だった。

情報局のローレン・ディルーカは、自室で平賀と「天使と悪魔のゲーム」を楽しみながら、過去に思いを馳せる――。数年前のローレンは、重要人物としてバチカンに拘束されていた。そこでは神父との対話が義務づけられていたが、信仰心を持たないローレンは苦痛を減らすために、自分と知能的に対等と見込んだ平賀を指名する。平賀はローレンと平賀はローレンに「天使と悪魔のゲーム」で勝負を持ち掛け、少年時代に遭遇した“奇跡”について語り出す……。

情報局のローレン・ディルーカは、自室で平賀と「天使と悪魔のゲーム」を楽しみながら、過去に思いを馳せる――。数年前のローレンは、重要人物としてバチカンに拘束されていた。そこでは神父との対話が義務づけられていたが、信仰心を持たないローレンは苦痛を減らすために、自分と知能的に対等と見込んだ平賀を指名する。平賀はローレンに「天使と悪魔のゲーム」で勝負を持ち掛け、少年時代に遭遇した“奇跡”について語り出す……。

平賀とロベルトは新たな奇跡の調査を命じられる。それはアフリカのソフマ共和国で預言者として知られた、ヨハネ・ジョーダン神父の遺体が腐敗しない謎だった。早速ソフマへ渡った二人は、そこで呪術的な儀式が施された女性の殺害現場に遭遇する。不穏な空気の中、ヨハネがいたセント・カルメル教会を訪れると、責任者のジュリア司祭が現れる。大天使のように美しく、医療活動も行うジュリアは、多くの人々から尊敬を集めていた。

生前に書き残した詩で、ヨハネはロベルトの死を預言していた。そのことに内心穏やかではないロベルトだったが、入室を許可された教会の図書室で大量の古書に瞳を輝かせ、調査に没頭する。一方、ジュリアの診療を手伝う平賀は、すっかり彼の人柄に魅了されていた。そんな平賀にジュリアは、図書室にある『呪われた古書』をロベルトが持ち出していることを伝える。3冊組のその書物は、触れると悪魔に魂を奪われると言われていた。

殺害されたサムソン神父の死体が、呪術的儀式の祭壇で発見された。そんな時、教会の講堂では作家のキッドがヨハネの「最後の預言」から、火山噴火が起きると警告し人々を動揺させる。ヨハネは真の聖人だと訴えるキッドに対し、独自の検証をもとに反論していくロベルト。論戦の末、キッドを追い詰めていくロベルトは、ヨハネが聖人ではない証拠をすでに掴んでいた。ロベルトが解明する、ヨハネの奇跡と殺人事件の真相とは……!?

トスカーナ地方のモンテ村にあるセント・エリギウス教会では、どこからともなく角笛が鳴り響き教会内が虹色の光に包まれる――そんな奇跡が起きていた。平賀とロベルトは調査に赴くが、教会のトロネス司祭は奇跡認定を拒絶するかのような態度を見せる。不可思議な現象は、なぜ起きたのか？ 平賀は奇跡の映像と音声を記録し、科学的に分析する。一方、ロベルトは教会の書庫を調査する中で、鏡文字で書かれた二冊の古書を見つける。翌日、礼拝堂で少年の無惨な死体が発見される。

調査中の教会で起きた少年の殺害事件。平賀は被害者の血液分析から、少年が過酷な環境下にいたことを突きとめる。一方、村の子供たちが歌っていた民謡を調べようとしたロベルトは、調査の中で32年前にも未解決の殺人事件が起きていたことを知る。それは若者グループの一人が「首切り道化師」に殺されたというもので、トロネス司祭も仲間の一人だった。被害者・カルロの家を訪ねたロベルトは、彼が当時撮影していたビデオ映像を手に入れる。

「首切り道化師」が起こした事件と32年前に起きた殺人事件につながりがあると感じた平賀とロベルト。事件が起きた森へ、ビル・サスキンス捜査官らと共に調査に向かう。一行は民話に出てくる井戸にたどり着くが、井戸の底は地下道へと繋がっていた。仕掛け扉を開き先へ進むと、秘密の工場があった。教会で起きた奇跡的な現象も殺人事件も、原因はこの工場にあると判明する。だが、それを突きとめた瞬間、平賀とロベルトの前に思いがけない人物が現れる。

平賀のもとに、弟・良太の容態が急変したとの連絡が入る。薄れゆく意識の中で、良太はこれまでの日々を振り返る。良太には幼い頃から、ベールをまとう3人の男たちの姿が見えていた。人の死を予言する彼らの存在は良太を苦しめたが、そのことは兄にも言わず、やがて入院した病院で、自分の役目は死に往く人のために祈りを捧げることだと考えるようになっていた。そんな時、良太は病院の図書館で、優しく微笑む一人の少年と出会う。

The flyer from this year's AnimeJapan 2017 event revealed that Vatican Kiseki Chousakan will receive an OVA episode.