Morgana wird von schrecklichen Träumen geplagt. Sie sieht, dass Arthur sich unter Wasser befindet und ertrinkt, während eine junge Frau ihn dabei beobachtet. Als Arthur und Merlin auf Jagd sind, treffen sie auf drei Banditen, die einen alten Mann und seine Tochter berauben. Arthur kann die Banditen in die Flucht schlagen und nimmt Aulfric und seine Tochter Sophia mit nach Camelot. Dort sind sie gern gesehene Gäste, zumal Arthur gewisse Gefühle für Sophia hegt. Gaius vermutet, dass die beiden nicht mit guten Absichten kommen, denn sie planen, mit Hilfe des Ältestenrats der Sidhe die Chance auf eine Rückkehr nach Avalon und ein Leben in Unsterblichkeit zu bekommen. Doch dafür hat der Ältestenrat der Sidhe eine Bedingung gestellt. Sophia soll die Seele des größten Prinzen, nämlich Arthur Pendragon, opfern. Arthur ist von Sophia so bezaubert, dass er auf eine sofortige Hochzeit drängt. In der Nacht folgt Arthur Sophia und ihrem Vater zum See hinaus, wo Arthur mittels eines Zauberspruches willenlos ins Wasser gerät und dort zu ertrinken droht.

Der Druide Cerdan geht mit seinem Lehrling Mordred auf den Markt von Camelot, um Besorgungen zu machen. Dort werden die beiden entdeckt. Cerdan wird ins Gefängnis gesteckt, während Mordred fliehen kann und von Merlin in Morganas Gemächern versteckt wird. Am nächsten Tag wird Cerdan auf König Uthers Geheiß hingerichtet. Ganz Camelot wird auf den Kopf gestellt, um Mordred zu finden, doch Morgana tut ihr Bestes, um ihn zu verstecken. Als Morgana versucht, den Jungen aus dem Schloss zu schaffen, wird sie von Prinz Arthur und seinen Wachen gestellt. Mordred landet daraufhin im Kerker und King Uther ist völlig außer sich, dass sein Mündel – Lady Morgana – ihn hintergangen hat. Die Hinrichtung des Jungen ist für den nächsten Tag angesetzt, doch inzwischen ist auch Arthur der Meinung, dass man den Jungen nicht hinrichten darf. Er befreit den Jungen aus dem Kerker und plant mit Merlins Hilfe einen nächtlichen Ausbruchsversuch.

Während Arthur zum Kronprinzen von Camelot gekrönt wird, wird die Festlichkeit von einem schwarzen Ritter unterbrochen. Er wirft den Fehdehandschuh hin und Sir Owain nimmt die Herausforderung an. Es soll am nächsten Tag ein Kampf Mann gegen Mann auf Leben und Tod geben. Der Kampf ist unerbittlich und Owain findet den Tod. Doch der schwarze Ritter gibt nicht auf. Erneut wirft er den Fehdehandschuh hin und Sir Pellinor tritt gegen ihn an. Während der schwarze Ritter aus den Kämpfen siegreich hervorgeht, wundern sich die Zuschauer, dass die Schwertstöße, die durch seinen Körper gehen, nicht tödlich sind. Als nächstes nimmt Arthur den Fehdehandschuh und schwört, ihn zu besiegen. Doch inzwischen macht sich Gaius Gedanken, wer der schwarze Ritter wohl ist. Gemeinsam mit Merlin steigt er in die Grabkammern hinab und stellt fest, dass sich hinter dem schwarzen Ritter Tristan de Bois’, der Bruder von Ygraine, Uthers Frau, verbirgt. Ygraine starb seinerzeit bei der Geburt von Arthur und Tristan de Bois gab Uther die Schuld und forderte ihn damals zum Kampf heraus. Uther gewann diesen Kampf, doch Tristan sprach einen Fluch aus, der Camelot eines Tages heimsuchen würde.

Das große Ritter-Turnier findet wie jedes Jahr in Camelot statt. Arthur plant, sich zu verkleiden. Er fürchtet, dass ihn ansonsten die Ritter siegen lassen, schließlich ist er der Sohn des Königs. Doch Arthur will sich den Sieg erkämpfen. Und so wird er sich unkenntlich machen. Er ahnt nicht, dass sein Leben in großer Gefahr ist, denn der Meuchelmörder Myror ist nach Camelot gekommen, um ihn zu töten …

Lady Morgana ist verunsichert. Irgendetwas geht in ihr vor. Sie spürt, dass sie Zauberkräfte besitzt. Doch König Uther hat Zauberei verboten – sie wagt es nicht, sich zu offenbaren. Merlin fühlt, was in ihr vorgeht. Als Morgana sich in die Wälder begibt, wo die Druiden leben, vermutet Uther, sie sei entführt worden und schickt Arthur los. Er soll sie suchen. Als er Morgana findet, ist sie längst aufgeklärt worden. Morgana fürchtet sich jetzt nicht mehr vor ihren Fähigkeiten, denn sie hat von den Druiden gelernt, dass Zauberei auch Gutes bewirken kann …

Merlin kann es nicht lassen und übt sich in seiner Zauberkunst. Dabei wird er jedoch beobachtet. Eine Frau berichtet König Uther von den unheimlichen Vorgängen in der Nacht. Sie hat den Zauberer jedoch nicht erkannt. Uther beauftragt umgehend den Hexenfinder Aredian. Der soll den Zauberer ausfindig machen, der trotz des Verbotes in Camelot gezaubert hat. Bald hat der Hexenfinder Gaius in Verdacht, da in dessen Gemächern ein Amulett entdeckt wird. Gaius droht nun der Tod auf dem Scheiterhaufen. Kann Merlin ihn retten?

Morgause hat Camelot den Krieg angekündigt. Sie bekommt Unterstützung von Lady Morgana. Einzig Merlin kann jetzt eine Lösung finden. Er wendet sich an den Großen Drachen. Der rät, Merlin müsse die Quelle des Zaubers zerstören. Wenig später kommt es in Camelot zu einem sonderbaren Vorfall: alle sinken in einen Tiefschlaf, bis auf Morgana. Es ist Morgause, die einen bösen Zauber ausgesprochen hat! Merlin weiß, was er zu tun hat. Und es gelingt ihm, Morgause mit ihren eigenen Mitteln zu schlagen. Als die Zauberin erneut Camelot angreifen will, kommt es zu einer Explosion – und sie und Morgana lösen sich in Luft auf! Merlin lässt den Großen Drachen aus lauter Dankbarkeit frei …

Der Große Drache sorgt in Camelot für Angst und Schrecken. Drachenmeister gibt es längst nicht mehr, seit Uther Herrscher ist. Einzig Balinor lebt noch – ein Meister seines Fachs. Gaius hatte ihn vor Uther gerettet. Seitdem lebt Balinor versteckt in den Wäldern. Ihn müssen Merlin und Arthur finden. Denn nur Balinor wird den Großen Drachen besiegen können. Gaius vertraut Merlin an, dass Balinor sein leiblicher Vater ist. Die Suche nach dem Drachenmeister ist für den Zauberer damit noch wichtiger geworden. Als sie ihn endlich aufspüren, weigert sich Balinor, Uther und Camelot zu helfen. Es kommt noch schlimmer. Merlin, Arthur und Balinor werden angegriffen – und der Drachenmeister stirbt an seiner Verletzung. Vorher jedoch kann er seine Gabe an seinen Sohn weitergeben. Jetzt liegt es an Merlin, Camelot vom Drachen zu befreien.

König Uther sucht verzweifelt nach Morgana. Seit einem Jahr nun ist sie verschwunden – und niemand kann ihm sagen, wo seine Tochter steckt und ob sie noch lebt. Er schickt Merlin und Arthur los, um das Mädchen zu suchen. Der Weg führt die beiden weit hinaus. In unheimlichen Gefilden dann endlich taucht die verlorene Tochter wie aus dem Nichts auf. Blass und einsam steht Morgana vor Arthur und Merlin, die sie umgehend an den Hof bringen. Uthers Freude ist groß. Und jedermann erwartet nun, dass Morgana davon berichtet, wo sie war, was geschehen ist. Insbesondere Merlin ist unsicher: bei seiner letzten Begegnung mit Morgana wollte er sie vergiften. Kann sie sich daran erinnern? Sie kann! Und sie verzeiht Merlin, denn Morgana weiß, dass sie unter dem schlechten Einfluss von Morgause stand. Doch das ist nun vorbei, gelobt sie. Wenig später besucht sie Uther und will sich auch mit ihm versöhnen. Uther ist zu Tränen gerührt. Morgana trocknet seine Augen mit einem Taschentuch, das den nichts ahnenden Uther vergiftet. Das Tuch hat den König mit einem Vergessens-Zauber belegt. Uther verliert sein Gedächtnis. Stück für Stück. Niemand um ihn herum ahnt, dass Morgana dahinter steckt. Nicht einmal Merlin schöpft Verdacht. Er weiß nicht, dass Morgana sich des Nachts in einem Versteck mit Morgause trifft, um die weiteren Schritte gegen Camelot zu planen. Erst allmählich dämmert Merlin, dass die reumütige Morgana immer noch unter dem Einfluss von Morgause steckt. Doch längst haben die Frauen zum Angriff auf Camelot gepfiffen …

Der Große Drachen konnte Merlin retten. Doch die Gefahr, die von Morgana und Morgause ausgeht, ist noch lange nicht gebannt. Jetzt lastet alles auf Arthurs Schultern, er muss Camelot vor dem Untergang bewahren, derweil König Uther schwer erkrankt das Bett hüten muss. Morgause und Morgana haben Cenred auf ihrer Seite, er führt den Krieg gegen Camelot mit seinem brutalen Heer an. Morgause hat obendrein eine Armee aus Untoten zusammengestellt. Eine grausige Gefahr für das Reich! Merlin ahnt, dass es nur einen Weg gibt, all dem ein Ende zu bereiten: Morgana muss besiegt werden. Doch wie soll das gelingen?

Merlin entdeckt einen Kobold, der in den Körper von Gaius schlüpft. Als Gaius verwandelt er Arthur in einen Esel. Merlin gelingt es schließlich mit Hilfe von Gwen, den Kobold aus Gaius Körper zu vertreiben.

König Uther erfährt von einem „Kelch des Lebens“, der in den Händen der Druiden im Wald des Königreichs Cenreds ist. Er schickt seinen Sohn Arthur los, diesen Kelch für Camelot zu sichern, und zu verhindern, dass er in die Hände Cenreds fällt. Morgana belauscht das Gespräch zwischen Arthur und Uther und alarmiert sofort ihre Schwester Morgause und somit auch Cenred. Arthur, Merlin und Gwaine werden auf ihrer Suche von Cenreds Soldaten überfallen. So fällt der Kelch doch in Cenreds Hände. Ein Triumpf den Cenred nicht überlebt, Morgause lässt ihn töten. Nun ist der Kelch in ihrem Besitz und ihre Armee damit unbesiegbar. Zu allem entschlossen zieht Morgause mit dem Trupp der Unsterblichen nach Camelot …

Morgana ist nun die Königin von Camelot. Merlin erfährt von Gaius, dass Morganas Armee der Unsterblichen nur zerstört werden kann, wenn das Blut aus dem Kelch des Lebens entfernt wird. Doch dazu muss er den Kelch erst einmal finden. Prinz Arthur schlägt seine Freunde Lancelot, Gwaine, Percival und Elyan zu Rittern. Gemeinsam wollen die Männer durch einen Geheimgang in Camelot eindringen und versuchen, den gefangenen König Uther zu retten. Morgana taucht just in dem Moment auf, als Gaius Morgause in einem Gefecht tötet. Durch Morganas laute Schmerzensschreie über den Tod ihrer Schwester stürzen viele Mauern des Schlosses ein und begraben sie unter sich …

Die Ritter von Camelot durchstreifen den Wald und stoßen auf einen Ort, der von Merlin als „Schrein“ bezeichnet wird: ein Ort, den in früheren Zeiten Druiden für Seelen, die keine Ruhe finden konnten, erbaut haben. Trotz Merlins eindringlicher Warnung, nichts zu berühren, tritt Elyan an einen Brunnen und trinkt daraus. Von diesem Augenblick an ist er von dem Geist eines Kindes, das vor vielen Jahren bei einem von König Uther befohlenen Überfall getötet wurde, besessen. Da Uther Zeit seines Lebens versucht hat, alle Druiden und ihren Kult auszulöschen, befiehlt das Kind nun Elyan, König Arthur zu töten. Doch mehrere Versuche Elyans misslingen und er wird eingesperrt. Um ihn von dem Geist zu befreien, holt ihn Merlin aus dem Kerker und will mit ihm erneut zu dem Schrein gehen. Der Geist in Elyan sinnt jedoch weiterhin nach Rache und zwingt ihn, Merlin niederzuschlagen. Am selben Abend macht sich Arthur, verfolgt von Merlin, auf den Weg zum Schrein, um dort die Geschichte zu einem guten Ende zu bringen.

Das Dorf, in dem Gwen Zuflucht gefunden hat, wird von Helios, einem Mann aus dem Süden, überfallen. Er plant, Camelot einzunehmen. Dazu hat ihm Morgana ihre Hilfe angeboten, da sie noch immer Königin von Camelot werden will. Agravaine verschafft ihm die Pläne für die Geheimgänge, die sich unter Camelot befinden. Helios Männer metzeln viele der Dorfbewohner nieder, nur Gwen überlebt, da Helios Gefallen an ihr findet. Um Frieden mit dem Nachbarkönigreich Nemeth zu schließen, plant Arthur, auf die von Camelot beanspruchten Ländereien von Gedreth zu verzichten und die Prinzessin von Nemeth, Mithian, zu heiraten. Doch seine Liebe zu Gwen ist immer noch zu stark.