チセの元に届いた一通の招待状———それは魔術師の原石が集う”学院(カレッジ)”からのものだった。蘇る過去の記憶、やっと手に入れた居場所。悩みながらもチセは門を叩く決意をかためる。一 学びたいんです。それが私や誰かの助けになるかもしれないから 一

初めての授業。同室となる魔術師との邂逅。慣れぬ世界に戸惑うチセだったが、アリスとの再会に胸をなでおろす。2人の前には教壇に立つエリアスの姿。魔術師が集う学院で”魔法”の授業が始まろうとしていた。

チセの前に現れた凛とした青年、リアン。魔法の教えを乞う彼に、アリスの使い魔ウィル・オー・ウィスプは適性の欠如を宣告する。リアンは悲しげな表情を浮かべるも、気にした様子は見せない。彼の案内によってエリアスと合流したチセは食堂の訪問を提案される。そこにはチセのクラスメイトが集まっていた———

不意に誘われた霧の中。待ち受けていたのは、謎めいた婦女・ラハブとの邂逅だった。チセの胸元に光る翡翠の色を見て、彼女は過ぎし日を語り始める。人の形をなぞる日々が、人為らざる者にもたらしたものとは。

魔術師達との関わりの中で、チセは学院を飛び交う噂話を耳にする。学び舎の礎を築いた魔術大家<七つの盾>。そしてルームメイトに纏わる<書紡ぎ蜘蛛(ウェブスター)の悲劇>。学院に渦巻く因果が次第に姿を現し始める。そんな最中、同級生のゾーイの余所余所しさを憂いたチセは会話を試みるが…

師からの思いがけない言葉に不満を燻らせ、エインズワース邸を訪ねたアリス。その胸中を知り、チセもまた自分の境遇を思い返していた。「師弟」「伴侶」「親子」交わりの中で得た在り方。望むものと望まれるものの狭間で、少女達は揺れ動く。

期せずして知ったゾーイの秘密。その共有をきっかけに、生徒達は少しずつ打ち解け始めていた。しかしチセは未だ識らない。居合わせていた少女にもまた、縛られた運命があることに。一羽の夜鷹が、囚われた心を呼び戻す。

生きる知恵を得るための校外実習、“ブッシュクラフト”。生徒達は授業の一環としてスコットランドへ赴いていた。そこは、夜の者どもが荒野に遊ぶ地。善き者も悪しき者も、此方を見据える瞳は常に闇の中に在る。

あの時、耳元で囁かれた声。声に導かれるままに、海妖馬を傷つけた自分。その選択にチセは困惑していた。一方、学院内では閉架に収まるはずの禁書盗難が判明する。それは“カルナマゴスの遺言”の写本、生ける者の生死と時に纏わる書——。

ルーシーが目を覚まし、ひとたびの安堵が訪れたのも束の間。学院に忍び込んだ2匹の獣人がチセたちに襲いかかる。その姿に底知れぬ憎悪を表し、叫ぶルーシー。混沌とした状況で活路を思案するチセ。その時、彼女の内なる声の主が再び囁き始める——。

意識が戻らないルーシーとシメオンを心配するチセ。その原因は禁書“カルナマゴスの遺言”による魔力不足だと知らされる。2人の救出に手を差し伸べるエリアスに、チセも協力を申し出るが…。

亡霊彷徨うハロウィーンの夜。禁書の影響で体調の芳しくないルーシーの代わりとして、チセ達は廃棄塔を訪れる。現れたのは怪しげな風体の男、ザッケローニ。招かれるままに足を踏み入れた塔の地下、その先には——。ひと司る魔術の世界で、魔法使いは何を見るのか。

奪われた魔術書。フィロメラの自主退校の報せ。二つの危機が降りかかる中、学院の封鎖により一時の安息を得たチセ。だが、それは仮初めに過ぎない。生徒たちは己を守る術を習得するため特別授業に臨む。魔術に限らない”戦闘”の訓練に。

ロンドンの街に降り立つ二人の魔女。行方知れずの魔術書を求め、夜の街を巡り歩く。遠く響くは悲痛と憎悪を帯びた獣の声。時同じくして臥せるフィロメラ。知るはずのなかった優しさが彼女の心を締め付ける。

迫る試験に向け四苦八苦する生徒たち。息抜きに始まった小さな余興でリアンはフィロメラに勝負を挑む。ヴェロニカの一声で応じるフィロメラ。接戦の末に勝利したリアンだったが、彼の目に喜びの色は露ほどもなかった。

ヴァイオレットの発案で始まった「肝試し」二人組になって進む中、チセのペアとなったのはヴェロニカだった。慣れない組み合わせだが、チセには確かに聞きたいことがあった。フィロメラについて。彼女の家について。ヴェロニカは微笑みながら、フィロメラの生い立ちを語りだす。

原因不明の悪夢。魔力を抜かれ倒れてゆく者、閉鎖の理由を知り動揺する者。混沌とした学院の中で、チセは禁書と接触する。エリアスとの一時の休息も束の間、学院に不穏な気配が漂い始める。

少女の願いはただひとつ。愛されることだった。愛を注がれなかった空虚な心が、少女を異形へと変化させる。寄るべを求めた少女が、今は何を欲するのか。それは少女にも分からなくなっていた。

変わり果てた友の姿。チセが踏み出すには、それだけで十分な理由だった。友として、魔法使いとして、彼女を救うためチセは走り出す。今動かなければ、彼女は死んでしまうから。

これはいつかの記憶。精霊が生まれた日。最も大事な命が下された日。娘が愛されていたことを記憶し、伝える。例えその先にどんな悲劇が待っていようと、その役目だけは果たすはずだった。

友のために奮闘するゾーイ。その働きもあり、チセたちはついにフィロメラの元に辿り着く。溢れ、暴走した魔力は彼女らを記憶の回廊へと取り込む。惨憺とした過去を巡る歩みが、フィロメラの本音を引き出していく。

明かされたリズベスの過去。愛とも憎しみとも取れる感情、その執着の果てに生まれた結末。幽かな望みに縋ったフィロメラの祈りは、どこにも届かず闇に消えていくのか。愛されたかった、認められたかった、それだけなのに自分には何もない。そうだとしても。祈りを辞めなければ、差し出される手は掴むことはできない。

エリアスの助けで、リズベスの魔術を打ち破ったアルキュオネは本来の命令に従う。そこにはフィロメラを守るため、アダムの残した仕掛けが施されていた。しかし、リズベスは止まらず、自身すらも贄として異邦の神を顕現させてしまう。すべてを塵と化す神に、チセたちは女神モリガンの助けを借りて立ち向かうのだった。

ついにリズベスと決別するフィロメラ。学院で出会った大切な友と協力し、偽神の封印を試みる。彼女は、自分がもう1人でないことを知っていた。封印のため、助けを求めるその手には、すでに迷いなど無かった。