ある日、謎の光によって見知らぬ世界へ連れてこられた結月。そこは武将たちが戦う、まるで戦国時代のような世界だった。結月は混乱するなか、突然現れた『豊臣秀吉』と名乗る武将と出会う。秀吉は、家臣の竹中半兵衛、黒田官兵衛、前田利家、石田三成と共に、豊臣軍を指揮しこの戦乱の世界で天下統一を目指し戦っていた。ここは、人ならざる種族『月牙族（げっがぞく）』が争う『神牙（しんが）』という戦乱の世であった……。

吸血鬼。それが秀吉たちの正体であり、神牙の世界は吸血鬼や人狼などの人ならざる種族たちも暮らしている世界だった。さらに、結月の血には謎の女性・姫神子と同じ月牙族を覚醒させる力があった。覚醒は戦乱の世で大きな力となるが、それゆえに彼女を狙う者が出てくることになる。秀吉は自分と結婚をすれば守ってあげると提案してくるが……。

大量の贈り物を持って秀吉の元を訪れた武田信玄の家臣・高坂昌信。贈り物の一部は近くの寺にあるという。三成たち家臣は罠かもしれないと怪しむが秀吉は意に介さず寺へと向かう。寺には信玄の重臣である山県昌景、内藤昌豊、馬場信春、そして大将・武田信玄もいた。信玄は、織田軍に対抗し同盟を結ぼうと申し出るが秀吉は一蹴。秀吉と信長の間には、何か因縁めいたものがあるらしく……。

姫神子の手がかりがあるので行って欲しいとイマリに頼まれた結月は、黒田官兵衛、竹中半兵衛と共に真田領へと向かう。雨の中での旅がたたり高熱で倒れた結月だったが、佐助、才蔵らの看病もあり回復する。一方、姫神子の手がかりを探す官兵衛と半兵衛だが、姫神子がかつてこの地を訪れたこと以外はわからなかった。幸村は結月を連れ、村を案内していたが、その最中厄魔に襲われているという知らせが入り……。

ついに秀吉は信長に戦を仕掛ける。豊臣軍を筆頭に武田、真田軍、そしてもう一方は織田軍を中心に上杉、伊達軍によるまさに総力戦であった。武田軍は因縁ある上杉軍と戦い、そして豊臣軍は信長の首を狙うため秀吉自ら織田軍陣営に突撃した。そんな中、信長と光秀は周辺に火を放つ。猛炎の中、それでも信長を討とうとする秀吉だったが……。

突然あちこちに出現した厄魔により、先の大戦は勝敗がつかぬまま収束した。逃げる途中に傷を負ってはぐれ、森の中で気を失っていた結月は上杉謙信に連れられ、城で手当を受ける。謙信は息子・景勝に彼女の世話を任せるが、結月は怪我が悪化してしまい責任を感じる景勝。そんな折、隣国に不穏な動きがあるとの情報から、指揮官と援軍を派遣することになる。謙信はその大役を景勝に任せようとするが……。

秀吉の部下だと嘘をつき、混乱の上杉の城から結月を騙し、連れ出したのは伊達政宗だった。結月を連れて逃げる正宗たちだが、途中で厄魔に襲われたため近くの古寺に逗留する。政宗は、結月を今後の戦の交渉材料として使うつもりだった。だが、何者かが古寺に近づく気配を感じた政宗たちは、急ぎ古寺を後にする。政宗たちを追ってきたのは果たして……。

結月は信長の手に落ちてしまった。それを聞いた秀吉だが、結月救出の前にまず町の復興、そして前回の二の舞を避けるための軍の立て直しに尽力、さらに厄魔の気になる点も調べ始める。織田陣営で囚われの身となった結月は、信長の言動に怯えながらも世話役を命じられた明智光秀、森蘭丸、柴田勝家等と少しずつ打ち解けて行くのであった。

厄魔とは何なのか？ 一体どこから来るのか？ 独自に調べていた信長は厄魔を討伐するための巣窟探査を始める。臣下、さらに結月を連れて厄魔の巣窟を探す一行。なぜ自分もと思う結月だったが、自分の血が厄魔を呼び寄せていることを知らされる。信長への恐怖から逃げ出す事も叶わぬ結月は調査に同行するも、なかなか巣窟が発見できず疲労は増すばかりであった……。

町の復興と自軍の立て直しが一段落した秀吉は、満を持して結月救出のため単身織田城に乗り込む。信長と秀吉は、かつて共に天下統一を目指していた主君と臣下だったが、ある出来事をきっかけに袂を分かち、今ではお互いを討とうとする間柄であった。争うこともなく織田城の広間で二人だけで対峙する信長と秀吉。光秀や蘭丸、そして結月が心配する中、突然一発の銃声が轟く……。

信長からの厄魔討伐の協力依頼を断り、結月を連れ無事に戻った秀吉。半兵衛、官兵衛、利家たちも久々の結月の元気な姿に大いに盛り上がる。だが、その秀吉の城にも厄魔が襲来し始めた。今は利家たちの働きで防いでいるものの、このままでは復興した町が再び荒廃してしまう。厄魔の襲来を目の当たりにした秀吉は、討伐に手を貸せという信長の言葉を思い出していた……。

結月を取り込み地中に消えた巨大厄魔。信長を欠いた織田軍と合流した豊臣軍。そして真田、上杉、武田、伊達の各軍もまた、大量の厄魔に苦戦しながらも厄魔の巣窟を目指し樹海を進んでいた。崖下で巨大厄魔との戦いで傷ついた信長を発見した秀吉は、信長に手を貸すよう依頼する。その時、厄魔の咆哮があたり一面に響き渡った。果たして秀吉、信長、そして結月の運命は……?!