未認可地区。非合法の賭け試合に立つメガロボクサー・ジャンクドッグは、実力はありながら八百長で稼ぐしか生きる術のない自分の“現在”に苛立っていた。だがある日、その日常を壊す“運命”と出会う―肉体とギア・テクノロジーを融合させた究極の格闘技・メガロボクスを舞台に、男たちの熱い闘いが始まる！

リング上で向かいあう王者・勇利とジャンクドッグ。絶対的な力の差に不安を抱く南部贋作をよそに、ジャンクドッグは真の強者と闘う喜びに興奮を抑えきれないでいた。勇利から左手しか使わないというハンデを与えられながら歯が立たないジャンクドッグ。だがその拳は次第に鋭さと威力を増していき、ついに―。

ジャンクドッグは“ジョー”という名を手に入れ、メガロニアを目指し動き出すが、出場枠はたったの四つ。しかもランキング最下位のジョーをたった3か月でトップ圏内に食い込ませるという難題に南部は頭を悩ませる。強いギアを求めショップを訪れたふたりは、ストリートチルドレンのサチオたちと出会う。

ついに光り輝く公式戦のリングに立つジョーだったが、その姿に観衆は驚愕する。これこそが南部の考えた秘策。対戦相手のシャーク鮫島はその姿を挑発とみて怒りに荒れ狂う。ジョーの絶対に負けられない初戦が始まった。しかし、南部の予想に反してジョーは苦戦を強いられる。

初戦を突破し勢いに乗るチーム番外地に舞い込んだ吉報。なんと次の対戦相手としてランキング17位の強者が名乗りを上げたのだった。自分のランキングを一気に上げる好機と気合の入るジョーとサチオだったが、対戦相手のアラガキと南部の間には不穏な空気が流れる。ふたりの過去に一体何が―？

試合開始直後、いきなりダウンを取られるジョー。南部からメガロボクスのイロハを仕込まれたアラガキには、ジョーの攻撃はほとんど通用しない。「壊してみたくなった」、その言葉通りにアラガキの激しいパンチが容赦なくジョーに襲い掛かる。圧倒的不利なジョーの姿に、南部は覚悟を決める。

街は「ギアレス・ジョー」の話題で持ちきりになっていた。だが、メガロニア出場枠は残り一つ。そんな中、事実上の最終候補者と目される樹生 VS シュガー・R・ヒルの試合が開かれる。何とか残りの一枠に食い込むべく会場へ視察に訪れていた南部とサチオの前で、試合後、樹生が驚きの宣言をする。

注目の一戦はジョーの不戦敗で終わる。樹生がジョーの過去をネタに脅し、出場を阻んだのだった。メガロニア出場の道が断たれ行き詰まった南部に藤巻はある男を引き合わせる。それは白都のギア開発の内情を知る元エンジニア。その男から掴んだ思わぬ情報を元に、南部は最後の賭けに出る！

白都ゆき子の宣言により、メガロニア出場をかけたジョーと樹生の再試合が始まった。人工知能を搭載した樹生の最新ギア「エース」。その弱点は、予測不能の生身のジョー。そう看破した南部たちは勝利を確信していたが、更なる進化を遂げた「エース」によって、追い詰められるジョーだった。

念願のメガロニア出場を決め、祝勝に湧くジョーとサチオだったが、ひとり浮かない表情の南部。藤巻の無慈悲な追い込みにより遂に南部が白状する。―初めて明かされる、南部と藤巻だけが知る真実にジョーとサチオは……。チーム番外地が最大の危機を迎える中、ついにメガロニアが開幕する！

ジョーのメガロニア初戦。相手はグレン・バロウズ。藤巻の指示通りに八百長で負けなければ、自分だけでなく南部やサチオの身にも危険が及ぶ。悩みぬいたジョーは、ある決意を固めリングに立つ。その姿にどよめく観客たち。異様な雰囲気が会場を支配する中、試合開始のブザーが鳴りひびく―。

バロウズに勝利したジョー。その勝利と引き換えに大きな代償を支払った南部だったが表情は晴れやかで、チーム番外地は更なる結束のもと、決勝戦へ向けてトレーニングに励む。一方、ジョーのファイトを目の当たりにした勇利は初めて嫉妬という感情を知り、ある決心をする。勇利の決意はゆき子を驚愕させる。

夢にまで見た勇利との直接対決に燃えるジョー。敗北した日から3か月、遂に勇利のリングまで昇りつめたのだった。迎え撃つ勇利もまた、ジョーとの掛値なしの試合に喜びを覚えていた。あの日出会ったことで、運命が変わったふたりがメガロニア決勝戦のリングで対峙する。己の全てをかけた死闘が始まる！

人々が熱狂したメガロニアの決勝戦から７年後。ジョーは“ノマド”と名乗り地下のリングに立っていた。別人のような風貌に傷だらけの身体。そこにはかつてのチャンピオンの面影はなかった。ファイトマネーを稼ぎながら転々とする日々の中、ジョーはチーフという不思議な魅力の男と出会う。

ジョーはミオという悪ガキにバイクを盗まれてしまう。バイクを探す中で「カーサ」と呼ばれる移民たちのコミュニティに辿り着くが、バイクは既に解体されていた。事情を知ったミオの母・マーラが修理と弁償を申し出るが、ジョーは長旅の疲れと鎮痛剤の禁断症状が重なり、その場に倒れてしまう。

チーフは自分たちの家や仲間を守る為、これまで貯めてきたファイトマネーと今度のメガロボクストーナメントの優勝賞金とで「カーサ」の土地を買い取ろうとしていた。しかし、移民を町から追い出したい一心の氷川は、チーフの志を砕こうと執拗な嫌がらせを始める。

大会の決勝戦を迎えたチーフとジョー。対戦相手は氷川の子飼いのボクサー・クレイジー間宮。移民と反移民の観客で会場内は異様な雰囲気となる。一進一退の攻防の中、チーフはジョーとある約束を交わす。

チーフと交わした約束を胸に、帰郷したジョーが目にしたものは廃墟と化した“番外地ジム”だった。子供たちの安否を確かめるべく訪れた虻八商店で、１年前に台風で川が氾濫し辺り一帯が被害にあったことを知る。

突然戻って来たジョーを受け入れられず、苛立ちを抑えられないサチオは、ボンジリの店に居合わせた客と揉めて怪我を負わせてしまう。荒れるサチオを心配しながら、オイチョは決別のきっかけとなったあの日の試合を思い出していた。

勇利の愛弟子であり、デビュー以来無敗を誇る現役チャンピオン・リュウ。次の対戦相手であるマックは、大怪我から奇跡の復活を遂げた人気のメガロボクサー。対戦へ向けてトレーニングにも熱が入るリュウだったが、５年前のジョーとのエキシビションマッチに対し心残りがあった。そんな中、ジョーの帰還を耳にし、彼に会いに行く。

ジョーも見守る中、リュウ対マックの試合が始まる。序盤はリュウが優位に進めるが、マックタイムを期待する観客の声援もあり、白熱した試合で会場は大いに盛り上がる。一方、ふたりの試合を観戦していた白都ゆき子は兄・樹生のある言葉を思い出していた。

マックの脳に移植されたチップ「Brain Encoding System（通称ベス）」の安全性について疑念を覚えたゆき子だったが、経営者としての責任と、自身の理念との間で、どう動くべきなのか思い悩む。南部の墓前で偶然ジョーに出くわしたサチオは、相変わらず激しく拒絶する。少しの溝も埋まらないふたりを表すかのように、番外地にはまたしても台風が近づいていた―。

突然、マックの対戦相手に指名され戸惑うジョーだったが、番外地に再び灯りをともすため、自分に出来ることは何なのか思いを巡らせていた。そんなジョーへ心を開いていくボンジリ、サンタ、オイチョとは対照的に、どんどん孤立化していくサチオは、かつての南部の言葉を思い出していた。

修繕が終わった番外地では、これを祝うささやかなパーティーが開かれていた。ジョーは仲間たちの前で、この５年間の出来事を全て打ち明け、マックとの対戦についてある意志を告げる。一方のマックは、憧れのボクサーであるジョーとの対戦に、期待に胸を躍らせていたが、思いもよらない衝撃の真実を知ることとなる。

ジョーは勇利の指導の下、アラガキを相手にトレーニングに励み、サチオは虻八とオイチョとともにチーフから受け継いだジョーのギアのカスタマイズに挑んでいた。マック戦に向けて再びチームがひとつになっていた。一方、全ての真実を知ったマックは、家族も佐久間も捨てて街を彷徨っていた。

遂にジョー対マックのゴングが鳴った。一進一退の攻防が続く中、ふたりを奮い立たせるものは、支えてくれた家族や仲間たちの存在だった。全身全霊でお互いの拳と魂をぶつけ合うジョーとマック。その闘いの後に人々に訪れたものとは―。