現代からユグドラシルに召喚された周防勇斗は、小さな氏族《狼》の宗主として隣接する大国《角》との戦争を指揮していた。スマホから得た戦術の知識、そして特殊な力『ルーン』を持つ少女フェリシアとジークルーネの力で見事勝利を収めた勇斗は《角》の宗主と対面することになる。しかしそこに現れたのは年端も行かぬ若き宗主リネーアであった。

妹分となったリネーアと《角》の氏族を守るため、勇斗は強大な敵国《蹄》と戦うことを決意する。すべてを蹂躙するチャリオット部隊を前に、勇斗は《狼》と《角》の力を合わせた総力戦で挑む。優勢に思えた戦況だったが、《蹄》の宗主ユングヴィは勇斗の戦術の弱点に気づき、守りの薄いリネーアを追い詰めていくのだった。

リネーアからの求婚に頭を悩ませる勇斗。そこへ、虎心王の渾名を持つ《雷》の宗主、ステインソールが現れる。二つのルーンを持つ彼に、ジークルーネでさえ恐れを抱いてしまう。さらに《爪》の国からやってきた双子のエインヘリアルに、勇斗は王としての器を試されるのだった。

《角》の街、ギムレーを訪れた勇斗たち。新しい農法を提案する勇斗だったが、街の人々の反応は冷たい。リネーアは勇斗の役に立とうと、人々を説得し始める。彼女の人望に感心する勇斗。だがリネーアは、勇斗より劣っている自分に、宗主としての自信を完全に失っていたのであった。

ついに《雷》と戦いがはじまる。知略を巡らす勇斗であったが、ステインソールは自ら最前線に立ち、その圧倒的な力で《狼》の兵を打ち破っていく。無双の虎を止めるべく、《狼》のエインヘリアルたちは彼を囲み総攻撃を仕掛けるが――。最強のエインヘリアルを前に、勇斗が生み出した蛇が牙をむく。

《狼》の人材不足に悩む勇斗。一方、フェリシアたち七人の乙女は勇斗の日頃の疲れを癒すべく温泉旅行を計画する。好意に甘え、体を休ませる勇斗。そこに裸のフェリシアたちがやってきて、勇斗の体を洗いたいと申し出る。逃れられず成す術のない勇斗は、正々堂々立ち向かうのだった。

遊牧民族《豹》の手により、《角》の街が落とされる。勇斗はすぐにでも助けに行こうとするが、《狼》だけが持つはずのあぶみの技術を使う《豹》に違和感を覚える。《豹》の宗主はかつて《狼》の若頭であり、兄と慕った男であった。そして《豹》の騎馬隊が《狼》を包囲するとき、勇斗は過去と対峙する。

いまいち学校の子供たちと馴染めていないエフィーリア。それは元奴隷でありながら勇斗に特別扱いをされていることへの妬みが原因だった。幼い女子の人間関係に踏み込みづらい勇斗に代わり、アルとクリスが策を練る。一方、イングリットは勇斗のあまりの鈍感さに機嫌を悪くし、自分も女であることをアピールしようとするのだった。

大晦日。美月は友人の瑠璃から従姉妹の沙耶を紹介される。考古学に詳しい彼女に勇斗から教えてもらったユグドラシルのことを説明すると、沙耶は北欧神話との関連性を口にする。次第にそれは、勇斗の身に降り注ぐ災いを予言したものになっていく。美月はすべてを勇斗に伝えようと電話をかけるが、抱えていた想いが溢れだしてきて。

美月と瓜二つの少女、リーファから現代に帰る方法を聞く勇斗。彼女を加え、フェリシアたち《狼》の臣下と新年の宴を楽しむ。しかしその直後、勇斗は《雷》が再び動き出したことを知る。迎え撃つ《狼》の軍。虎心王ステインソールの力に圧されながらも、勇斗の策で優勢となるはずだった《狼》だが――。

予想していなかった《豹》の奇襲。勢い衰えぬステインソールと本陣間近まで迫ったルングに、敗走を余儀なくされる勇斗。兵と自分の命を守るのか、占領され全てを奪われるだろう市民を守るのか、苦渋の選択の末、勇斗は自らが百錬の覇王であることを証明する賭けにでる。

ルングとの戦いを終え、現代に帰ってしまった勇斗。待ち望んでいた美月との再会に喜び、争いのない平穏な日常へと戻っていく。だが、心のうちではユグドラシルのことが忘れられず、美月も勇斗の気持ちに気づいてしまう。フェリシアたちへの想いを断ち切れない勇斗を、美月は夜の神社へ呼びだした――。