無鉄砲な熱血捜査で負傷した警視庁捜査一課強行犯係の刑事・矢代朋は復帰早々、異動を命じられる。異動先は薄暗い地下にある窓際部署――「特命捜査対策室」第6係。未解決事件の文書捜査を担当する「文書解読係」だった！

大手IT企業の社長令嬢が連れ去られ、1億円の身代金を要求される誘拐事件が発生する。早期解決を目指す捜査本部は、各部署から人員をかき集め体制を強化。特命捜査対策室からも第6係の刑事・矢代朋が招集される。

大学教授・塚本秀平のもとで百人一首を研究していた舞阪佳織が、白昼の駐輪場で刺殺された。事件当時、現場から立ち去る男の目撃情報があったにもかかわらず、被疑者は捕まらず事件は未解決のまま凍結されていた。

長瀬真智が山中の橋から転落し、全身打撲で意識不明の重体に陥った。真智が乗っていた車から、ある失踪者のものとDNAが一致する毛髪が採取される。この事件が発端となり、ある未解決事件の捜査が再び始まる…。

厚労官僚の須賀（児玉頼信）がゴルフ場で倒れ、死亡する。死因は、5年前に手術を受けた際の医療ミスによるものだったと判明。朋（波瑠）は、須賀が手術を受けた病院で同じく5年前に発生した放射線技師殺人事件の再捜査を提案。理沙（鈴木京香）は技師が残した「も」というダイイングメッセージを解析する。

ダンサーの遠藤千鶴が鉄パイプで頭部を殴打され、殺害された。その6年後、第6係の刑事・矢代朋は高校の同窓会に参加し、そこで再会した磯野賢治から、千鶴を殺した犯人がわかったかもしれないと耳打ちされる。

現金輸送車が襲われ、現金3億円を強奪されるが遺留品は少なく、事件は迷宮入りしてしまう。15年後、男の死体が発見され、警察が駆けつけるが死体は消えており、そこには不可解なカードと2千円札が残されていた。

百々瀬佐智を誘拐し、その父・博昭から身代金をせしめて逃亡した秋田が、朋を銃で撃って逃走する。朋を撃った拳銃と藤枝信也を撃った拳銃が同じものだと判明し、どちらも秋田の犯行だということが裏づけられるが…。