Jukai est médecin. Il parcourt le pays en posant des prothèses de bras et de jambes à ceux qui les ont perdu à la guerre. Un jour, sur la rive, il découvre un bébé privé de la plupart de ses membres. Il décide d'élever l'enfant, qu'il baptise "Hyakkimaru", et lui fournit des protheses. Jusqu’au jour où Hyakkimaru se lance dans une quête afin de récupérer ses vrais membres.

Dororo et Hyakkimaru font face à Tanosuké, un meurtrier qui brandit une épée maudite renfermant un démon. Hyakkimaru parvient tant bien que mal à repousser Tanosuké. Mais la lame du démon tombe entre les mains de Dororo, dont elle prend le contrôle.

Après être entrés dans le domaine de Seigneur Daigo, Dororo et Hyakkimaru entendent les récits de Banmon, immense mur qui constitue le dernier vestige d’un fort qui se trouvait autrefois à la frontière. Hyakkimaru se prépare à combattre le démon renard qui hante le mur.

Dans un temple abandonné et incendié, Dororo et Hyakkimaru rencontrent Sabamé, un homme nommé qui règne sur les environs. Il les invite à son manoir et leur raconte l'histoire du temple incendié et de la goule qui le hante. Dororo et Hyakkimaru le soupçonnent de ne pas dire la vérité.

Jukai se retrouve avec un Hyakkimaru ensanglanté sur le site d'une bataille récente. Il découvre la vérité sur les liens qui unissent Hyakkimaru et ses démons. Hyakkimaru demande à Jukai une nouvelle jambe prothétique, mais ...

Daigo Kagemitsu continue de se préparer à la guerre avec le pays voisin d'Asakura. Après avoir appris que Hyakkimaru s'approche de son domaine, Kagemitsu envoie Tahomaru se débarrasser de lui.

Hyakkimaru se retrouve face à Tahomaru, Mutsu et Hyogo, possédés par le pouvoir des démons. Dororo, Lady Nui et Biwamaru se précipitent sur les lieux où ils assistent à une bataille féroce qui déterminera l'avenir du pays de Daigo.