Aan het einde van de 24e eeuw, 14 jaar na zijn uitdiensttreding bij Starfleet, leeft Jean-Luc Picard een rustig leventje op zijn wijngaard, Chateau Picard. Maar wanneer hij bezocht wordt door een mysterieuze jonge vrouw - Dahj - die zijn hulp nodig heeft, beseft hij dat zij misschien persoonlijke banden heeft met zijn eigen verleden.

Picard begint het mysterie van Dahj te onderzoeken, evenals wat het bestaan voor de Federatie betekent. Verborgen vijanden zijn geïnteresseerd in waar Picard's zoektocht naar de waarheid over Dahj zal leiden.

Soji is zich niet bewust van haar speciale aard en zet haar werk voort en trekt de aandacht van de uitvoerend directeur van het Borg Cube-onderzoeksproject. Nadat hij gebeurtenissen uit het verleden met een terughoudende Raffi opnieuw heeft georganiseerd, zoekt Picard anderen die willen meewerken aan zijn zoektocht naar Bruce Maddox, waaronder piloot en voormalig Starfleet-officier Cristóbal Rios.

De reis naar Freecloud loopt anders dan verwacht wanneer Picard een stop wil maken op Vashti, waar Picard en Raffi 14 jaar geleden Romulaanse vluchtelingen hebben gehuisvest. Bij aankomst ontmoet Picard Elnor (Evan Evagora) opnieuw, een jonge Romulaan met wie hij tijdens de huisvesting bevriend raakte. Ondertussen wil Narek meer over Soji te weten komen, en raakt Narissa ongeduldig.

De bemanning van La Sirena begint een onvoorspelbare en levendige expeditie op Freecloud op zoek naar Bruce Maddox. Wanneer ze ontdekken dat Maddox in een moeilijke situatie verzeild is geraakt, biedt een bekend gezicht haar hulp aan.

Picard en de anderen ontdekken dat Soji aan boord van een Borg-kubus binnen Romulaans gebied is, wat voor Picard beklemmende herinneringen terugbrengt. Ondertussen denkt Narek eindelijk een manier gevonden te hebben om veilig informatie uit Soji te krijgen.

Picard en Soji transporteren naar de planeet Nepenthe, de thuisbasis van enkele oude en vertrouwde vrienden. Terwijl de rest van de La Sirena-bemanning probeert toe te treden, helpt Picard Soji haar recentelijk ontgrendelde herinneringen te begrijpen. Hugh en Elnor blijven achter op de Borg-kubus en moeten worden geconfronteerd met een woedende Narissa.

Wanneer verwoestende waarheden achter de Mars-aanval worden onthuld, realiseert Picard zich hoe ver velen zullen gaan om geheimen te bewaren die generaties teruggaan, terwijl de La Sirena-bemanning worstelt met eigen geheimen en onthullingen. Narissa dirigeert haar bewakers om Elnor te vangen en een onverwachte reeks gebeurtenissen op de Borg-kubus te veroorzaken.

Na een ongebruikelijke en gevaarlijke reis, komen Picard en de bemanning eindelijk aan op Soji's thuiswereld Coppelius. Maar met de Romulaanse oorlogsschepen op hun hielen brengt hun komst alleen maar meer gevaar met zich mee, en ontdekt de bemanning onverwachte dingen over de bewoners van de planeet.

In de seizoensfinale plaatst een laatste confrontatie met de thuiswereld van de kunststoffen, Coppelius, Picard en zijn team tegenover de Romulans, evenals de synths die hun bestaan ten koste van alles willen beschermen.

Seizoenspremière. Starfleet moet opnieuw een beroep doen op de legendarische Jean-Luc Picard nadat leden van zijn voormalige bemanning, Cristóbal Rios, Seven of Nine, Raffi Musiker en dr. Agnes Jurati , een anomalie in de ruimte hebben ontdekt die de melkweg bedreigt.

Picard wordt getransporteerd naar een alternatieve tijdlijn in het jaar 2400 waar zijn oude aartsvijand, Q, een laatste 'proef' heeft georkestreerd. Picard zoekt zijn vertrouwde bemanning terwijl hij de oorzaak van deze dystopische toekomst probeert te vinden.

Picard en de bemanning reizen terug in de tijd naar het Los Angeles van 2024 op zoek naar de 'Hoeder', die hen kan helpen te bepalen wanneer de tijdlijn verstoord werd. Seven, Raffi en Rios moeten zich zien te redden in een voor hen onbekende wereld, terwijl Picard en Jurati informatie proberen te verzamelen van een onwaarschijnlijke en gevaarlijke bondgenoot.

Nu de tijd dringt om de toekomst te kunnen redden, neemt Picard het heft in eigen handen en zoekt hij hulp bij een oude vriend. Ondertussen belandt Rios aan de verkeerde kant van de wet en sluit Jurati een deal met de Borg-koningin.

Picard ontdekt dat een belangrijk persoon uit zijn verleden een belangrijk onderdeel kan zijn van de afwijking in de tijdlijn. Q blijft de tijdlijn manipuleren en toont interesse in dr. Adam Soong. Seven en Raffi proberen Rios op gedurfde wijze te redden, terwijl Jurati wordt geconfronteerd met de gevolgen van haar deal met de Borg-koningin.

Met de hulp van Tallinn infiltreren Picard en de bemanning een gala aan de vooravond van een gezamenlijke ruimtemissie om een van de astronauten te beschermen die volgens hen cruciaal is voor het herstel van de tijdlijn: Renee Picard. Kore doet een verrassende ontdekking over het werk van haar vader.

Tallinn waagt zich in Picards onderbewustzijn om hem uit een coma te helpen ontwaken en zowel zijn donkerste geheimen als diepste angsten onder ogen te zien. Seven en Raffi gaan op zoek naar Jurati van wie ze vrezen dat ze is gezwicht voor het monster binnenin haar. Rios probeert de waarheid over wie hij werkelijk is voor Teresa te verbergen.

Omdat de lancering van de Europa-missie nadert, moeten Picard en Guinan zichzelf bevrijden uit de hechtenis van de FBI. Seven en Raffi komen oog in oog te staan met Jurati en de gruwel van wat ze is geworden.

Picard en zijn bemanning vechten voor hun leven als ze worden aangevallen door een nieuwe incarnatie van een oude vijand. Maar om te overleven, moet Picard eerst zijn verleden onder ogen zien. Seven en Raffi hebben een laatste confrontatie met Jurati.

In de finale van seizoen twee, met nog maar enkele uren tot de Europa Lancering, bevinden Picard en de bemanning zich in een race tegen de klok om de toekomst te redden.