Dwanaście lat po zagadkowym wydarzeniu na Ziemi Dan budzi onieśmielającą bestię, która zostaje jego partnerem. Chłopak i jego przyjaciele biorą udział w pierwszej bitwie.

Dan staje do bitwy bakuganów, broniąc lokalnej burgerowni. Ekstra Ekipa ustawia do pionu dzieciaki z sąsiedztwa, które używają bakugana do niecnych celów.

Ekstra Ekipa naprostowuje łobuza, który okrzyknął siebie najlepszym bakuwojownikiem. Wynton stroi sobie żarty ze swojego bakugana, dlatego ten postanawia dać mu nauczkę.

Po wprowadzeniu zakazu walk bakuganów Ekstra Ekipa musi znaleźć nowe pole bitewne. Wyzwana na pojedynek Lia staje do zaciętej walki.

Dwójka wojowników pragnących dołączyć do Ekstra Ekipy daje popis swoich umiejętności. Później dochodzi do zaginięcia bakugana, a ekipa spotyka łowcę.

Piorun znajduje nowego bakugana, Artuleana, który staje do walki z Howlkorem. Reportaż o Ekstra Ekipie stawia jej członków w trudnej sytuacji.

Wojownicy drużyny przeciwnej wyzywają Ekstra Ekipę na pojedynek, w którym zwycięzca bierze wszystko. Możliwe, że ekipa będzie musiała dołączyć do ligi, aby uratować park.

Po spotkaniu Lupitheona wojownicy z Ekstra Ekipy odkrywają, że ktoś przejął kontrolę nad ich bakuganem. Piorun węszy podstęp, kiedy Dan zaczyna się dziwnie zachowywać.

Ekstra Ekipa trafia do podziemnego labiryntu, w którym wojowników wyzywa na pojedynek ich zagorzały fan. Lia wkracza do akcji, kiedy dochodzi do zanieczyszczenia łąki.

Podczas walki Dana z Magnusem oglądamy wyewoluowanego bakugana. Ekipa dostaje zagadkowe wezwanie, rusza na poszukiwania bakugana i trafia do dziwnego miejsca.

Chcąc pozostać w ekipie, Shun staje do walki bakuganów, która może odmienić jego życie. Dan i Shun walczą o przywództwo, a na horyzoncie pojawia się nowe zagrożenie.

Shuna odwiedza pewna osoba, która ma dla niego złą wiadomość. Do akcji wkracza też niespodziewany przeciwnik. Drago i inne bakugany mają zagadkową wizję.

Próbując zdemaskować oszusta, wojownicy odkrywają, że ktoś ich obserwuje. Ekipa spotyka Bentona Duska i stawia czoło agentom AAAnimusa pracującym dla Philomeny Dusk.

Dowiedziawszy się o istnieniu więzienia dla bakuganów, ekipa udaje się do niebezpiecznego labiryntu. Wojownicy muszą wspólnymi siłami znaleźć drogę ucieczki.

Bakugany uwięzione w labiryncie spotykają alternatywną wersję wojowników. Po opuszczeniu Vestroii ekipa z radością wraca do domu — ale czy na pewno to jest ich dom?

Gdy władzę nad bakuganami przejmują mroczne siły, Drago i ekipa używają potężnego źródła mocy, aby je powstrzymać. Nieco później Tiko próbuje zniszczyć Główny Bakurdzeń.

Po opuszczeniu labiryntu Ekstra Ekipa wykorzystuje cenną wiedzę bitewną w praktyce. Później wojownicy zastanawiają się, co zrobić z bakuganem przypominającym miśka.

Shun staje do walki z kuzynem, a ekipa próbuje wyewoluować swoje bakugany. Najpierw wojownicy muszą jednak znaleźć sposób na wydobycie energii z Głównego Bakurdzenia.

Zafascynowana filmowaniem bakuganów Lia próbuje wyewoluować Pegatrix. Dan próbuje oszukać przyjaciół, a Duran Dane liczy na pojedynek z ulepszonym bakuganem.

Po namierzeniu Głównego Bakurdzenia Dan i Wynton spotykają starego wroga. Później pułkownik Tripp przejmuje kontrolę nad umysłem Wyntona i doprowadza do wojny bakuganów.

Dan wyzywa Magnusa i wojowników na pojedynek. Wkrótce szyki krzyżuje mu jednak wybuch wulkanu. Piorun namierza Główny Bakurdzeń i staje do walki ze Stratą.

Ekstra Ekipa poznaje nowe fakty dotyczące Głównego Bakurdzenia i dowiaduje się, że jest on pod ochroną Magnusa i jego zespołu. Nieco później Dan i Mangnus stają do walki.

Ekstra Ekipa nie może zbliżyć się do Głównego Bakurdzenia, by go ochronić, dlatego przyjmuje niespodziewaną propozycję współpracy od Philomeny Dusk.

Podczas transportowania helikopterem Głównego Bakurdzenia Ekstra Ekipa musi stanąć do walki. Prace badawcze przynoszą lepsze efekty, niż wojownicy się tego spodziewali.

Tajemnicza więź między Ekstra Ekipą a Głównym Bakurdzeniem ma straszne konsekwencje. Na jaw wychodzą prawdziwe zamiary Philomeny, która pragnie utworzyć świat idealny.

Chcąc udaremnić zamiary Philomeny, Ekstra Ekipa zawiera wątpliwy sojusz z Bentonem. Podczas ostatecznej walki bakuganów lojalność partnerów zostaje wystawiona na próbę.

Nowa przygoda Ekstra Ekipy rozpoczyna się na tropikalnej wyspie, która nie jest taka spokojna ⁠— ani bezludna ⁠— jak się wydaje. Poruszające odkrycie zmienia ich misję.

Ekscytujące zaproszenie i sygnał Głównego Rdzenia sprowadzają Ekstra Ekipę na wyspę Brakistan. Tam poznają jej dziwnego młodego króla, który pragnie zostać wojownikiem.

Ekstra Ekipa przebiera się, aby uciec z Brakistanu. Lia daje zakochanemu lordowi Brakkenowi trudną lekcję o miłości, życiu i walce.

Nowy filmik Dana i Wyntona zagraża ich sekretnej misji. Ekstra Ekipa i Magnus wpadają na siebie w czasie poszukiwań Głównego Rdzenia i spotykają jego obrońcę.

Ekstra Ekipa podąża za dziwnym sygnałem i odkrywa wielką operację na sztucznej wyspie. Shun spotyka się z dawno niewidzianym ojcem i staje przed trudnym wyborem.

Drago ma niepokojącą wizję, ale tata Shuna ignoruje ostrzeżenia. Masato uwalnia potężne zagrożenie, przez które bohaterowie muszą przekroczyć granicę własnej odwagi.

Gdy Ekstra Ekipa zaczyna wątpić w plan Bentona z ogólnodostępną siecią, ten zaprasza ich na luksusową imprezę na basenie. Powraca stary wróg, silniejszy niż kiedykolwiek.

Gdy Benton odkrywa nową bramę w parku rozrywki, zabawa będzie ostatnią rzeczą, jaką tam znajdą. Strata wyskakuje nagle z labiryntu, a jego zachowanie martwi Ekstra Ekipę.

Ekstra Ekipa dokonuje niezwykłego odkrycia dzięki złotemu bakuganowi Trhyno. Magnus i Dan ponownie się pojedynkują – tym razem na niebezpiecznym nowym terenie.

Nowa moc Magnusa ma przerażającą cenę. Ekstra Ekipa odkrywa złowieszczy plan Tiko, ale nie wiadomo, jak go powstrzymać. Dan ukrywa mroczny sekret.

Drago potwierdza swoje przypuszczenia, po czym staje z Danem do walki na śmierć i życie. Magnus przywołuje inny rodzaj siły w czasie walki z Tiko.

Benton odkrywa moc wirusa V. Młodzi wojownicy poznają ekosystem Vestroi i zauważają, że z Bentonem dzieje się coś dziwnego.

W czasie misji w Brakistanie Ekstra Ekipa odkrywa, że pałac – a wraz z nim lord Brakken – są jeszcze dziwniejsze niż dotąd. Przyjaciele muszą się wydostać z potrzasku.

Podczas następnej misji członkowie Ekstra Ekipy mierzą się z zaskakującym przeciwnikiem. Później jedna rozmowa zmienia wszystko, co wiedzą o Głównych Rdzeniach.

Członkowie Ekstra Ekipa zaczynają podejrzewać Bentona i postanawiają go sprawdzić. Po wszystkim są zmuszeni poprosić starego rywala o radę.

Gdy dzieci na świecie tracą swoje bakugany, Ekstra Ekipa musi działać, by wszystko odkręcić. Później konfrontacja z pułkownikiem Trippem przytłacza Wyntona.

Lia poznaje rywalkę, Chinę Riot, i startuje w niespodziewanych zawodach. Ekstra Ekipa odwiedza ojca Shuna i dokonuje odkrycia w kwestii Głównych Rdzeni.

Kuzyn Shuna, Masato, zdradza Ekstra Ekipie zaskakujące wieści. Shun prosi ojca, aby podjął słuszną decyzję.

Ekstra Ekipa walczy z siłami wroga i formuje sojusz z dawnym przeciwnikiem. Później ten nowy układ wpakuje ekipę w ryzykowną misję ratunkową.

Ekstra Ekipa przegrupowuje się po akcji ratunkowej i odkrywa sposób na uleczenie pokonanego sprzymierzeńca.

Główne Rdzenie stają się celem ataku i Ekstra Ekipa zna tylko jeden sposób, by je ochronić. Tymczasem Dan w końcu dowiaduje się prawdy o Tiko.

Tiko szykuje się do ataku na swój największy cel, a Shuna odwiedza członek rodziny. U boku Ekstra Ekipy stają nieoczekiwani sojusznicy, aby bronić planety.

Ekstra Ekipa i ich sprzymierzeńcy obmyślają przebiegły plan obrony przed Tiko i jego siłami. W czasie ogromnej bitwy objawia się potężny bohater.

W czasie epickiego starcia z Ekstra Ekipą Tiko wyjawia swoją prawdziwą postać. Podczas ostatecznej walki Dan ma nadzieję, że ich plan awaryjny ocali świat.

The AO plan on sneaking into AAAnimus and rescuing their Bakugan but are stopped by Benton who offers up an alternate plan.

The AO team up with Benton Dusk to recapture their stolen Bakugan and free the energy from the Mind Core Cell.