偶然にも同時に当選した＜限定キャラ＞を切っ掛けに、怜奈は双子の兄・秀悟を誘い、ネットゲーム「The World」にアクセスした。だがそこに、設定以上にハイレベルなモンスターが出現した。懸命に逃げるふたり。「死ぬのか…」あきらめとリスタートへの思いがシューゴを包む。その時、白衣の少女が降り立ち…。

＜花見イベント＞会場はミレイユが目覚めさせてしまったモンスターで大パニック。呪紋も物理攻撃も効かないモンスターに焦ったシューゴは「データドレイン」を撃つ。だが、その光は飛び散り、味方の技が効かなくなってしまった。その時、シューゴの背後から声が掛かる。そこには、最強の拳闘士のひとり・凰花の姿があった。

腕輪の力をコントロールしようと、レベルアップに励むシューゴ。だが、いつの間にかレナにも大きな差をつけられ、シューゴは自分の腑甲斐なさを感じふてくされてしまう。病気に苦しむプチグソを抱いたほたると出会ったのはそんな時だった。ふたりは、その特効薬を求め、無理を承知でハイレベルエリアへ向かう。

三十郎との修行で何かを掴み始めたシューゴは、ある日、レナに誘われ「七夕イベント」へ参加することにした。竹林に囲まれた特設エリア。願い事が書かれた短冊。多くのプレイヤーが集まり、いつにない盛り上がりを見せるイベント会場。だが、「織姫争奪バトルロイヤル」の最中、予定外の倒せないモンスターが現れて…。

レナとシューゴの周囲で連続する不可思議な事件。その異質さに不安を感じるバルムンクと三十郎だが、「The World」の楽しさを知ったばかりのふたりには、その声は届かない。そんなある日、腕輪をくれた少女からと思われるメールが届いた。そのメールに書かれた不気味な洋館へと向かったシューゴたちだったが…。

レナが消えたのは＜限定イベント＞だと信じるシューゴたちは、差出人不明のメールに望みを掛け、指定されたエリアに向かう。「The World」で初めて見る温泉に喜ぶミレイユたち。その時だった。レナの無事を祈るシューゴの思いが届いたのか、湯けむりの向うからレナの声が聞こえて来て…。

「このエリアでレナが消えた…」それはゲーム内だけのことでは終らなかった。ほぼ同時に、怜奈がリアルで原因不明の昏睡状態に陥っていたのだ。「もし、行方不明のレナを見つけることができれば、リアルの怜奈も意識が戻るかもしれない…」一筋の希望を胸に抱き、シューゴはひとりゲートをくぐる。

派手な動きはするなという三十郎たちを振りきり、シューゴは、レナへ繋がる唯一の手掛かり＝改造モンスターを探し始める。だが、その動きはシューゴを狙う邪悪な意志だけでなく、今回の事件を捜査する碧依の騎士団にも捉えられていた。絶体絶命のシューゴの前に、かつて騎士と呼ばれた赤い目の男が現れる。

レナから届いた一通のメール。だが、そこから何の手掛かりも導き出せず、シューゴたちは失望に包まれ始めていた。その時、意外な人物・レキがシューゴの前に訪れる。敵対関係にあるはずのレキから知らされる糸口、手渡されたリスト。腕輪に秘められた新たな力を使い、シューゴは禁断の地・プロテクトエリアに飛ぶ！

CC社が公表した事件の真相。だがそこには、自社の保身を考えた言葉が並んでいた。このままでは事件は消え去り、レナは戻ってこない。焦るシューゴ、だがそれはシューゴに関わった他の者たちも同様だった。今、自分がすべきことは、出来ることは何か。決意を新たに、カオスゲートへ向かうシューゴに三十郎たちが合流する！

ゲートハッキングを使い、ネーベルモントへアクセスしたシューゴ。だが、そこで待っていたのはレナではなく、放浪AI・モルティだった。「The World」内の中でモルティが望む「完全な死」。そのため、レナは狙われたのか。捕われたレナを前に、シューゴたちは、モルティに作られたウィルスに汚染されていく…。