Ritsuko y Misato son invitadas a una demostración de un prototipo de combate con generador propio llamado JA (Jet Alone), desarrollado por una organización que rivaliza con NERV. Ritsuko advierte al jefe de ese proyecto que un equipo de combate de esa naturaleza es inseguro y que corre riesgo de explotar por sobrecalentamiento. Pero lo único que consiguen es quedar en ridículo, con la mala experiencia en donde Shinji pierde el control del EVA-01. Ritsuko sabotea con su computadora el programa del JA, haciendo que el experimento falle y poniendo en peligro las vidas de miles de personas, sólo para demostrar que NERV no puede reemplazarse. Misato, junto a Shinji (sin saber lo que Risuko hizo) detienen al prototipo. Al final del episodio, se conoce que Ritsuko actuaba bajo las órdenes de Gendo.

Ritsuko le enseña una nueva técnica de digitación a su asistente Maya Ibuki. Se explica cómo funciona MAGI, el sistema diseñado por la Dra. Akagi, madre de Ritsuko, gobernado por tres sub-sistemas, Melchor, Gaspar y Baltazar. La creadora explicó que cada parte representa una fase de su personalidad: la científica, la madre y la mujer. Tiene incluso implantado su cerebro. Ireul, el décimo primer ángel aparece en forma de virus informático, infestando a los primeros dos sub-sistemas. Ritsuko e Ibuki utilizan sus habilidades y algunos secretos de la madre de Ritsuko para eliminar el virus. Ritsuko comenta a Misato, al final, que de su "Madre" no sabe nada, aunque como "Científica" la admira, pero como "Mujer" la detesta, aunque fuese ésa la parte que se resistió a ceder ante el ángel.