Depuis trois ans, Batman a disparu de Gotham City et pour combattre la criminalité, le maire Michael Akins a chargé Jacob Kane et sa firme Crows Security, d'assurer la protection des citoyens.

Kate continue d'enfiler le costume de Batman pour affronter le Gang du pays des Merveilles, persuadée qu'elle peut prouver que leur chef, Alice, est sa sœur jumelle Beth, mais elle est la seule à y croire et Joseph Kane pense à une simple revanche personnelle.

Un tireur d'élite vise les scientifiques qui ont mis au point le fusil perforateur conçu pour la tenue de Batman. En essayant d'arrêter le tueur, Kate retrouve Julia Pennyworth, la fille d'Alfred devenue journaliste, qui démasque vite Batwoman comme son ancienne petite amie. Sophie a également compris que Kate a enfilé le costume et pense, par loyauté, à le révéler à Jacob Kane.

Kate reprend sa vie après la Crise, décidée à arrêter Alice après la mort de Catherine et l'arrestation de son père. Mary se consacre entièrement à trouver des spécialistes capable de prouver devant la justice que Mouse a pu se confectionner un masque et innocenter Jacob. Batwoman doit gérer son image publique en plus d'arrêter un rançonneur qui menace tout Gotham.

Alors que Kate rentre de National City, son avion explose en plein vol au-dessus de Gotham. Ryan Wilder, une ex-détenue sans abri se trouve à côté de la zone où les débris atterrissent et décide d'aller voir s'il y a des survivants.

Des médecins font des expériences pour essayer de répliquer le sérum miracle tiré de la Rose du Désert. Ils se sont rendu compte qu’après les attaques des chauves-souris à la Gotham Plaza, de nombreux patients traités avec l’antidote de Hamilton avaient révélés quelques soucis.

Arthur Brown, le Maître des Indices, s'échappe du pénitencier de Blackgate, cinq ans après que Sophie l'y a envoyé. Afin de se venger, il organise une nouvelle énigme qu'elle doit résoudre avec l'aide de Mary et Ryan dans le but de sauver une personne qu'il a empoisonnée : Stephanie Brown, sa propre fille.

Ryan Wilder remet en question sa place en tant que héros de la ville alors qu'elle, Luke Fox, Mary Hamilton et Sophie Moore doivent unir leurs forces quand Black Mask provoque le chaos dans les rues de Gotham. Pendant ce temps, la tentative d'Alice de sauver sa sœur signifie une autre rencontre avec Circe. Dans une impasse épique, des alliances et des transformations inattendues vont bouleverser Gotham comme nous les connaissons.

Alors que Batwoman continue de protéger les rues de Gotham, Batwing se joint à l'action, mais Luke se rend vite compte qu'il n'a pas tout à fait maîtrisé son costume. Lorsque Ryan rend visite à Alice pour lui poser des questions sur la bombe qu'elle a lâchée, Ryan doit décider si elle doit descendre dans le terrier du lapin de son passé.

Ryan demande à Sophie de l'accompagner à un dîner chez Jada pour découvrir ce que sa mère, dont elle est séparée, sait de Wayne Enterprises, mais la soirée prend un tournant lorsqu'un invité non invité se présente à la réunion intime. Alors que la soirée terrifiante se déroule, Ryan est témoin d'une autre facette de Marquis et de sa mère.

Ryan, Sophie et Luke tentent de retrouver Poison Ivy lorsque tous les signes indiquent la réapparition de Pamela Isley à Gotham. En même temps, Mary se sent attirée par une force puissante et Alice se sent soudain très protectrice envers sa demi-sœur. Pendant ce temps, Jada n'a pas renoncé à réhabiliter Marquis et demande l'aide d'un vieil ami.

Les mains de Batwoman sont pleines alors qu'elle jongle avec les demandes de Jada, le pouvoir toujours croissant de Mary et un nouvel enchevêtrement romantique. Les loyautés sont mises à l'épreuve et les motifs sont remis en question alors que Batwoman court contre la montre pour sauver une fois de plus la ville et ses proches.

En joignant leurs forces à Jada, Batwoman et une Bat Team paniquée, ils doivent courir contre la montre alors que le plan infâme de Marquis se transforme en quelque chose que Gotham n'aurait jamais soupçonné... et ne verra pas venir. Et alors qu'Alice atteint son point de rupture, une Mary empathique fait un autre appel au nom de sa sœur pour le buzzer du Joker, mais tout le monde se demande - Alice est-elle au-delà de la sauvegarde ?