La storia è ambientata nella seconda metà del XXI secolo. L'umanità, finalmente prospera e pacificata sotto la guida di un unico governo mondiale, ha iniziato a colonizzare il sistema solare. Ad un tratto tutto però viene sconvolto. Nell'anno 2052 la Terra è invasa dagli alieni del pianeta Gotham, giunti nel sistema solare a bordo di un enorme satellite che accoglie 200 milioni di persone. Grazie ad uno speciale dispositivo, il satellite artificiale inizia a orbitare attorno alla Terra, sbilanciandone l'asse di rotazione e provocando numerose catastrofi naturali, mentre gli alieni aggravano ulteriormente la situazione con i loro attacchi, iniziando a stabilire le loro basi sul pianeta. Durante un'incursione aliena, Makoto Kusaka, il protagonista, perde il padre, l'esimio scienziato Kenshiro Kusaka, che però prima di morire gli consegna uno strano ciondolo e un nome da tenere a mente: Blue Noah.