Durante una gara di corse automobilistiche, il pilota Hiroshi viene coinvolto in un terribile incidente, ma ne esce miracolosamente incolume: com'è stato possibile? Intanto nelle profondità della Terra, in un'oscura grotta sotterranea statue di pietra si animano improvvisamente prendendo fattezze umane.

Hiroshi si sta allenando duramente, supportato da Miwa. Nel frattempo Mayumi, l'adorabile sorellina di Hiroshi, appena tornata a casa trova tutto letteralmente sottosopra; qualcuno ha fatto irruzione in segreto perquisendo l'appartamento: improvvisamente un soldato di Himika appare dal nulla e porta via la povera bambina che grida disperata.

Mimashi, ministro della Regina Himika, ha in serbo un piano per scoprire dove si trova la base di Jeeg; questo attraverso l'utilizzo di un pallone fasullo, al cui interno si nasconde in realtà un mostro haniba.

Alla base antiatomica si sta studiando la realizzazione dei missili perforanti, utilizzabili in battaglia da Jeeg, mentre Hiroshi si dimostra abbastanza scettico; nello stesso momento due aerei militari vengono colpiti lì dove è stata ritrovata quella che a prima vista sembrerebbe una gigantesca statua del signore Buddha.

Un aumento esponenziale delle macchie solari sulla superficie dell'astro preludono ad una forte tempesta elettro-magnetica, e ciò può risultar esser un fatto negativo per il perfetto funzionamento di Jeeg. Intanto Don e Pancho vogliono costruire un proprio robot meccanico da affiancare a Jeeg ed utilizzano a tal scopo vecchi pezzi di metallo in disuso trovati in discarica.

Si sta svolgendo una gara di Formula 1 e Don, Hiroshi ed il loro amico Shikawa stanno partecipando. Nel bel mezzo della corsa esce da sottoterra un mostro Haniwa, per scomparire poco dopo misteriosamente.

Miwa viene mandata da sola ad ispezionare il porto, dov'è stato riscontrato un forte aumento di radioattività.

Don e Hiroshi si sfidano in una gara acrobatica con le loro motociclette, a seguito però d'un suo trucco il povero Hiroshi battendo violentemente il capo su una pietra; spaventato dalle possibili conseguenze Don scappa lasciandolo abbandonato privo di sensi sul terreno. In città è intanto apparso un nuovo mostro, Hiroshi riesce a stento a trasformarsi in Jeeg ma ha molte difficoltà a combattere.

Un'improvvisa scossa di terremoto coglie del tutto impreparata Mayumi che si trova in gita scolastica con i compagni proprio nei pressi dell'epicentro; Hiroshi e Miwa vi si dirigono velocemente, rispettivamente con la moto ed il BigShooter.

La dolce Mayumi desidererebbe tanto incontrare la principessa delle nevi, protagonista d'una favola che ha da poco letto. Si dirige pertanto dentro al bosco; sente poco dopo un flauto suonare, è quello della principessa. Questa giunge poco dopo invitando la bambina a seguirla al suo castello.

Il professor Dairi è preoccupato per il fatto che Himika è giunta a scoprire il sito ove si trova la base antiatomica, questo è un serio pericolo per tutti ed egli tenta di trovar una contromossa efficace. Hiroshi intanto sta pescando in riva al lago in compagnia di Don e gli altri.

Hiroshi prende a schiaffi severamente la piccola Mayumi che si è permessa d'indossare i suoi guanti senza chiedere il permesso; il ragazzo sospetta sempre più di essere diverso dagli altri, non solo per la capacità di trasformarsi grazie ai guanti ma anche per il segreto della campana di bronzo celato dentro di lui e che gli dona l'invincibilità.

Il professor Shiba continua a rifiutarsi di rivelare al figlio il mistero della sua natura sovrumana; nel frattempo uno scienziato viene fatto rapire da Himika e costretto a parlare al mondo a nome della regina, per cercar di convincere gli umani ad accettare il suo dominio.

Hiroshi è sconvolto dopo aver scoperto la sua diversità e tratta male la sorellina; l'esercito di Himika si porta sulla pista da corsa dove si sta esercitando e fanno prigioniere Miwa e Mayumi che si trovano lì ad assistere: deve così intervenire per poterle trarre in salvo.

Don, aiutato a modo suo da Pancho, sta provando tutte le maniere per riuscir a far volare il Mechadon; alla fine spazientito Don licenzia l'aiutante capace, a suo dire, di fargli far rimediar solo insuccessi. Poco dopo giunge un vecchio signore alla ricerca proprio di Pancho affermando che questi è l'erede di un principe.

Hiroshi ha degli incubi frequenti che non lo lasciano riposare tranquillamente; la sua innata diversità rispetto a tutti gli altro continua difatti a tormentarlo senza requie.

Don, con l'aiuto di Pancho, sta approntando il Mechadon 2 in sostituzione del primo prototipo andato distrutto dopo l'ultimo combattimento; decidono di andare da Dairi a chiedere aiuto il quale, dopo molte insistenze, cede ed accetta di crear per loro un progetto adatto.

Lungo la strada che costeggia il mare s'è appena verificato un misterioso incidente, un camion ha sbandato uscendo di carreggiata; Hiroshi, Miwa e il Mechadon vi si dirigono velocemente. Quest'ultimo però non fa in tempo a controllare com'è la situazione che viene preso di mira, del tutto alla sprovvista, da una strana "gelatina vivente".

Un mostro compare improvvisamente nel parco dove stanno giocando Mayumi ed una sua compagna; Jeeg non riesce a giungere in tempo perché viene bloccato da un altro mostro che gli blocca il passaggio.

Sulla spiaggia appare un mostro Aniba che mette in un battibaleno fuori combattimento il Mechadon; Jeeg lo insegue fino ad un'isola in mezzo all'oceano dove si trova il cratere d'un grande vulcano; Dairi sospetta un qualche tranello ed ordina ad Hiroshi di mollare il mostro e non farsi trascinare dentro.

Un uragano sembra esser nato dal nulla nell'oceano e velocemente si dirige verso la riva; il Big Shooter parte in ricognizione ma viene messo presto in seria difficoltà dal mostro che vi si trova celato all'interno.

La regina Himika s'appresta a richiamare dal suo lungo sonno il "Gran Drago", un essere mostruoso e potentissimo, ma per farlo occorre avere in proprio possesso la campana di bronzo.

L'acqua potabile è stata avvelenata e tutti i bambini che la bevono diventano dei mostri tipo zombie che aggrediscono le persone, al laboratorio di Dairi si studia subito il da farsi.

Hiroshi affiancato da Shorty sta partecipando ad una gara automobilistica, trovandosi nuovamente come acerrimo avversario Don. Ma lungo il percorso ecco sbucare dal nulla un mostro che attacca direttamente l'auto guidata da Hiroshi, sbalzandolo fuori; poi produce un'enorme tromba d'aria che avvolge e cattura il giovane al suo interno.

Un celeberrimo arciere, Garas, viene assoldato da Himika per uccidere Hiroshi. Shorty si sente improvvisamente di peso nella famiglia Shiba già gravata da notevoli difficoltà economiche e decide suo malgrado di andarsene.

Hiroshi, a seguito di terribili allenamenti impostigli dal padre per temprarne il fisico, viene ricoverato in ospedale, ma gli infermieri si rivelano essere soldati di Himika travestiti.

Himika è finalmente riuscita a sapere che la campana di bronzo si trova impiantata nel petto di Hiroshi; intanto il ragazzo si fa accompagnare da Miwa nel luogo del ritrovamento della campana, presupponendo giustamente che nei pressi si trovi anche l'ingresso al regno sotterraneo.

Trovato l'ingresso del Regno Yamatai, Miwa e Hiroshi decidono di portar la guerra direttamente nel mondo sotterraneo di Himika; la Regina intanto si trova nel profondo della "Grotta del Mistero", là dov'è sepolto l'ultimo e più possente segreto del suo regno, la cosiddetta "Caverna del Drago".

L'Imperatore dà ad Ikima il comando delle nuove operazioni; egli riesce a rapire Miwa e la fa sostituire con un mostro che prende le sue sembianze.

Tutta una serie di calamità inizia a colpire il paese, mentre la causa effettiva continua a rimanere un mistero: un'amichetta di Mayumi rimane vittima di un grave incidente. Hiroshi, Miwa e il Mechadon corrono nel luogo del disastro.

Il nuovo Imperatore del regno delle tenebre affida il comando dell'intero esercito al Generale Flora, sua fedelissima alleata; sulla Terra intanto Don è aggredito dall'astronave madre nemica e richiede la collaborazione di Hiroshi per mettersi in salvo.

Ikima e Amaso, cercando di riguadagnare il potere così miseramente perduto, riescono a fuggire dalla buia cella dov'erano rinchiusi per attuare un piano che possa finalmente togliere di mezzo Jeeg; in tal modo pensano e sperano di poter tornare nelle grazie dell'imperatore e riacquistar la sua fiducia.

L'astronave madre Yamatai viene dotata d'un congegno in grado di catturare tutta la potenza energetica proveniente da Jeeg e ritorcergliela immediatamente contro; Flora assume il comando dell'operazione, quale primo generale dell'esercito dell'imperatore. Alla base di Dairi invece si è appena installato nel Big Shooter un nuovo prototipo di motore che gli permetterà di decollare ed atterrare verticalmente.

Una banda di teppisti in motocicletta tenta di aggredire prima la madre di Hiroshi e poi anche la sorellina Mayumi; ma i delinquenti si rivelano presto essere soldati al servizio dell'imperatore delle tenebre. Nel frattempo un mostro sta distruggendo tutte le riserve petrolifere stoccate al porto e Jeeg è costretto ad intervenire abbandonando così temporaneamente la protezione della famiglia.

Una stranissima epidemia sembra far irrimediabilmente appassire tutti i fiori ed il motivo continua a rimanere un enigma. Hiroshi e Miwa intanto vanno a far visita ad una bambina gravemente ammalata ricoverata in ospedale, la cui unica grande passione è proprio la coltivazione dei fiori: ci si accorge così che l'unica pianticella rimasta in vita nel giardino dell'ospedale è un'inquietante rosa di color nero.

Hiroshi è fermamente convinto che Flora non sia cattiva, ma anzi che da ella ci si possa attendere un valido aiuto per la cessazione delle ostilità tra i loro due mondi; con quest'intento riposto convince Miwa a farsi condurre fino all'ingresso del Regno Yamatai per cercar di convincerla a non servire più i piani crudeli dell'Imperatore.

Flora viene fatta gettare per un periodo in prigione dall'Imperatore che oramai non è più così certo nei riguardi della sua fedeltà, la vuole inoltre punire per esser stata così miserevolmente sconfitta da Jeeg. Sulla Terra nel frattempo una squadra di archeologi rinviene uno scheletro databile all'epoca preistorica.

Miwa, a causa della stanchezza e dello stress accumulato, rischia un incidente mentre sta pilotando il Big Shooter; viene pertanto obbligata a prendersi un breve periodo di ferie. Invitata dalla madre di Hiroshi ad andar con lei in città per negozi, mentre si trovano a passeggiare per le vie del centro ecco sbucare dal nulla un mostro: cercano di fuggire ma vengono aggredite dai soldati di Flora.

A Mayumi è appena stato donato un cucciolo, ma in seguito per trascuratezza ne perde le tracce: dopo esser stata sgridata dal fratello si lancia per le strade in mezzo al temporale alla ricerca del cagnolino, col risultato che si becca la polmonite. Compare una coppia di mostri dotati di una nuova arma, i raggi omega, e Jeeg li deve affrontare.

Invocata da Ikima ed Amaso, la perfida Regina Himika si reincarna in un mostro Haniwa: impossessatasi della nave imperiale si dirige poi verso la base antiatomica. Lo scontro tra Jeeg e la Regina reincarnata è all'ultimo sangue e senza esclusione di colpi.

Un grosso meteorite si trova in rotta di collisione con la Terra e dalla base antiatomica mandano Hiroshi a dare un'occhiata e a controllare la situazione.

Hiroshi viene preso in ostaggio dai guerrieri sotto il comando di Flora; anche se del tutto inerme davanti a lei, cerca comunque di convincerla a non servire più le trame criminose dell'Imperatore.

L'Imperatore, furioso più che mai per il tradimento di Flora, fa a pezzi diversi mostri Haniwa considerati non all'altezza di affrontare e sconfiggere Jeeg, affermando minacciosamente di uccidere lui stesso, e Ikima ed Amaso rimangono terrorizzati dalla sua ira.

Hiroshi assieme a Miwa e ai membri della sua famiglia si trova al ristorante; ma improvvisamente manca la luce e viene aggredito dai soldati del Grande Imperatore, mentre un nuovo mostro va all'attacco della città.

Riassunto finale frutto del montaggio di spezzoni delle precedenti puntate, che narra gli eventi più salienti dell'intera storia.