Takato Matsuki, un niño de 10 años, muy sensible y aficionado al juego de cartas de Digimon sueña con convertirse en un Tamer. En una libreta, crea su propio Digimon, Guilmon. Pero al pasar su dibujo por el dispositivo de cartas, el dispositivo cambia de forma y se convierte el un D-Power que le indica que un digihuevo está esperando por abrirse.

Takato intenta esconder a Guilmon en una caja y meterlo en su casa. Pero cuando este va a la escuela, Guilmon se extravía. Terriermon, el Digimon compañero de Jianliang Lee, le dice unas palabras a Takato y lo hace llorar.

Esa tamer resulta ser Rika Nonaka, la llamada reina de los digimons, quién a sus diez años ya había ganado varios torneos digimon y que tiene la idea de que los digimon solo sirven para pelear. Su pelea es interrumpida por Henry y Terriermon, quienes se vuelven amigos de Takato y Guilmon. Al final, Rika sigue empeñada en que Guilmon y Renamon peleen. Henry interfiere una vez más en la pelea, pero Terriermon digievoluciona en Gargomon y se sale de control, disparando sus digieametralladoras hacia cualquier lugar, destruyendo el lugar.

Jianliang regaña a Terriermon, reclamándole por haber digievolucionado a pesar de que él le dijo que no lo hiciera. Luego Terriermon puede volver a la normalidad. Hypnos y Terriermon detectan un nuevo digimon salvaje que aparece en una nube de partículas que sigue a los chicos.

Takato encuentra a Calumon en su escuela; le comenta de él a Henry e intentan conseguir un tamer para Calumon. Piensan primero en Hirokazu, pero Henry le dice que no es buena opción, ya que no es muy cuidadoso. Luego piensan en Suzie, pero también la descartan, al igual que a Juri, luego de qué Takato se imagina la situación. Calumon y Guilmon entran a la escuela para marcar la cancha de fútbol, así los chicos podrían jugar, pero un digimon salvaje aparece ahí. Primero Takato y Guilmon pelean contra él, pero luego llegan Rika y Renamon para vencerlo y absorber su información. Luego Calumon se marcha por su cuenta.

Rika sale de la escuela, cuando de un digicampo de batalla aparece. Entonces llama a Renamon para pelear, pero ella no puede vencer al Digimon. Takato y Henry con sus compañeros llegan e intentan ayudarla. Ella le recrimina a Renamon por no digievolucionar. Renamon se encuentra con Impmon que solo le dice que es una tonta por estar al servicio de un humano. Luego, aparece otro digimon salvaje. Renamon salva a Rika del digimon salvaje y esta nota que Renamon se sacrifica para salvarla y es derrotada. Rika siente afecto hacia ella y eso activa la digievolución: Renamon digievoluciona en Kyuubimon y destruye al digimon.

Mientras caminaban por la acera, la mitad del cuerpo de Guilmon desapareció por un momento, lo que asustó a Takato. Él habla con Henry y este le dice que los digimons no estarán para siempre. Takato empieza a querer digievolucionar a Guilmon. Takato y Guilmon vuelven a encontrarse con Rika y Renamon. Takato le pregunta acerca de los digimon y ella sólo le responde que los digimon no son más que información y que sería normal que ésta volviese al digimundo. Luego de esto, aparece una extraña cantidad de información que es detectada por el Hypnos. Guilmon se desvanece en datos y Takato desespera. Henry, Rika y él van en busca de Guilmon. Lo encuentran atrapado dentro de la masa de información. El programa Yuggoth de Hypnos borrará a todos junto a la masa si no salen pronto. Logran salir y la masa es destruida por el Yuggoth.

Impmon molesta a las personas que pasean por el parque en la noche y Takato teme por Guilmon, ya que él se esconde ahí y los maestros patrullaran por ahí. Guilmon, por presión de Impmon, sale de su jaula. Takato cree que es él quién molesta a la gente y se enfada con Guilmon por haberlo desobedecido. Un enorme digimon salvaje, Devidramon, se libera y Guilmon pelea contra el, pero sus poderes no se igualan a los del digimon y termina derrotado. Cuando Terriermon le dice a Takato que Guilmon no era quien molestaba a las parejas, sino que era Impmon, Takato vuelve a confiar en Guilmon y éste puede digievolucionar a Growlmon y vencer al digimon.

Takato tiene muchos problemas con Growlmon ya que es demasiado grande para volver a su refugio. Le sucede algo extraño, ya que no puede regresar a ser Guilmon. Intenta poner a dieta a Growlmon y hacer que se ejercite para que se canse, pero nada resulta. También lo mete en una piscina de agua fría intentando que se enfríe y regrese, pero lo único que consigue es que ambos se resfríen. Al final, sólo terminan rezando para que Growlmon vuelva a ser Guilmon, pero no funciona. Mientras, Takato le pide ayuda a Henry e intentan encontrar un lugar para esconder a Guilmon. Impmon ataca a Growlmon en su escondite y éste debe salir. Henry y Takato pintan a Growlmon con pintura de camuflaje, pero esto tampoco resuelve el problema. Cuando Takato ya está desesperado, Growlmon vuelve a la normalidad.

Rika se siente confundida porque no entiende el concepto de Digimon compañeros y camaradas. Renamon también está confundida, porque cree que Rika no la acepta y piensa que debe ser como Guilmon o Terriermon para que un humano la acepte. Luego de eso, Renamon y Rika riñen y se separan. Un digimon salvaje, Icedevimon comienza a seguir a Rika a dondequiera que vaya. En un momento la aborda, pidiéndole que sea su tamer, ya que él es tan frío como ella. Los chicos corren a rescatarla pero no pueden hacer gran cosa contra Icedevimon. Luego llega Renamon e intenta hacerle frente al digimon, pero es fácilmente derrotada por él. Al final, Takato hace un combo y Guilmon lo destruye. Rika, por su confusión, declara que odia a todos los digimons y luego de esto, cada una sigue su camino.

Terriermon se siente deprimido, quiere pelear porque cree que es un estorbo para Henry. Por su parte, éste último ve a Renamon y decide hablarle. Ésta le pregunta si entiende la relación humano-digimon y Henry le responde que él solo quiere que Terriermon sea su amigo y no quiere que su amigo pelee. Al otro día, un digimon salvaje aparece y Guilmon lucha contra él, pero es derrotado. Entonces Henry y Terriermon entran en la batalla para salvar a una niña asustada. Luego, Terriermon digievoluciona y con un golpe salvaje logra vencer al digimon salvaje. La niña volvió con su madre y todo transcurrió de forma normal, excepto por el detalle de que Yamaki los vio saliendo del digicampo.

Renamon sigue peleando por su cuenta. Rika se siente mal al ver que Renamon se hace más fuerte por su cuenta. Ambas están muy confundidas pero no se hablan. Renamon habla con Impmon, quién le dice que se puede hacer fuerte por su cuenta, sin necesidad de un tamer. Los chicos acuden a una pelea entre Harpymon y Renamon. Renamon no puede sola, entonces Rika, al ver que olvidó sus cartas, toma una rama afilada y la clava en la espalda de Harpymon, arriesgándose para salvar a Renamon. Renamon digievoluciona y vence al digimon. Luego Rika y ella aceptan ser camaradas.

Takato y Guilmon son secuestrados por Hypnos y Yamaki le habla acerca de lo que él considera "Su juego peligroso" pero luego sólo los libera. En Hypnos, intentan probar un nuevo programa más fuerte que el Yuggoth: El Shaggai, basado en los datos de los salvajes capturados y analizados por Hypnos, para atraer a todos los digimons hacia él y borrarlos. Pero el programa no funciona exactamente como Yamaki lo desea...

Activado el Shaggai, todos los digimons comienzan a ser atraídos por la puerta que el programa abrió hacia el Digimundo. Pero un enorme digimon con forma de tigre, Mihiramon, emerge de ese portal y habla, diciéndole a Yamaki que él fue quien les abrió la puerta para que transitaran libres entre el Digimundo y el Mundo Real. Los tres Tamers intentan derrotarlo; para ello, Renamon y Terriermon digievolucionan, pero son vencidos. Growlmon también es derrotado, pero la confianza que Takato siente hacia él como entrenador hace que aparezca una carta azul que utiliza para que Growlmon digievolucione en Wargrowlmon, que derrota a Mihiramon.

Takato, Henry y Rika aceptan formar un equipo para destruir a los digimon que aparezcan para causar el caos en la ciudad. Takato decide decirle a todos los de su salón sobre la existencia de Guilmon. Luego de esto, todos quieren jugar con Guilmon y Takato. En el subterráneo Edo aparece un nuevo Deva, con forma de serpiente gigante. Rika y Henry salen a enfrentarlo, pero no logran vencerlo. Gracias a la advertencia de Impmon, Takato de jugar y va a ayudar a sus amigos. Juntos logran vencer a Sandiramon.

Rika cuida más que antes de Renamon. La escuela de Takato y Henry se va de campamento antes del verano y deciden llevar a Guilmon, a Calumon y a Terriermon, aunque ocultos en el autobús del colegio, usando trampas. Tras llegar al sitio se instalan y lo pasan muy bien los primeros días. Los chicos y chicas de la clase van a darse un baño en el río del lugar. Un día Takato y Henry toman un baño, y cuando sus digimons juegan se encuentran con Impmon, que les confronta. Pero un deva con forma de gallo gigante llamado Sinduramon aparece.

Henry obtiene una carta rara que luego se transforma en una carta azul. Junto con su padre, intenta averiguar acerca de ella, pero según su padre sólo tiene datos sin significado. Junto con Takato, Henry investiga de dónde salió esa carta. Encuentran al chico, pero no sabe nada al respecto. Luego, Takato, Henry y Terriermon se encuentran en el parque con Impmon quién enfrenta a Terriermon. Allí, el padre de Henry presencia a Terriermon hablando, por lo que se da cuenta de que es un digimon. Después, aparecen dos devas: Vajiramon, un digimon con forma de toro y Pajiramon, con forma de cabra. Henry se queda sin cartas para ayudar a Gargomon y entonces usa la carta azul. Gargomon digievoluciona en Rapidmon y vence a Pajiramon, pero Vajiramon reorganiza su información en otro lugar. Llama a Renamon y ella se va con él.

Rumiko, la madre de Rika la obliga a ponerse un vestido y un sombrero y a posar para la cámara en una sesión de fotos. Rika huye de ahí y se ve un poco preocupada por Renamon. Luego, Terriermon detecta un Digimon, el cual resulta ser Vajiramon. Renamon estaba con él y ambos hablaban acerca de la digievolución y las diferentes formas de hacerse fuerte. En eso llegan Rika y los demás y Renamon digievoluciona en Kyuubimon para luchar contra Vajiramon. Mientras pelean, Rika saca una carta que se convierte en una carta azul en su mano. Kyuubimon digievoluciona en Taomon y derrota a Vajiramon. Al final, Rika le comenta a Renamon que se ha vuelto muy fuerte, pero aun así, se ve muy hermosa cuando la luna enmarca su figura.

Henry habla con su maestro de Kung Fu acerca de los devas y cómo el bien y el mal no son absolutos sino que los conceptos cambian según el punto de vista. Impmon se encuentra con Indaramon, un deva con forma de Caballo. Cuando los demás Tamers llegan, Impmon le dice a Renamon que es su batalla y dicho esto comienza a pelear contra Indramon

Impmon intenta luchar contra Indaramon pero es fácilmente vencido. Aunque el programa Shaggai no funcionó correctamente, Indaramon de desvaneció. Los tamers no pudieron encontrar a Impmon. Hirokazu le fabrica una carta azul a Takato. Henry y Rika no pueden encontrar a Impmon. Por otro lado, Indaramon regresa y ninguno de los digimons digievolucionados puede hacerle frente. Takato decide usar la carta azul hecha por Kazu y sorprendentemente Growlmon digievoluciona y derrota a Indaramon.

Yuri está deseosa por convertirse en tamer. Tanto que comienza a coleccionar cartas de digimon. Llega a creer que su digimon compañero es Calumon, pasmando a Takato, quien en seguida llama a Henry y a Rika. Un nuevo deva con forma de rata aparece. Su nombre es Kumbiramon e intenta atacar a Yuri y a Calumon. Pero luego, Leomon surge y se enfrenta a Kumbiramon, haciendo que éste huya. Entonces, Yuri piensa que él es su digimon camarada y comienza a seguirlo por todas partes, llamándolo príncipe Leomon. Luego, Kumbiramon regresa y se enfrenta a Leomon y con la ayuda de los demás digimons derrotan a Kumbiramon. Pero Leomon parece no ser el Digimon compañero de Yuri y sólo se marcha.

Yuri le pide consejos a Rika sobre cómo jugar. Henry encuentra una relación entre los devas: Todos tiene formas de animales del horóscopo chino. Luego, persiguen al extraño niño que vigilaba a Calumon hasta la zona céntrica de Shinjuku. Impmon se encuentra débil y quiere regresar al digimundo. Después, un digimon increíblemente grande aparece destruyéndolo todo. Es Vikaralmon, un deva con forma de Jabalí. Yamaki ordena que el Shaggai se active una vez más pero este debe cargar su energía al 100%. Los chicos se preocupan por sus hermanos (Henry), por su familia (Rika) y por la ciudad donde viven (Takato) y surgen tres cartas azules, que permiten la digievolución y siguen peleando. Pero el sistema Shaggai ya está cargado al máximo y Yamaki ordena que sea activado..

Tratan de evacuar la ciudad y toda el área cercana a Shinjuku. Los chicos y sus digimons siguen peleando contra Vikaralmon. Yamaki habla con Tao Wong, el padre de Henry, quién integraba el llamado grupo salvaje, los creadores de los digimons. Ante un ataque de Vikaralmon, Wargrowlmon queda sepultado ante un campo de energía, casi desapareciendo. El Shaggai se posesiona de una gran área e intenta llevarse a los digimons. Él extraño chico que vigilaba a Calumon, resultó ser un digimon, y les habla a todos de cómo los humanos ya no son sus dioses, a pesar de haber sido sus creadores y de que cómo deben exterminar a los humanos si interfieren con su digievolución. Resulta ser Makuramon, un deva con forma de mono y destruye el Shaggai...

Los tamers intentan encontrar una puerta hacia el digimundo, antes que las alteraciones producidas por Vikaralmon desaparezcan. La abuela de Rika, Seiko descubre a Renamon y la acepta, pidiéndole que cuide de Rika, a lo que Renamon responde que la protegerá con su vida. Guilmon encuentra la entrada en la parte trasera de su refugio y todos los tamers (Incluyendo a Hirokazu y Kenta, aunque no tienen su digimon compañero) se preparan para el viaje. Los tamers le informan a la profesora Nami de su viaje y se van con Henry. Takato les dice a sus padres acerca de Guilmon y del viaje. Aunque su madre no lo aprueba, su padre la tranquiliza e incluso le prepara mucho pan para su viaje. Al otro día a las seis de la mañana, los chicos salen hacia el Digimundo, con el apoyo de Yamaki, quién les entrega un comunicador.

Los chicos pasan a través del portal al digimundo y caen en una zona árida y montañosa, muy parecida al mundo real que no estaba muy apegado a lo digital. Los chicos comienzan a dudar su volverán sanos y salvos al mundo real. Comienzan a caminar y bastante lejos de ahí aparece un Meramon intentando atacarlos, pero Guilmon lo vence y luego se convierte en su aliado, revelándoles que siente mucha admiración por ellos, ya que él quiere ir al mundo real, pero al final termina siendo eliminado por una manada de digimons. Estos les dicen a los tamers en que dirección ir en busca Makuramon y ellos parten hacia allá. Pero una columna de energía aparece detrás de ellos y deben correr para que no los atrape, ya que si lo hace, no sabrán en qué lugar terminarán. Hirokazu y Kenta corren en la dirección equivocada y Rika y Renamon van a buscarlos, pero todos ellos son atrapados por la columna.

Rika, Renamon, Hirokazu y Kenta terminan en una quebrada, dónde los árboles no tienen hojas y hay unas pequeñas casas, pero están muy lejos de los demás. Una tormenta de viento comienza y buscan refugio en una casa habitada por un matrimonio de digimon, Jijimon y Babamon. Ellos les dan la bienvenida y les sirven un gran banquete. Luego duermen allí, pero Kazu y Kenta comienzan a sospechar de Jijimon y Babamon, aunque después se arrepienten de haber pensado mal de ellos y les piden ser sus digimon Tamers, culminando en un juego bastante bizarro en el cual los digimons se convirtieron en los tamers de Kazu y Kenta, bajo los nombres de BlackwarHirokazumon y MegaloKentamon. Rika y Renamon siguen buscando a Calumon e idean un plan para salir de la profunda quebrada utilizando el viento. Jijimon y Babamon intentan secuestrar a Hirokazu y Kenta.

Henry, Takato y los demás están buscando a Rika, Hirokazu y Kenta, cuando dan en un pequeño pueblo con casas bajas. Sin previo aviso, son atacados por una motocicleta que aparentemente no tiene conductor; la moto atropella a un shichidarumon, eliminándolo y luego se va. Impmon se encuentra en un lugar extraño, dónde Chatsuramon le habla y le dice que si decide ser un esclavo de los dioses, ellos pueden darle su tan anhelada digievolución. Los tamers se encuentran en la aldea del olvido, donde el anciano shichidarumon les habla acerca de la motocicleta que siempre vine a llevarse una vida inocente y Takato decide ayudarles. Cuando la motocicleta regresa, Gargomon y Leomon la atacan, pero no pueden detenerla. Guilmon se sube en ella, y la moto expulsa a un pequeño metalkoromon. Entonces, la moto posesiona a Guilmon y este los ataca. Leomon logra bajarlo de la motocicleta, rompiendo el hechizo, pero otro digimon sube en ella: Es la digievolución de Impmon, Beelzemon.

Los chicos intentan reunirse pero no se encuentran. Guilmon capta el aroma de Renamon y Takato y los demás siguen la dirección que indica Guilmon. Rika, Hirokazu y Kenta deciden volver al lugar donde empezaron a viajar, pero en eso los atrapa otra columna de luz y los lleva lejos a un lugar lleno de engranes y relojes que por suelo tiene nubes. Rika sin querer repara un reloj y es regañada por dos digimons, Clockmon y Kaguromon, que le dicen que al funcionar ese reloj, se detienen los engranes y si estos se detienen, ya no reinará la paz. Aparece Megadramon, un digimon inmenso. Renamon digievoluciona a Kyuubimon pero ni así puede vencerlo. Entonces aparece Cyberdramon y lo derrota fácilmente. Ese digimon, es el compañero de Ryo Akiyama, el tamer legendario que desapareció del mundo real diez meses atrás. Él arregla todo y los engranes comienzan a funcionar otra vez. Luego, Ryo los invita a salir de ese lugar, pero Rika decide marcharse por su cuenta.

Debido al transporte que tomaron Takato, Henry y los demás terminan en otro lugar, donde se encuentran con Hirokazu, Kenta, Ryo y Cyberdramon. Recorren ese lugar y solo se encuentran con unos digimon que se la pasan meciéndose. Calumon sale en busca de los chicos con el estandarte que Takato hizo a cuestas y se encuentra con un digimon con forma de perro que no hace más que molestarlo. Los tamers se hospedan en una mansión con camas cómodas y se disponen a descansar. Calumon se encuentra solo y decide correr una partícula de polvo. Calumon se cae en una grieta, mientras los chicos proceden a seguir a Makuramon. Cyberdramon lucha contra Majiramon y Makuramon, pero éstos son más fuertes que él. Gargomon, Growlmon y Leomon intentan ayudarlo. Ryo utiliza una carta Divice, vence a Majiramon y absorbe su información. Luego de la batalla, Ryo se marcha junto con Cyberdramon.

Los tamers deciden regresar al lugar del estandarte para esperar a Rika, cuando descubren que el estandarte ya no está y que Calumon se lo ha llevado. Cuando en la Tierra se activa el Hypnos, en el digimundo comienzan unas terribles ventiscas. Takato logra comunicarse con Yamaki. Al final, Rika encontró al Calumon y pudo reunirse con los demás tamers, pero Beelzemon ayudó a los devas a que secuestraran a Calumon otra vez. Peor aún, Beelzemon los atacó y provocó una fuerte tormenta que separó a Takato, Henry y Terriermon del grupo.

Los chicos siguen buscando a Takato y a Henry cuando de pronto el suelo los absorbe y caen hacia otra zona del digimundo. Esta zona está dominada por Orochimon, un digimon maligno con forma de serpiente de muchas cabezas. Con la ayuda de Guardromon, el nuevo digimon compañero de Kazu, los tamers logran derrotarlo y seguir con su camino, deseando encontrar a Takato y a Henry.

Takato y Henry junto a Terriermon acaban en una cueva con agua, pero Henry se da cuenta que su D-Power no se moja, así que se imagina que él tampoco se moja, sino que respira bajo el agua. Encuentran una escuela de Otamamon y Divermon. Divermon intenta proteger a los Otamamon pero pronto se da cuenta de que no son ningún peligro. Al final, llegan a una biblioteca, donde encuentran a un hombre, que les habla sobre los dioses, los Digignomos. Luego, regresan a la superficie.

El padre de Henry lleva a Suzie al parque. Mientras juega, un globo aparece junto a un montón de números y símbolos. Ve que el arca y Terriermon vuelan sobre ella, y es llevada al Digimundo, encontrándose con un Deva guardián, Antiramon. Los dos juegan y se lo pasan muy bien. Makuramon ataca a Antiramon por jugar con una humana y los dos luchan. Antiramon gana y un D-Power rosa aparece delante de Suzie, pero Antiramon devoluciona a Lopmon.

Calumon acaba en el medio del Reino de las cuatro Bestias Sagradas, y no puede escapar. Lopmon explica que Calumon es la clave de la digievolución y lo necesitan para proteger al Digimundo, que no es propiamente un digimon. Beelzemon aparece y ataca. Rapidmon intenta luchar, pero es demasiado débil. Growlmon, que estaba separado de Takato, escucha su voz en una luz, y decide entrar en ella. Beelzemon va a matar a Kyuubimon cuando Leomon cambia el resultado, diciendo que su poder no le da derecho a hacer eso. Beelzemon se enfada y lo mata. Takato enfurece, y por ello, Wargrowlmon digievoluciona de forma oscura, en Megidramon, escapa fuera de su control y el D-arc de Takato se rompe.

Megidramon es atemorizante y desea matar a Beelzemon y a todo lo que se le ponga por delante. Captura a Beelzemon, para comérselo. El poder de Megidramon desestabiliza el digimundo. Beelzemon destruye a Makuramon y absorbe datos de Rapidmon y Taomon. Takato corre mientras Megidramon es derrotado, viendo lo equivocado que estaba, y desea con todas sus fuerzas salvar a sus amigos. Y el milagro se cumple, Takato se fusiona con Guilmon y Gallantmon aparece.

Los Niños ya están preparados para salvar a Calumon y volver al Mundo Real. Pero antes deben derrotar al amo, por lo que Henry pide a Suzie que se quede donde está. Kazu y Kenta se presentan voluntarios a quedarse con ella. Al empezar la batalla contra el soberano, Henry se da cuenta de que partes de Rapidmon empiezan a desaparecer, ya que está muy herido. El D-Power de Suzie le muestra la batalla y la lleva hasta ella. Terriermon y Henry finalmente Digievolucionan a Megagargomon al comprender que son amigos. Megagargomon ataca a Zhuqiaomon, y parece que lo ha vencido, pero no.

El equipo salvaje junto con Yamaki en el mundo real trabajan arduamente para que los niños puedan regresar en un Arca. Mientras, en el Digimundo, Zhuqiaomon utiliza otro de sus ataques para dejar a los niños fuera de juego, pero Taomon consigue salvarlos, aunque se debilita mucho. Guilmon y Terriermon saltan para combatirlo, y la fuerza de Takato le da el poder para volver a Digievolucionar a Gallantmon. La batalla comienza. Pero justo entonces aparece una nube y con ella Azulongmon, que dice que los humanos no son malos, que no quieren destruir el Digimundo. Calumon parece ser, no un Digimon, sino un ser especial, llamado Digi-entelequia. Necesitan algo para derrotar a su verdadero enemigo, el D-Reaper. Originalmente fue creado para controlar los Digimon, pero ahora ha crecido y quiere destruirlo todo.

El D-Reaper está cerca y las Bestias Sagradas no saben qué hacer. Deciden que lo mejor es rescatar a Calumon. Zhuqiaomon decide luchar con el D-Reaper, pero vuelve muy herido. Rika al final va a rescatar a Calumon por su cuenta, y Ryo la sigue. Al fin, encuentran a Calumon. Van a subir, pero el D-Reaper crece rápidamente. Rika le pide a Ryo que cuide de Calumon y regresa. Ella decide que el destino es luchar y que Renamon y ella pueden cambiar el destino, así que ambas saltan hacia el D-Reaper, sacrificándose por sus amigos. Ambas se unen y Digievolucionan en Sakuyamon, y con ello los Niños consiguen llegar de nuevo a la superficie.

Las Bestias Sagradas hacen que Calumon use su "verdadero poder", así que utiliza la evolución brillante para que todos los Digimon del Digimundo digievolucionen y puedan vencer a D-Reaper. Kenta ve a un pequeño Digimon llamado Marineangemon, y le dice que vaya a luchar. Takato recibe un e-mail diciéndole que el grupo de la Tierra ha creado un arca para traerlos de vuelta a casa. Están muy contentos de volver, pero... Juri no está. Más tarde vuelve, aunque con unos ojos un tanto extraños. Rika y Renamon sienten que Impmon está en peligro y deciden buscarlo. El Arca llega, pero aún no han vuelto, y no se saben dónde están.

Todos los tamers están en el Arca, excepto Rika y Renamon. Ryo decide buscarlas. Takato no pueda llegar al Arca, así que Guilmon le pide que pare, y lo hace. Por fin, Rika y Renamon regresan con Impmon. Takato pide al Arca que los lleve a casa y el Arca responde "OK". En el viaje, Kenta siente algo en su bolsillo. Es un D-Power y Marineangemon: Kenta se convierte así en un tamer. Regresan al parque con todos sus padres esperándoles. Impmon se va, triste y solo. Los padres de Juri no están, y Takato decide acompañarla a casa. En el tren, le dice que le gusta y que es la mejor chica que ha conocido. Cuando llegan, el padre de Juri está esperando, y trata con brusquedad a su hija. Takato se duerme en la estación, y ve en las noticias que el D-Reaper los ha seguido, y está entrando en la ciudad.

El padre de Ryo está muy enfadado por que él se fuera al Digimundo. El D-Reaper está en la ciudad, y "El Grupo Salvaje" pide que se lo dejen a ellos, que no interfieran. Rika decide que tiene que salvar la ciudad. Su madre le regala una camiseta con un corazón entero para que le dé suerte. Takato también decide ir. D-Reaper está volviendo locos a todos los aparatos electrónicos. Henry le explica a su madre que tiene que irse, y luego se va, diciendo que la quiere. Todos acaban encontrándose en el túnel. Ya en la ciudad, hay soldados por todas partes, que intentan derrotar al D-Reaper.

El Ejército empieza a disparar misiles al D-Reaper, pero no dan efecto alguno. Los tamers se encuentran con varios Agentes de D-Reaper que los persiguen. Cuando por fin consiguen eludirlos, ya es de noche y deciden dormir en el colegio. Cuando despiertan, están tan hambrientos que van a la panadería de los padres de Takato y hacen algo de pan. Mientras, Impmon está preguntando por Hongo, donde se supone que están Ai y Makoto. Yamaki y sus dos compañeras llegan a la panadería y les preguntan a los chicos por el D-Reaper. En Hypnos están de vuelta Shibumi y el grupo salvaje, y el primero explica más cosas sobre el D-Reaper. Los digimons de los tamer digievolucionan y luchan contra los agentes del D-Reaper, que piensan son sus verdaderos enemigos. Cuando atacan, los agentes solo copian el ataque. Impmon encuentra sus tamers y pasan un rato juntos.

El Gobierno sigue intentando derrotar al D-Reaper, pero sin resultados. Los medios de comunicación están retransmitiendo la historia del D-Reaper. Takato cree ver al clon de Juri, pero desaparece. Está muy asustado por la forma en que Juri está actuando. El grupo encuentra una nota de sus padres, que dice que se dirijan a la casa de Rika, donde hay un festín esperándoles. Sus D-Power les avisan del peligro, así que vuelven a luchar con los agentes del D-Reaper. Se encuentran con una chica llamada Alice y su amigo, Dobermon, que ha sido enviado por las Bestias Sagradas para darles a los Niños el poder para fusionarse con sus digimons.

Los Niños son convertidos en datos, haciendo que puedan fusionarse con sus Digimon en el mundo real. Doberman le da una última caricia a Alice antes de marcharse. Ahora la batalla es entre Dukemon, Megagargomon y Sakuyamon y los agentes del D-Reaper.

Resulta ser Justimon. De repente, un agente verde y con forma humana aparece, y Justimon y Guardromon deciden quedarse para luchar, mientras los otros buscan a Gallantmon. El D-Reaper está en los dos mundos. Se figuran que hay una interconexión: el Kernel. Destruir la conexión podría significar el fin del D-Reaper. A la vez, el clon malvado de Juri asusta a Takato, repitiendo frases del pasado de Juri. Beelzemon se siente mal por haber matado a Leomon y decide salvar a Juri. Allí se encuentra con Calumon. Antiramon está buscando en el Kernel, pero no ve nada. Calumon vuela hasta las dos torres buscando a Juri. No hay nada, pero algo no les deja pasar. Usando su ataque, Beelzemon consigue romper esa barrera, haciendo que puedan entrar, pero Beelzemon es capturado. Juri está en una esfera en el centro. Kenta y Marineangemon están preparados para luchar. Sakuyamon y Megagargomon entran al D-Reaper, buscando a Gallantmon.

Calumon está preocupado por Juri. No se mueve ni hace nada, excepto recordar a Leomon. Entonces recuerda la muerte de su madre y lo sola que se quedó. Los tamers están con Yamaki y el grupo salvaje en un cuartel general que se había montado. Daisy y los demás construyen un nuevo objeto, al que llaman Grani. Shibumi usa el D-Power de Henry para traerlo al Mundo Real. Justimon está destruyendo agentes, pero no parece hacer nada. Rika está pensando en Juri y lo sola que se encontraba. La llama, y Juri la escucha. El D-Reaper escanea en la mente de Juri la palabra "Padre", pero no logra comprender las emociones humanas. Finalmente, un inmenso agente D-Reaper aparece. Grani aparece y Gallantmon se sube en él. Los dos consiguen derrotar al agente. Juri aún está en el Kernel, y Takato la escucha.

El D-Reaper se está haciendo cada vez más grande. Jeri aún está en el Kernel y Beelzemon está atrapado. Calumon intenta despertarla, pero no da resultado. Grani vuelve con imágenes del digimundo: El 47% ha sido borrado. Los sistemas de comunicación de todo el mundo están sido interferidos por el D-Reaper. El Kernel crece hasta formar un agente alrededor de él, que lo defiende. Los Niños empiezan a atacarlo, y el grupo salvaje equipa mejor a Grani, y lo mandan a la batalla. Cuando derrotan a un agente, otro ocupa su lugar. Beelzemon se libera, sólo para ser arrastrado fuera del Kernel. Les cuenta a los demás que Juri y Calumon están dentro, así que él y Gallantmon utilizan sus ataques para entrar, pero ni siquiera le hace un rasguño. Ahora el D-Reaper puede ver bajo capas de programación, y está emitiendo las imágenes de los Niños desnudos en sus esferas de luz internas por todo el mundo.

Beelzemon está cayendo del cielo hacia Hypnos, y empieza a desintegrarse. Pero Grani vuela rápidamente y consigue salvar a Impmon. El gobierno arroja pequeños electroimanes para corromper al D-Reaper. Juri intenta con todas sus fuerzas romper la burbuja. El clon malvado de Juri aparece, y la manda al centro de D-Reaper, que absorbe energía de su desesperación, y haciendo que evolucione rápidamente. Los edificios de Hypnos se convierten en un gran ser, con el Kernel como ojo. El D-Reaper hace que sea imposible llegar a él. Los tamers regresan a casa, desesperanzados. Kai, el primo de Takato, lo visita. El grupo salvaje cree que el D-Reaper es una burbuja cuántica y que necesitan una especie de agujero negro para absorberlo. El señor Wong escanea a Terriermon para compararlo con el D-Reaper. Juri intenta suicidarse, pero Calumon la interfiere. El D-Reaper se lleva a Calumon a la otra punta de la burbuja. Shibumi entrega a Henry la Carta Roja.

Grani y Gallantmon viajan a la ciudad para encontrarse con la gran burbuja del D-Reaper. Gallantmon ve que Sakuyamon entra, Justimon detrás, y él también se decide a entrar. Henry está dentro con la Carta Roja. Mientras, Juri lucha para liberarse del D-Reaper. Los Niños encuentran un agente con un ojo que es la esfera donde está Juri. Sakuyamon lo debilita, y con ello al D-Reaper completo, y Juri puede soltarse. Calumon también se reúne con Juri. Fuera del D-Reaper, Guardromon y Marineangemon están luchando contra los agentes. De alguna manera, el D-Reaper encuentra una manera para volver a atrapar a Juri. Un agujero negro aparece. Es la forma por la que el D-Reaper del digimundo se conecta con el del mundo real. Yamaki les dice que pongan en marcha el Juggernaut, ya que debilitará o matará al D-Reaper. Pero un gran agente aparece. Es el más poderoso de todos. Ninguno de los ataques de los digimons funciona. Gallantmon es herido.

Juri toma su D-Power y, determinada a luchar, rompe el Kernel. Gallantmon en su nueva forma vence a muchos de agentes. Justimon usa el poder de Sakuyamon junto con el de su espada y corta al agente por la mitad. Los líquidos del D-Reaper aparecen donde está Juri. También aparece un agente D-reaper con apariencia de Juri que detiene Takato y le ataca hasta herirlo gravemente, y casi matarlo. Las mitades del agente vuelven a unirse, pero cae al agujero negro gracias a las Bestias Sagradas. El padre de Henry le dice que ha incluido el Juggernaut en Terriermon, y que actúa como un Big Bang. Quiere que Megagargomon use el programa en el agujero, dándole la vuelta, y haciendo que el D-Reaper devolucione. La mujer lleva ventaja a Gallantmon, pero finalmente la destruye. Los tamers y sus digimons devolucionan y Marineangemon usa su poder para crear una plataforma...