全国の高校生が集う異種格闘大会「ゴッド・オブ・ハイスクール」。 幼い頃、祖父・テジンと離れ一人暮らしてきた主人公のジン・モリは、その地区予選会場へ向かう途中、ひったくり犯を追うことになり、そこで同じく予選に参加するハン・デイとユ・ミラと出会う。 賭けるのは己のプライド！信じるモノは己の拳！望む願いはなんでも叶う！それが神の力！ アリーナに集結した各地の猛者たちとの生き残りを賭けたバトルロイヤルがはじまる――

一次予選を無事通過したモリたち。 予選トーナメントを控えた3人はそれぞれの出場する理由を語る。 その中で、ミラは月光剣法の先代当主であった父の遺志を継ぎ、道場を立て直すため、強い後継者を見つけるために出場したと語る。 トーナメント開催当日。前回、モリと火花を散らした因縁の相手であり、大会優勝候補の一人であるカン・マンソクと太極拳の遣い手であるコ・カンドとの試合がはじまる。

ミラとWWD全米女子プロレス王者マ・ミソンとの試合がはじまる。 ミソンの鍛え抜かれた肉体とパワーに圧され自身の剣術が通じず苦戦するミラ。 モリはマンソクとコ・カンドとの対戦に乱入したことで出場失格の危機に陥っていた。 議員であり、この大会の主催者でもあるパク・ムジンはモリに執行委員Qと戦い勝てば大会に復帰できると提案する。 一方、地区予選が開催される最中、暗躍する謎の集団。彼らの願いを叶える「鍵」とは――

地区予選トーナメントのベスト４が決定する。 週末にデイとミラとの準決勝試合が迫る中、格闘家であり実業家でもあるオ・ソンジンに突如プロポーズされるミラ。 傾いた道場経営の支援と月光剣法を世界に普及させると言われ申し出を受け入れるミラだが、結婚することで大会を辞退すると言う。 それに反発するモリはデイとともに婚約者であるソンジンを探ろうとする。

親友ウ・スンテの不治の病を治すため、容赦なくミラを試合で打ち倒すデイ。モリは準決勝試合にてブラジリアン柔術の遣い手ビョン・ジェヒを圧倒的な強さで倒す。先の試合でミラのケガをした箇所を狙ったデイのやり方に憤りを感じるモリ。スンテの容態が悪化し、自身の真の目的に突き進む決意を新たにするデイ。それぞれの想いを秘め、いよいよモリとデイの決勝試合がはじまる。

全国大会は各地区予選の上位3名をチームとした対抗トーナメントだと判明する。全国大会出場を賭けた3位決定戦で見事勝利を収めるミラ。

モリ・デイ・ミラの3名で晴れて全国大会出場することに。

大会運営側ではムジンがチーム戦の意図を執行委員たちに話す。全ては『鍵』の資質を持つ者を探すため――同じくその鍵を求める謎の集団「ノックス」に対抗すべく、ムジンは各界に絶大な力を持つ「THE SIX」を召喚する。

全国大会第一試合。先鋒戦にて、THE SIXのボンチムから授かった秘孔を自ら突き戦うモリだが何故か体を動かせず、負けてしまう。次鋒戦では大会最年長38歳、土方流を遣うプングァンとデイが対戦。土方で鍛えたパワフルな攻撃にデイは圧倒される。一方、ノックスの一員であるドレイクの襲撃に遭い痛手を負う執行委員Q。リミッターバンドを外しQは神から借り受けた力「借力」を使い『ジョーカー』を具現化させる…！

大会の「鍵」候補の一人と言われる実力者パク・イルピョが率いるチームはグイム・ギのチームと対戦。グイム・ギは自身の借力『切り裂きジャック』を発動。対するイルピョは借力を遣わず、古臭い武術と称される『テッキョン』のみで対抗する。一方、モリたちのチームは試合に乱入しジュゴクを殴ったことでデイが出場停止になってしまう。詰るミラに対し、どこか上の空のモリ。どうやらイルピョの「背中」に見覚えがあるようで――

祖父テジンが拘束されていることを知り、監禁場所へ急ぐモリ。 事情を知らないデイとミラのふたりはモリの到着を待たずに、ミラ一人でチーム戦に出ることに。 マリンの掴みどころのない戦い方に苦戦するミラ。 追撃しようとしたミラの剣戟を防いだマリンの手に持っていたのは、ミラのかつての愛刀だった。 「国宝」と呼ばれるその木刀をマリンが構えると刀身が白く光り輝きはじめ、本当の姿と、その力を現した――。

ノックスの存在を知ったモリは大会を勝ち進み祖父のテジンを助け出すことを心に決める。モリたちとの試合を控えたイルピョにも負けられない理由があった。４年前、ジェガルによって足を負傷し、格闘技の道を閉ざされてしまったスンアの姉であり、イルピョの従姉のスンヨンのために非情になることを決意する。一方、モリの襲撃に失敗したフェイロンを始末される。残虐な笑みを浮かべた人影の正体はジェガルであった…。

モリとの闘いで『金毛九尾』の借力を解放させる『鍵』として目覚めたイルピョ。モリは蒼龍風舞を放つが覚醒したイルピョはそれを難なく受け止める。力の差は歴然としていたが、突如モリの身体から覇気が放たれる――

ジェガルを一方的に叩きのめすイルピョ。とどめの一撃を繰り出そうとするがジェガルは触手を繰り出し絡みつく。ジェガルは借力「貪」にて取り込んだ他者の借力を次々に繰り出し、その猛威がイルピョを襲う！！その闘いの最中、アリーナの上空に異変が起こる。空の上に出現したのは剣を携えた神と無数の眷属だった――

アリーナ上空に出現した神は「THE SIX」のジェサンの魔術で撃墜される。

大空洞に落ちたモリたちは鍵を取り込み神となったジェガルと対峙していた。モリ・デイ・ミラの3人で立ち向かうが攻撃は全く通じず、ジェガルの猛攻からモリたちを庇いデイは深手を負ってしまう。その絶望的な光景と共に、今までモリの脳裏の奥底に秘められていた記憶が蘇る――