소피아 일행과의 격전을 극복하고, 학원 중립 도시인 롯츠갈드를 향해 여행을 하는 미스미 마코토와 시키. 가던 중 휴먼이 살고 있는 오비트시에 들르게 된 두 사람은, 일시적으로 따로 행동하게 되었다. 그러다가 마코토는 휴먼 소녀인 라나와 수인 소년인 에트와 만나게 되었다. 그들은 '황성의 달'이라는 도적단으로부터 고향인 타파 마을을 지켜달라고 도시의 모험가들에게 부탁을 했지만, 누구도 그들을 상대해 주지 않았다. 그런 두 사람이 마음에 걸렸던 마코토는 그들과 함께 타파 마을로 향했는데.

다채로운 재능을 가진 여고생 오토나시 히비키. 어느 정도만 노력하면 무엇이든 해낼 수 있는 인생에 지루함을 느끼던 그녀는 어느 날, 용사로서 이세계에 소환되었다. 갑자기 벌어진 일에 당황하면서도 리미아 왕국에 내려선 히비키는, 나발 폴러를 비롯해 왕국의 정예들과 파티를 결성했다. 일동은 곧바로 마족과의 싸움에 임했고. 그 무렵, 그리트니아 제국에는 또 한 명의 용사인 이와하시 토모키가 내려섰는데.

과거에 마족에게 빼앗겼던 스텔라 성채. 이곳을 되찾기 위해 리미아 왕국과 그리트니아 제국이 손을 잡고 마족을 상대로 탈환전을 걸게 되었다. 개전 전날 히비키와 토모키는 처음으로 만나게 되었지만, 토모키의 거만한 태도 탓에 두 사람은 마음을 트지 못한 채 어색한 공기가 흘렀다. 다음 날, 전투가 시작되자 공을 들여 준비한 덕분에 휴먼 군대는 우위를 점했다. 하지만 전장에는 용사 일행을 겨냥한 마족의 무시무시한 함정이 설치되어 있었는데.

긴 여행 끝에 롯츠갈드에 도착한 마코토와 시키. 우선은 쿠즈노하 상회의 새로운 점포 개점을 위해, 둘은 도시에서 정보를 모으기로 했다. 그런데 얼마 지나지 않아 두 사람은 롯츠갈드 중앙 학원의 학생들과 요릿집에서 일하는 소녀 루리아가 다투고 있는 현장을 목격했다. 주위를 차가운 눈으로 바라보는 루리아가 신경 쓰였던 마코토는 그녀를 도와주려고 했고... 그 후, 마코토는 학원 입학시험을 준비한 상황이었으나 치르게 된 게 교사 채용 시험이라는 걸 알게 되었는데.

훌륭하게 교사 채용 시험에 합격한 마코토. 정식 채용 통지가 도착하면서 롯츠갈드 중앙 학원의 비상근 교사로 일하는 것이 결정되었다. 그로부터 며칠이 지나고 맞이하게 된 첫 수업 날. 마코토는 학생들한테 얕보이지 않기 위해 악역을 연기하기로 했다. 같은 시각, 토모에는 스텔라 성채를 두고 벌어진 휴먼과 마족의 전쟁 중에 생겨난 호수인 성호를 조사하고 있었다. 그러던 중 전투에 참가했다고 하는 어느 휴먼의 기억을 엿보았는데.

롯츠갈드에 쿠즈노하 상회의 새 점포가 오픈했다. 롯츠갈드 중앙 학원에서의 일도 본격적으로 시작되어, 상회 경영 및 교사 생활도 순조로운... 줄 알았지만, 이와 더불어 새로운 문제가 마코토를 고민하게 만들었다.한편, 성호 주변 조사를 계속하던 토모에와 라임 라테가 있는 곳에 토모키를 비롯해 그리트니아 제국의 일행이 찾아왔다. 그들은 토모에와 라임이 가지고 있는 일본도를 진귀한 것으로 여기고, 이를 팔아 달라고 부탁했다. 거기에 더해 토모키는 토모에를 손에 넣고자 사람들을 매료시켰던 마안의 힘을 사용했는데.

마코토가 오랜만에 아공으로 돌아왔고, 미오와 토모에가 서프라이즈와 함께 그를 맞이해 주었다. 잔치가 열리고, 일동은 재회를 기뻐하며 즐거운 밤을 보냈다. 그 후 마코토는 성호와 토모키에 관련해 토모에로부터 보고를 들었다. 이야기 중 마코토가 아공의 비정상적인 더위에 대해 지적하자, 토모에를 통해 아공과 관련된 새로운 사실이 밝혀졌다. 그리고 다음 날, 아공으로 새롭게 맞이할 종족을 정하는 '새 멤버 오디션'이 개최되었는데.

아공에서 바쁘면서도 즐거운 시간을 보낸 마코토. 얼추 용무를 마친 그는 시키와 함께 다시 롯츠갈드에서 일에 힘쓰게 되었다. 우선은 쿠즈노하 상회 롯츠갈드 지점에 두 사람은 얼굴을 비쳤고, 주인이 없는 동안 아쿠아와 에리스가 훌륭하게 가게 일을 해내면서 새로운 점포 경영도 순조로워(?) 보이는 듯했다. 한편 롯츠갈드 중앙 학원에서는 복학한 시프 렘브란트와 유노 렘브란트, 거기에 더해 전학 온 카렌 폴스가 새롭게 마코토의 수업을 듣게 되었는데.

롯츠갈드에서 비밀리에 진행되고 있다는 인체 실험에 대해 조사에 나선 라임. 하지만 그러던 중 롯츠갈드 중앙 학원의 재개발 예정 구역에서 조우한 정체불명의 남자와 싸우고 패배하고 말았다. 거기에 더해 어째서인지 그 자리에 있었던 학원 도서관 사서 에바와 함께 인체 실험이 진행되고 있는 뒷세계 조직에 사로잡히고 말았다. 그 후 어떻게든 탈출하는 데 성공한 두 사람은 마코토와 합류했고, 쿠즈노하 상회에서 보호를 받게 된 에바는 마코토의 양친과 자신과 관련된 어떤 비밀을 밝혔는데.

뒷세계 조직을 궤멸시키기 위해 마코토 일행은 본격적으로 행동을 개시했다. 그런 그들에게 마장인 로나가 협력했고, 일동은 주모자가 롯츠갈드 중앙 학원의 상근 교사인 브라이트라는 걸 알아냈다. 그 후 마코토는 구속된 브라이트와 대치했고, 이야기를 하던 중 목적을 위해서라면 남을 희생시키는 걸 꺼리지 않는다고 외치는 브라이트에게 화가 난 마코토는 가차 없이 심판을 내렸다. 다음 날 마코토는 학원에서 여름 방학 전에 마지막 수업을 개강했고, 조금이라도 성장한 모습을 보여주려 분투하는 학생들에게 새로운 시련을 내렸는데.

여름 방학에 들어선 롯츠갈드 학원. 그 기간을 이용해 아공에 귀환한 마코토는, 잡무에 임하거나 마력 운용법에 대해 공부하는 등 충실하면서도 바쁜 하루하루를 보냈다. 그러던 어느 날, 아공에 새롭게 살게 된 주민인 익인들과 모의전을 하게 되었다. 과거에 진행되었던 모의전에선 무패였다고 하는 강적을 상대로 마코토는 마음을 다잡고 싸움에 임했고... 그리고 그로부터 며칠 후, 토모에의 제안으로 아공에서 주민들의 새 기술 발표회가 개최되었는데.

여름이 끝나가던 어느 날. 아공의 개척 조사를 하고 있었던 하일랜드 오크가 북쪽 숲에서 늑대와 곰에게 습격받는 사건이 발생했다. 그 소식을 들은 마코토는 두 종족과 평화롭게 지내기 위해 숲으로 향했다. 하지만 그곳에서 대면한 곰은 적의와 경계심 가득한 눈으로 그를 바라왔고... 한편 같은 시각, 롯츠갈드 중앙 학원의 학생인 진 일행은 이전에 조우했을 때 어쩔 도리가 없었던 아룡과 다시 한번 싸우고자 했는데.

도시에서 이루어지는 일대 행사인 학원제 개최가 다가오는 어느 날. 여신을 숭배하는 교단의 준사제인 시나이가 마코토를 찾아왔다. 그렇게 급하게 마련된 자리에서, 시나이는 쿠즈노하 상회가 판매하고 있는 약에 대해 좋지 않은 소문이 돌고 있다는 소식을 전했다. 거기에 더해 그는 약의 제조법을 신전에 밝히면 소문을 불식시키는 데 협력하겠다고 약속했다. 이 제안에 마코토는... 그로부터 며칠 후. 학원제가 시작되었고, 그 전날 밤늦게까지 가게 준비를 하고 있던 마코토는 첫날부터 늦잠을 자버리고 말았는데.

학원제 이튿날. 학생들과 내빈들이 모이는 입식 파티에 초대받은 마코토. 익숙지 않은 사교장에서 시간을 어떻게 보내야 할지 모르던 차에, 로렐 연방의 중진인 사이리츠가 그에게 말을 걸었다. 처음 보는 사이인 데다 마족을 호위로 두고 있는 그녀에게 마코토가 당황한 가운데, 사이리츠는 쿠즈노하 상회의 간판에 적힌 한자와 이방으로부터 로렐 연방에 전해진 문자가 같다고 말했다. 그 사실들로부터 그녀는 마코토가 이세계에서 온 존재가 아닌가 지적했는데.

학원제 주요 이벤트인 투기 대회에서 개인전에 임하게 된 마코토의 학생들. 대회에서 그동안의 단련의 성과를 발휘하기 위해 그들은 힘썼으나, 귀족의 계략으로 인해 동문 대결을 강요받게 되었다. 그런 가운데 결승에 진출한 진은 마코토에게 증오에 찬 눈길을 보내는 일룸간드 호프레이스와 대결했다. 그 대결의 승자는 과연... 그리고 다음 날, 마코토는 상인 길드의 대표인 자라의 호출을 받았다. 그 자리에서 외부인이 보기에는 수상한 점이 많은 쿠즈노하 상회의 유통 수단에 대해 자라에게 추궁을 받게 되었는데.

자라와의 일도 있어서 마족과 관계를 맺기로 결심한 마코토는, 학생들이 활약하는 무대인 투기 대회를 지켜본 이후 롯츠갈드를 떠나기로 했다. 다음 날, 단체전 결승에 진출한 진 일행은 일룸간드가 이끄는 팀과 대치했다. 시합이 시작되자 진 일행은 압도적인 실력 차로 상대를 몰아붙였는데, 그러는 가운데 무시무시한 기백과 광기를 내뿜는 일룸간드의 상태가 마코토는 신경이 쓰였다. 그러자 그와 함께 경기를 보고 있던 토모에와 미오가 롯츠갈드 전체에 퍼진 묘한 기운을 눈치챘는데.

마족의 계략으로 인해 괴물, 통칭 변이체로 모습이 변해버린 일룸간드. 그를 막기 위해 공격을 개시하는 진과 아벨리아 일행. 하지만 그들의 공격은 좀처럼 통하지 않았고, 전에 없던 강적을 앞에 두고 전의와 기력을 상실하고 말았다. 같은 시각, 거리에서는 일룸간드와 동일하게 변이체로 변모한 휴먼들이 날뛰기 시작해 롯츠갈드는 미증유의 위기에 빠지게 되었다. 그런 가운데 이 사태를 수습하면 도시의 상인들과 타국의 귀족들의 눈에 들어 은혜를 입힐 수 있다고 판단한 미스미 일행은 각자 행동을 개시했는데.

여전히 혼란스러운 롯츠갈드. 변이체와의 싸움을 기사들에게 맡긴 미스미 일행은 타국 및 도시의 사람들의 피난 활동을 돕고 있었다. 그러는 가운데 도시 및 인근 지역에 상당한 수의 변이체가 출현했고, 마코토로부터 그 사실을 듣게 된 진 일행은 토벌에 나서려 했지만... 한편, 마코토한테 피난소 호위를 명령받았던 미오는 임무 도중 묘한 냄새를 감지했다. 그 근원을 따라가 보니 고깃덩어리가 되어도 자아를 되찾은 일룸간드가 있었는데.

여전히 수습될 기미가 보이지 않는 변이체 소동. 피난소에서도 새롭게 변이체로 변모한 자가 나타나, 사람들의 불안감과 피로는 한계에 다다르고 있었다. 그런 상황을 바꾸기 위해 미스미 일행은 변이체 토벌 부대로 참가했고, 우선은 롯츠갈드 북동 구역으로 몰려가 매우 간단하게 적들을 쓰러뜨렸다. 그 후 상인 길드에 찾아간 그들은 렘브란트와 자라와 재회했다. 이전에 자라에게서 상인 실격이라고 낙인찍혔던 마코토는, 이번에도 엄한 말을 듣는 건가 하고 생각했는데.

변이체 소동을 미끼 삼아 리미아 왕국과 그리트니아 제국으로 진군하는 마왕군. 휴먼의 군대는 요격에 나섰지만 전력 부족으로 인해 곧바로 열세에 몰렸다. 두 대국이 함락 위기에 몰린 가운데, 마족의 진짜로 노리는 것이 히비키의 목숨이라는 것을 알게 되어 그녀를 구출하기 위해 마코토와 시키가 움직이려 했다. 하지만 그 직전에 주변에 공간 이동 수단을 잃었다고 거짓말을 해놓은 탓에 움직일 수 없게 되었다. 그러자 그때 성스러운 금색 빛이 마코토 일행을 둘러쌌는데.

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