Nerawareta Gakuen nos sitúa en la ciudad de Kamakura. Allí, la llegada de la primavera da el pistoletazo de salida a un nuevo curso escolar en un instituto de la ciudad. Para dicho curso se incorpora Ryoichi Kyogoku, un nuevo estudiante transferido que entrará en octavo curso. Este cuenta con una habilidad telepática muy especial, y, siguiendo las órdenes de su padre, hará uso de ella con el fin de escanear la mente de las personas y hacerse con el control de la escuela. Para ello, aprovechará el hecho de volverse popular sin demasiado esfuerzo. Aunque casi toda la escuela se encuentra bajo el efecto del hechizo de Kyogoku, hay un chico, llamado Seki, que parece no verse afectado. ¿Conseguirá Seki salvar a todos del férreo control mental?