Un brillant inventeur et son petit fils un peu à l'Ouest partent à l'aventure...
Grâce à la Leo Corporation, dirigée par Reiji Akaba, de nouvelles avancées technologiques, comme la Solid Vision, un système holographique qui donne vie aux Monstres de Duel, donnant aux Monstres une masse physique et des environnements, laisse les joueurs interagir directement avec eux.
Cela a donné naissance aux Action Duel, dans lesquels chaque duelliste peut traverser différents environnements pour localiser des Cartes d'Action pour les aider lors d'un moment critique.
L'histoire suit Yûya Sakaki, un élève de seconde année au collège You Show Duel School de la ville de Maiami, dont le père a subitement disparu trois années auparavant alors qu'il devait participer à un duel très important. Durant son combat contre le champion actuel des Action Duel, Strong Nishijima, Yûya éveille un nouveau pouvoir de par le biais de son pendentif, connu comme l'Invocation Pendulum.
La guerrière intergalactique Star Butterfly arrive sur Terre afin de vivre avec la famille Diaz. Elle continue de vaincre les malfaiteurs à travers l'Univers et au sein de son lycée, notamment grâce à une baguette puissante qu'elle ne contrôle pas encore entièrement.
Deux adolescents de mondes différents utilisent leurs pouvoirs de ninjas pour défendre des dragons face à des méchants qui veulent utiliser leur force vitale à mauvais escient.
L'histoire du jeu nous entraîne au cœur d'une aventure où divers portails sont apparus dans le monde, donnant sur une dimension inconnue, qui abrite des dizaines de donjons. Le joueur recrute des mages, des chevaliers, des chasseurs ou encore des voleurs afin d'exterminer les monstres des donjons.
Racontée à travers une série de conversations téléphoniques interconnectées, cette série inédite raconte l'histoire mystérieuse d'un groupe d'étrangers dont la vie est bouleversée à l'approche d'un événement apocalyptique.
In a vast and mysterious multiverse with fantastic alternative realities, a metaphysical entity has a whole plan behind it, in order to protect the timeline of an island using a book that can see the past, present and future as if it were a full script.