Dotées d'ailes et d'une auréole tels des anges, les Ailes Grises (ou Haibane) vivent dans une vieille maison à l'écart d'une ville perdue encerclée d'un énorme mur. C'est dans cette vieille maison que Rakka nait déjà adolescente d'un cocon géant.

Rakka n'a aucun souvenir de son existence précédente mais seulement d'un rêve qu'elle a fait lorsqu'elle se trouvai dans le cocon. Essayant de s'adapter à cette situation, Rakka va découvrir qu'être Haibane n'est pas si facile qu'il y a certaines règles à respecter.

Dans un village norvégien pollué et troublé par la fonte des glaciers, la fin des temps semble bien réelle. Mais un combat doit opposer une légende à un mal ancestral.