La Seconde Guerre mondiale vient de s'achever. À New York, le « parrain » Don Corleone, l'un des chefs respectés de la mafia, se sent vieillir. Il refuse de s'adapter à son temps et de se lancer, comme ses pairs, dans le trafic de drogue. Une frilosité qui entrave la bonne marche des affaires des autres « familles » et qui lui vaut d'être la cible d'un attentat. Don Corleone survit à ses blessures, mais reste très diminué. Mike, son plus jeune fils, qui jusque-là se tenait à l'écart des affaires de son père, devient le plus dévoué de ses héritiers. Plus efficace que ses frères, Sonny et Fredo, il venge son père et organise l'élimination de ses adversaires…

Palerme, Sicile, 1980. Tommaso Buscetta, membre de la mafia, décide de s'installer au Brésil avec sa famille pour fuir la guerre constante entre les différents clans de l'organisation criminelle. Mais lorsque, après avoir vécu plusieurs malheurs, il est contraint de rentrer en Italie, il prend une décision audacieuse qui changera sa vie et le destin de Cosa Nostra à jamais.

1992. Le célèbre juge anti-Mafia Giovanni Falcone et son épouse meurent dans un attentat à la bombe alors qu'ils traversent Palerme en voiture. Retour en 1980. Intègre, idéaliste et résolu, Falcone commence sa carrière de magistrat au palais de justice de Palerme. Sa spécialité : les arnaques bancaires...