解决魔法世界崩坏的危机的涅吉，与一众3-A学生和魔法师回到麻帆良学园。然而，他们在校门发现了写着“麻帆良学园中等部毕业典礼”的横幅。很久没有回来的涅吉和同学们，就在有限的时间内慌忙作好准备。同时间，校长召见涅吉，要涅吉认真考虑如何跟班内多位学生厘清关系，尤其是跟过半班内学生订下的“暂定契约”，其实还有一些秘密……为了决断的问题，涅吉觉得十分烦恼……

Negi Springfield, een 10-jarige goochelaar die rechtstreeks uit Groot-Brittannië komt, wordt in de positie van leraar Engels geplaatst in een klas van 31 jongedames. Na vele avonturen met zijn jonge studenten en gekroond door de triomf van goed tegen kwaad (bekijk de serie of lees de manga), staat Negi voor een nieuwe uitdaging. De jongedames zullen de volgende dag afstuderen en hij moet één en slechts één partner kiezen om Magi Magister te worden. Zijn keuze zal tot gevolg hebben dat het bestaan ​​van magie en de magische wereld volledig uit de herinneringen van de 29 overgebleven studenten wordt gewist. Dit lokt een reeks pogingen van deze jongedames uit om Negi's hart te veroveren en zo zijn partner te blijven. Diezelfde avond worden Negi en zijn studenten geconfronteerd met een nieuw gevaar dat beide werelden bedreigt!

The story is centred around Negi Springfield, a ten-year-old wizard from Wales, who dreams of becoming a Magister Magi like his missing father, a special wizard who uses his powers to help normal people, using covers such as working for NGOs. Initially appointed as an English teacher at Mahora Academy in Japan he becomes a teacher to a middle school class of 31 older girls. However, the peaceful school life is quickly disturbed as people from his father's past appear and Negi has to form contracts with various students to overcome the new dangers. Finally he embarks on a journey to the Magic World together with his partners to find his long-lost father. This film is the climax to their adventures depicted in the Shiroki Tsubasa Ala Alba and Mou Hitotsu no Sekai OVAs.

Negi Springfield, jeune magicien de 10 ans venant tout droit du Royaume-Uni, se retrouve propulsé au poste de professeur d'anglais dans une classe de 31 jeunes demoiselles. Après de nombreuses aventures avec ses jeunes élèves et couronnées par la triomphe du bien contre le mal (voir la série ou lire le manga), Negi doit face à un nouveau défi.

En effet, les jeunes demoiselles vont être diplômées le lendemain même et il doit choisir une seule et unique partenaire pour devenir Magi magister. Son choix aura pour effet d'effacer complètement l'existence de la magie et du monde magique de la mémoire des 29 élèves restantes. Ceci provoque une série de tentatives de ces demoiselles de s'emparer du cœur de Negi et rester ainsi sa partenaire.

Le soir même, Negi ainsi que ses élèves doivent face face à un nouveau danger qui menace les deux mondes !

ekijouban Mahou Sensei Negima! Anime Final spielt als alternatives Ende zum eigentlichen Ausgang des Mangas.

Nach den Ereignissen in der »Magischen Welt« kehren Negi und seine Schülerinnen zurück auf die Erde und zur Mahora, doch auch dort wartet bereits das nächste und wahrscheinlich komplizierteste Problem auf ihn. Negi hat nur einen Tag, um sich endgültig für eine Partnerin zu entscheiden, woraufhin alle anderen, die er nicht wählt, die Erinnerung an ihn und die Magie verlieren. Als die Mädchen davon erfahren, reagiert jede auf ihre eigene Art und Weise darauf. Während einige den Abend zusammen verbringen, wollen andere sich nicht die Chance auf einen letzten Kampf mit Negi nehmen lassen. Der Druck auf Negi, sich für eines der Mädchen zu entscheiden und damit ein »Magister Magi« zu werden, verstärkt sich als sein 30-Jahres-Plan ein abruptes Ende findet und der Mars im Begriff ist auf die Erde zu stürzen, was beide Welten zerstören würde.

純粋に父親に会いたいという思いだけを胸に魔法世界へと向かったネギ・スプリングフィールドの前に宿敵フェイト・アーウェルンクスが立ちはだかる。あえなく敗北したネギは、フェイトに対抗する力“闇の魔法”（マギア・エレベア）を会得し、さらに魔法世界の秘密を知ったネギたちは世界の存亡を懸けた戦いに巻き込まれていく。

Um filme de animação baseado no Negima! Magister Negi Magi mangá.