与现代网络社会共同产生的假想空间「数码世界」，诞生了数位生命体「数码兽」，主机「世界树」管理这个世界的全部。不过、为了建立新数码世界而要除去发展很久的这个世界的同时、「世界树」发动「Ｘ计划」要除去所有的数码兽…现在，数码世界史上最大的危机逼近了！拥有「Ｘ抗体」的多路兽及它的朋友们，应该如何应对呢？

The Digital World is becoming so overpopulated that the super computer Yggdrasill who governs the Digital World can no longer handle it. Its solution is Project Ark: to wipe out most of inhabitants with the X Program. Yggdrasill chooses a very small percentage to be moved to a new Digital World and then proceeds to destroy the old one. Some Digimon who were not chosen survive anyway, and they move to the new world with a rare gift known as the X Antibody; this antibody changes their appearance and makes them more powerful, while at the same time making them immune to the X Program. No longer in control, Yggdrasill uses the Royal Knights to destroy these X-Digimon, who are outcasts in the new Digital World.

Le digimonde était tellement devenu surpeuplé que le super-ordinateur, nommé Yggdrasil, contrôlant le monde digital, ne pouvait plus rien contrôler. Sa solution aurait été d'éradiquer une vaste majorité de Digimon avec un programme nommé Programme X (X-Program). Il a donc choisi un petit pourcentage de Digimon à envoyer dans le nouveau digi-monde pour ensuite annihiler l'ancien digi-monde. Les survivants de l'éradication qui ont réussi à atteindre le nouveau digi-monde ont été dotés d'un pouvoir très rare: l'Anticorps X (X-Antibody); cet anticorps, une fois activé, permet au Digimon qui le possède, de changer d'apparence et d'avoir une puissance phénoménale faisant de lui une arme redoutable. Les Digimon ayant un Anticorps X possèdent généralement une lettre 'X' à la fin de leur nom ou quelque part sur leur corps. Yggdrasil est protégé et surveillé par des Chevaliers Légendaires (Omnimon, Gallantmon et Magnamon), qui se doivent d'éliminer les Digimon X.

Die Digitale Welt entstand, als unser Computernetzwerk sich entwickelte und gebar die »Digitalen Monster«, die sogenannten Digimon, eine digitale Form des Lebens. Der Host-Computer »Yggdrasil« kontrolliert die gesamte digitale Welt und ruft das »Project Ark« ins Leben, welches die Welt von wertlosen Kreaturen säubern soll. Die Digitale Welt steht ihrer bisher größten Bedrohung gegenüber …

העולם הדיגיטלי כבר מאוכלס יתר על המידה בשביל המחשב המארח אותו, יגדראסיל. לכן יגדראסיל מחליט להפעיל את תוכנת האקס - תוכנה שמוחקת את כל הדיג'ימונים מלבד כמה בודדים נבחרים. מה שהוא לא ידע שיקרה, זה שכמה דיג'ימונים ישיגו נוגדן לתוכנה שלו, ויצליחו גם להגיע לעולם החדש. דורומון, דיג'ימון בעל נוגדן האקס, מגיע אל העולם החדש בו רק מתנכלים לו. הוא רוצה לדעת למה הוא חי, למה כולם צריכים להמחק, ולמה האבירים המלכותיים שהם מגני הרשת עומדים לצדו של יגדראסיל הנוראי.

너무 늘어나버린 디지몬들의 수로 디지털 월드의 용량이 초과되기 시작해 디지털월드의 멸망인 디지털 해저드가 일어날 위기에 처하자 호스트 컴퓨터인 이그드라실은 뉴 디지털월드(이하 NDW)를 만들어 실험에 필요한 선택받은 디지몬들만 이주시키고 나머지 디지몬들은 말소하기로 결정한다.

O X-Digimon, um novo tipo de Digimon, é caçado pelos cavaleiros reais que protegem o mundo digital. Seu mestre, o superintendente da rede Yggdrasil, pretende pôr em prática o Projeto Arca de renovar o mundo digital e criar novo Digimon, mas à custa de todos as outras vidas digitais. X-Digimon vai buscar as respostas para sua própria existência enquanto tenta proteger a vida de todos os Digimon, de um jeito que vai mudar o mundo digital para sempre.

O X-Digimon, um novo tipo de Digimon, é caçado pelos cavaleiros reais que protegem o mundo digital. Seu mestre, o superintendente da rede Yggdrasil, pretende pôr em prática o Projeto Arca de renovar o mundo digital e criar novo Digimon, mas à custa de todos as outras vidas digitais. X-Digimon vai buscar as respostas para sua própria existência enquanto tenta proteger a vida de todos os Digimon, de um jeito que vai mudar o mundo digital para sempre.

В современном мире был создан виртуальный мир, зовущийся Цифровым. Дигимоны — обитатели этого мира — живут тут и радуются жизнью. Но внезапно мир обернулся в хаос. Причина тому — Иггдрасиль, создатель всего живого в виртуальности, который разработал «X-программу». Её целью является уничтожение всех и вся, дабы на месте этого мира создать новый, специально для одного-единственного существа. Однако на это самое существо открыли охоту «Королевские рыцари» — приспешники Иггдрасиля и защитники Цифрового мира.

La película se desarrolla en el Nuevo Digimundo, un mundo creado por Yggdrasil, la Computadora Central, como hábitat para los "Digimon Elegidos", un grupo de digimon escogidos por el "Proyecto Ark", para ser salvados de la destrucción del Viejo Digimundo a causa de que el Programa X fue ejecutado. Sin embargo, un grupo de digimon sobrevivientes, los "Digimon X", quienes desarrollaron el Anticuerpo X para volverse inmunes al Programa X, lograron infiltrarse a este nuevo mundo. Los Caballeros Reales, dirigidos por Yggdrasil, tienen la misión de destruir a los "Digimon X", quienes interfieren con los planes de Yggdrasil. Mientras tanto, varios grupos rebeldes se forman por todo el Digimundo, para resistir los ataques de los Caballeros Reales. En medio de todo esto entra DORUmon, un misterioso digimon, portador del Anticuerpo X, quien lleva el destino de todos los Digimon en sus manos.

La película se desarrolla en el Nuevo Digimundo, un mundo creado por Yggdrasil, la Computadora Central, como hábitat para los "Digimon Elegidos", un grupo de digimon escogidos por el "Proyecto Ark", para ser salvados de la destrucción del Viejo Digimundo a causa de que el Programa X fue ejecutado. Sin embargo, un grupo de digimon sobrevivientes, los "Digimon X", quienes desarrollaron el Anticuerpo X para volverse inmunes al Programa X, lograron infiltrarse a este nuevo mundo. Los Caballeros Reales, dirigidos por Yggdrasil, tienen la misión de destruir a los "Digimon X", quienes interfieren con los planes de Yggdrasil. Mientras tanto, varios grupos rebeldes se forman por todo el Digimundo, para resistir los ataques de los Caballeros Reales. En medio de todo esto entra DORUmon, un misterioso digimon, portador del Anticuerpo X, quien lleva el destino de todos los Digimon en sus manos.