In the world of Neverland, humans and monsters live alongside each other. Generation of Chaos details the start of the adventures of the two heroes of Neverland, Chiffon and Roze.

Chiffon é um menino com o poder de treinar monstros. Depois de perceber que seu poder está diminuindo, ele parte para a Floresta de Hiyoko para devolver seu Hiyokomushi - uma montaria e companheira semelhante a um peixe - de volta à sua terra natal, a Floresta de Hiyoko. No entanto, a jornada lá é tudo menos monótona conforme seu controle sobre seu monstro diminui gradualmente. Roze é descendente de meio demônio, vivendo uma vida tranquila entre os humanos com sua irmã Emilia. Um dia, quando Roze volta do trabalho, ela vê sua casa sendo incendiada. A destruição de sua casa destrói seu sonho de poder viver em paz com a humanidade, pois ela é lembrada de que a harmonia entre demônios e humanos está longe de se tornar um realidade.