从2148年迫近的宇宙威胁域“费斯图”中救出了守护人类多年的皆城総士，为了解放站在人类这边的Festum的核心的作战“苍穹作战”中守护了2年和平的全体士虽然存在消失了总有一天回到龙宫岛，与一骑约东的少年少女们在找回的和平中每天生活着。有一天，一艘舰被打到龙宫岛。其中有一个少年睡着了，突然和平被打破了。

在蒼穹作戰經過兩年後的夏天── 有個少年漂流到龍宮島。 他的名字叫做來主 操。 操說，他是異界體送來的使者。 因為他想要消除這世界的痛苦、並且奪去大家的戰鬥能力。 所以他想跟島上的核同化。 跟操的到訪一起出現的是大量的異界體，跟再度站在戰場的少年少女。 對於操的想法，一騎該如何回應呢？ 島又會做出什麼反應呢？ 而在異界體那邊的總士的想法又是… 賭上邁入新階段的星核跟島的未來的戰爭開始…！

Irgendwo im Pazifischen Ozean, unweit der ehemaligen japanischen Küste, liegt, unter einem schimmernden Tarnschild, die schwimmende Insel Tatsumiya. Es ist ein Jahr vergangen. Die Neo U.N. hat im Krieg gegen "Festum" am Nordpol einen vernichtenden Schlag geführt, doch noch immer schwelt der Hass und das Militär wünscht die totale Vernichtung des Feindes. Auf der Insel Tatsumiya ist nach, dem Verschwinden von Soshi, Frieden eingekehrt. Doch bald wird diese harmonische Ruhe gestört. Es ist das alljährliche Bon-Fest und wie durch einen Zufall treibt gerade in dieser Nacht ein scheinbar unbemanntes Schiff durch den Spalt im Schutzschild der Insel...

The year is 2148. Two years have passed since the world was defended from the mysterious Festum, leaving the world in peace. Soushi promised Kazuki that he would one day return to Tatsumiya Island but instead he still keeps himself hidden, living his life in the peace that he created. But one day a mysterious ship arrives at Tatsumiya Island... a ship with nobody but a single sleeping girl on board. The peace isn't going to last as long as everyone might hope...

Sur une petite île japonaise isolée de tout, la vie semble s'écouler tranquillement jusqu'au jour où une entité gigantesque inconnue fait son apparition non loin de là et commence à attaquer l'île. Seuls les enfants ne comprennent pas ce qui se passe et sont rapidement évacués dans des abris souterrains. Les adultes quant à eux, savent comment réagir. En quelques instants, des champs de force sont activés autour de l'île et un véritable arsenal de guerre caché au milieu de la ville est déployé afin de faire face à cette entité qu'ils nomment Festum.

2148年　迫り来る宇宙からの脅威「フェストゥム」より人類を守り、奪われた皆城総士を救出し、人類に味方するフェストゥムのコアを解放する為の作戦「蒼穹作戦」より2年・・・平和は守られたはずだった。総士は存在が消滅しながらも、いつか竜宮島へ戻ると一騎と約束した。少年少女たちは取り戻した平和の中、日々を生きていた。そんなある日、一隻の艦が竜宮島へ打ち揚げられる。中には1人の少年が眠っていた。そして、突如平和は破られる・・・

창궁의 파프너 시리즈 5년만의 신작 극장판. 1기로부터 2년 뒤의 이야기를 다룬다. 인류를 구하기 위해 만들어진 인공섬인 타츠미야 섬. 이곳의 많은 사람들이 더는 전쟁을 원하지 않지만 먼 우주에서 온 페스툼이라는 적이 나타나고, 이에 맞서기 위해 카즈키 등의 파일럿들이 파프너를 타고 전투하게 된다. 하지만 한층 강력해진 적들은 인류의 병기까지 사용하여 이들을 위협하고, 적을 소멸하고 섬을 지키기 위해 새로운 파일럿까지 투입되지만 섬의 운명을 장담할 수 없을 정도로 위태로운 상황에 이르게 되는데…

Rok 2148

Minęły dwa lata od czasu zakończenia wielkiej bitwy na biegunie północnym, w której Festum i ich Mir zrozumieli naturę istnienia oraz sens życia i śmierci. Ciągłe ataki ze strony obcych ustąpiły, jednak krąg nienawiści nadal się toczy. Ludzie tak łatwo nie wybaczają i nadal kontynuują ataki na obcy gatunek. W międzyczasie istniejący w niematerialnej formie Soushi Minashiro, sprowadza na wyspę Misao Kurusu - nowy rzdzeń wykazujący większe człowieczeństwo niż wszystkie wcześniej spotkane Festum - który pragnie na swój własny sposób próbuje uchronić dom Soushiego przed gniewem Miru.

O ano é 2148. Dois anos se passaram desde que o mundo foi defendido pela misteriosa Festum, deixando o mundo em paz. Soushi prometeu a Kazuki que um dia ele iria voltar à Ilha Tatsumiya, mas em vez disso ele ainda se mantém escondido, vivendo sua vida na paz que ele criou. Mas um dia, um misterioso navio chega à Ilha Tatsumiya... Um navio sem ninguém, apenas uma menina dormindo no navio. A paz não vai durar tanto tempo como todo mundo acreditava...

La acción transcurre en un plano temporal futurista, en el año 2144 aproximadamente, donde la Tierra ha sido devastada por unos seres llamados Festum desde el año 2114. Por ciertos eventos causados por estos seres los japoneses perdieron su fertilidad y fueron prácticamente borrados del mapa. Los supervivientes se encuentran ahora en una remota isla japonesa llamada Tatsumiya. La gente ha logrado sobrevivir escondiéndose de los Festums usando la más avanzada tecnología. Es el último paraíso en la Tierra. Lo más sorprendente de esta isla es que es todo un continente flotante. Al fin, los Festums descubren la isla y comienzan a atacar. Aún así, los humanos no estaban desprevenidos. Tras activar los escudos de energía que protegen la isla, mandan a un joven piloto, Kazuki Makabe (???? Makabe Kazuki), a luchar contra los Festums usando un robot gigante llamado Fafner.