瑞克·卡特率领的远征军在宇宙深处取得节节胜利，并和反抗因维人的外星人结成“哨兵同盟”。但就在2031年，地球为瑞吉斯所率领的因维人占领。2044年，远征军调转方向，开始朝着人类古老的家园——地球挺进。借助哨兵同盟成员海顿星人帮助，爱德华兹将军将舰队全部配备暗影技术，它可使舰队不被因维人的探查设备所发现。此外，远征军还依靠海顿星人开发出更为强劲的中子S导弹。为了将因维人赶出地球，不惜牺牲半个星球为代价。在此期间，SDF-3神秘失踪，瑞克也发现中子S导弹的奇怪之处。他告诫远征军不要使用这个致命的武器。但远征军已向因维人发起最后的攻击……

I år 2044 e.Kr., har menneskeheden nåede ud til stjernerne gennem mirakler robotteknologi, men ikke uden at bringe intergalaktik krig på Jorden selv. Helte vil dø og tilhørsforhold vil skifte. Men midt i kamp, måske fred vil springe op gennem de forkullede rester af voldsramte historie. En af de største science fiction sagaer af hele tiden fortsætter ...

In the year 2044 AD, the human race has amped-up its space exploration and reached out to the stars through the miracle of ROBOTECHNOLOGY, but not without bringing intergalactic war upon the Earth itself. Heroes will die and allegiances will shift. But in the midst of combat, perhaps peace will spring up through the charred remains of battered history. One of the greatest science fiction sagas of all time continues...

En l'an 2044, la race humaine a conquis l'espace sans éviter la menace d'une guerre sur Terre avec les Invids. Mais le passé appartient au passé, et de nouvelle alliances doivent naître car un nouvel adversaire menace de remettre en cause toute la technologie shadow.

טכניקות חדשניות משולבות באיורים בסגנון האנימה המסורתי בסרט המבוסס סדרת הטלוויזיה הקלאסית - אחת מהסדרות הראשונות אשר הציגה את האנימה לקהל המערבי. כדור הארץ נכבש על-ידי כוחות חייזריים מסתוריים. הלוחמים של רובוטק נלחמים כדי להשיב לעצמם את העולם שמעולם לא הכירו, אבל אויב מפחיד וחדש אורב בצללים.

Robotech Shadow Chronicles, si colloca esattamente dopo che la spedizione Robotech in the Sentinel, capeggiata dal generale Rick Hunter, parte per lo spazio. Nell' anno 2044, gli Invid hanno ormai conquistato la Terra e la spedizione Robotech è tornata per la battaglia finale, nel tentativo di riconquistare il loro pianeta. Alcune cosucce non quadrano con la serie tv che molti avranno visto. Mancano inspiegabilmente, Annie, Rook, Lancer, Lunk e Rand, non viene fatto accenno al concerto finale e l'irruzione nel nucleo di Raegis è come se non fosse mai avvenuta.

No ano 2044 DC, a raça humana intensificou sua exploração espacial e alcançou as estrelas através do milagre da ROBOTECNOLOGIA, mas não sem trazer uma guerra intergaláctica sobre a própria Terra. Os heróis morrerão e as alianças mudarão. Mas no meio do combate, talvez a paz surja através dos restos carbonizados da história destruída. Uma das maiores sagas de ficção científica de todos os tempos continua...

Después de que una nave espacial extraterrestre se estrellase en la Tierra en el año 1999, la raza humana fue capaz de alcanzar las estrellas gracias al milagro de la Protocultura, que les permitió desarrollar la Robotecnología. Sin embargo la odisea por el espacio trajo también consigo una inesperada guerra contra razas alienígenas hostiles, los Zentraedi y los Invid, que devastó el propio planeta Tierra. Tras un conflicto árduo y sangriento, en el año 2044, los defensores supervivientes de la Tierra, tuvieron éxito al expulsar a los Invid del planeta. Ahora todos ellos tienen una misión decisiva para el futuro de la Humanidad, encontrar al mítico almirante Rick Hunter, cuya nave SDF-3 se perdió durante la lucha final. Una misión de salvamento parte en su busca. Ahora cuentan con nuevas unidades de combate conocidas como Shadows, que tienen la capacidad de ocultar su fuente de Protocultura para así evitar ser descubiertos.

La trama parte desde el final del episodio 85, donde nos encontramos en la batalla final contra los Invids y las misteriosas circunstancias en que estos se retiran de la tierra, junto a la también misteriosa desaparición del SDF-3 y el Almirante Rick Hunter.