تدور أحداث قصة الفيلم حول قضية مُغلقة في سفينة ما تُدعى ايجيس محمية من قِبل وزارة الدفاع اليابانية و بالتعاون كذلك مع وزارة الدفاع البحرية الذاتية , تبدأ القصة عندما يتم العثور على جثة أحد أعضاء قوات الدفاع البحري الذاتي ناقص الذراع الأيسر بعدما عرفواً أن هنالك جاسوس قد تسلل إلى السفينة نفسها ايجيس مسبباً اضطرابات و كذلك يضع ران في خطر مُحدق للغاية , يضطر كونان مع صديقه هيجي هاتوري لمواجهة هذا الجاسوس الغامض أو كما يُدعى بحرف اكس كـ دلالة على أنه غامض و مجهول بالإضافة إلى التعديل الجديد الذي قام به الدكوتور أجاسا على ساعة كونان

La Ran guanya un sorteig per assistir a unes maniobres d'un destructor Aegis de l'armada japonesa, on en Conan i els altres l'acompanyen. Durant les maniobres, apareix sobtadament un objectiu desconegut i el vaixell es posa en alerta roja. Un cop resolta l'amenaça, descobreixen que el filtre del sistema de drenatge ha absorbit un braç esquerre. Si això no fos poc, es descobreix que un espia, que anomenen X, s'ha infiltrat per robar informació confidencial. En Conan demanarà ajuda a en Heiji i al Dr. Agasa per descobrir l'autèntica identitat de l'espia però el misteri va molt més enllà del que es poden imaginar...

晴朗时节，江户川柯南和毛利小五郎、小兰以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍 X 已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀、阿笠博士、服部平次以及远山和叶通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量。

柯南、小蘭、毛利小五郎以及少年偵探團等人，一同參加了神盾艦的體驗航海活動，在日本海上自衛隊員的示範下，親眼見識到氣勢非凡的空中對戰演習。這時候，神祕的敵軍突然來襲，演習旋即變成了真實的激烈對戰!小蘭與少年偵探團成員看到眼前的這一切，感到十分恐懼與不安。在海上自衛隊冷靜的應對處理下，戰況總算平息了下來，但是卻摸不清敵人的目的為何。在此同時，艦裏發現了一隻自衛隊員的左手殘肢，那隻手上戴了一隻時間停滯在上午5時30分的手錶……在如此不尋常的事態下，大阪府警方與京都府警方也緊急出動直升機前來現場，協力展開調查。而實際上並未登艦的女性自衛官──藤井七海，也在此時謎樣般的現身……

柯南、小蘭、毛利小五郎以及少年偵探團等人，一同參加了神盾艦的體驗航海活動，在日本海上自衛隊員的示範下，親眼見識到氣勢非凡的空中對戰演習。這時候，神祕的敵軍突然來襲，演習旋即變成了真實的激烈對戰!小蘭與少年偵探團成員看到眼前的這一切，感到十分恐懼與不安。在海上自衛隊冷靜的應對處理下，戰況總算平息了下來，但是卻摸不清敵人的目的為何。在此同時，艦裏發現了一隻自衛隊員的左手殘肢，那隻手上戴了一隻時間停滯在上午5時30分的手錶……在如此不尋常的事態下，大阪府警方與京都府警方也緊急出動直升機前來現場，協力展開調查。而實際上並未登艦的女性自衛官──藤井七海，也在此時謎樣般的現身……

The movie is set on a state-of-the art Aegis vessel with the full cooperation of Japan's real-life Ministry of Defense and Maritime Self-Defense Force. The corpse of a Self-Defense Force member has been found — minus the left arm — and a spy has infiltrated the Aegis vessel. The heroine Ran is put in jeopardy, and Conan is forced to stand up against the dangerous Spy "X."

Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").

Im Hafen von Maizuru wird ein verdächtiges Schiff entdeckt – vollgepackt mit Bomben. Am selben Ort freuen sich Conan und seine Freunde darauf, an Bord eines AEGIS-Kriegsschiffes zu gehen, um dort einen Tag lang öffentliche Manöver mitzuverfolgen. Der Alltag auf dem Zerstörer gestaltet sich allerdings eher langweilig – bis plötzlich ein seltsames Geräusch zu hören ist und ein unbekanntes Objekt auf dem Radar auftaucht. Conan bemerkt, dass das nicht zum Plan gehört, denn auch einige Gäste und Crewmitglieder verhalten sich verdächtig. Als im Filter des Pumpensystems zudem ein abgetrennter Arm gefunden wird, beginnt Conan mithilfe von Heiji Hattori zu ermitteln. Tatsächlich taucht auch bald die passende Leiche ohne Arm auf. Doch die Zeit zur Aufklärung ist knapp – Japan steuert bereits mit voller Fahrt auf eine nationale Krise zu …

京都・舞鶴湾で行なわれたイージス艦体験航海に参加したコナンたち。航海中、突如近づく不審船に艦内は不穏な空気に包まれる。隊員たちの冷静な対処で体験参加者たちは演習だと信じたが、コナンだけはそれが現実の危機だったことに気付く。そんな中、艦内で自衛隊員の左腕が発見される。灰原や阿笠博士、そして陸上の平次と協力して捜査に乗り出すコナン。やがてコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が乗りこんでいることを知る！

이지스함에 스파이 잠입 ! 란에게 닥치는 마수 ! 매우 위험한 긴급 미션 ! 타겟은 일본 전토 ! 아침 노을의 바다에 떠오르는 , 폭탄을 실은 수수께끼의 수상한 배 . 그 배가 모든 것의 시작이었다 . 교토 마이즈루항 . 해상자위대에 의한 , 귀중한 이지스함의 체험 항해가 개시 되고 있었다 . 전자무장 된 최첨단 함에서 펼쳐지는 박력 만점의 크루즈를 즐기는 코난과 란, 코고로, 그리고 소년 탐정단. 그러나 갑자기 , 굉음이 울려 퍼지고 , 함내에 불쾌한 공기가 감돈다 . 이윽고 얼마 지나지 않아 , 왼쪽 팔이 없는 시체가 발견된다 ! 그것도 , 무려 자위대원의 시체였다 ! 거기에는 몇군데 이상한 점이 남겨져 있었다 . 수사에 나선 코난은 , 함내에 모국의 스파이 " X " 가 탐승한 것을 알게 된다 ....... 이 항해에는 상상을 훨씬 뛰어넘은 , 일본 전토를 뒤흔드는 거대한 음모가 숨겨져 있었다 .

O filme se passa em um navio Aegis de última geração, com a cooperação total do Ministério da Defesa e da Força de Autodefesa Marítima da vida real do Japão. O cadáver de um membro da Força de Autodefesa foi encontrado - sem o braço esquerdo - e um espião se infiltrou na nave Aegis. A heroína Ran é colocada em perigo e Conan é forçado a enfrentar o perigoso Spy "X".

Действие фильма происходит на современном корабле военно-морских сил обороны Японии “Эгида”. На борту судна было найдено тело военнослужащего без левой руки. Поступила информация о том, что опасный шпион “X” проник на корабль, тем самым угрожая безопасности всей страны. Но диверсант еще не догадывается, что вероятность успеха его операции крайне мала, ведь за дело берется прославленный детектив Конан. Юный сыщик в силах распутать самый сложный заговор, спасти жизни дорогих ему людей и поймать виновных.

Gracias a la Fuerza Marítima se celebra una visita a la nave Aegis en el puerto de Kyoto. Conan, Ran, Kogoro y la Liga Juvenil disfrutan de un viaje con la última tecnología desarrollada. Sin embargo, suenan las alarmas y se vive una atmósfera extraña dentro de la nave. ¡No pasa mucho tiempo hasta que se encuentra un cadáver sin brazo izquierdo! ¡Y el cadáver es de uno de los oficiales de la marina! Conan descubre que está a bordo el espía 'X'. ¿Quién es? ¿Cuál es su relación con el barco? ¡Dentro del basrco se esconde un gran secreto que supera la imaginación y hará temblar a todo Japón!

Un barco desconocido con bomba que flota sobre el mar en el amanecer. Todo empezó con ese barco... En un puerto de Kyoto. Gracias a las Fuerzas Autodefensas se inauguró una visita a la nave Aegis. Conan, Ran, Kogoro y la Liga Juvenil disfrutan del crucero lleno de la última tecnología desarrollada. Sin embargo, suenan las alarmas y se vive una atmósfera extraña dentro de la nave. ¡No pasa mucho tiempo hasta que se encuentra un cadáver sin brazo izquierdo! ¡Y el cadáver se trata de uno de los oficiales de la marina! Hay una serie de puntos extraños. Conan, quien empieza con la investigación, descubre que está abordó el espía "X". ¿Quién es el espía "X"? ¿Cuál es su relación con el barco? La sombra del espía que se acerca hacia Conan y los demás... ¡Dentro de esta nave se esconde un gran secreto que supera la imaginación y hará temblar a todo Japón!

Bối cảnh phim xảy ra trên con tàu Aegis hiện đại, trên tàu có đầy đủ lực lượng của Bộ quốc phòng cũng như của Lực lượng tự vệ bờ biển Nhật Bản. Ran bị đe dọa, và Conan bắt buộc phải đối đầu với một tên tội phạm nguy hiểm.