丰国商事在北海道纹别地区一直进行着森林采伐，作为现场监督人员的后藤裕一无意中发现了隐藏在这片森林之 中的古代遗迹并将埋藏在这片遗迹中的一枚盾牌拿了回去。

在神秘的嬰兒島的洞穴裏，神獸摩斯拉產下一枚卵，象徵新的生命即將誕生。 建設公司為了開發環境而砍伐森林，無意間挖到了不知名的遺跡，負責人取走了金屬徽章，打算帶回家做成項鍊送給女兒。 貝魯貝拉因而追到家中，把負責人妻子真紀子綑綁並控制女兒若葉，與莫兒和大樹等人激戰後把家裏弄得一團亂。 看到新聞報導的畫面便前往現場，解除帝斯基多拉的封印。 貝魯貝拉控制後藤炸毀封印後使帝斯基多拉重見天日， 小美人莫兒與蘿拉無奈之下召喚剛生產完身體還很虛弱的摩斯拉前來阻止怪獸的破壞， 同時卵中的幼蟲似乎感應到母親的危機，隨即破殼而出前往現場。 親摩斯拉壽命將盡，子摩斯拉甫出生便重傷連連，一番激戰後，親摩斯拉誘導帝斯基多拉打破水壩， 然後親摩斯拉趁此機會帶着子摩斯拉得以趁亂脫離戰場，親子在海上一陣交談後，親摩斯拉生命也走到了盡頭。 帝斯基多拉吸收大自然的生命力後長出雙翼，持續破壞環境。 子摩斯拉前往充滿神木的小島進化成為新生摩斯拉後，回到日本與帝斯基多拉決戰。 激戰後成功將邪獸重新封印，且從萬年神木得到新的力量，將毀壞的大地恢復原狀。

A new Mothra takes to the air and battles against Desghidorah to save all of humanity.

Un nouveau Mothra prend son envol et doit combattre Death Ghidora pour sauver l'humanité.

Bei Waldrodungsarbeiten auf einer japanischen Insel wird das Siegel der Elias unvorsichtigerweise von seinem angestammten Platz entfernt. Die böse Fee Belvera bringt es in ihren Besitz und lässt mit seiner Hilfe den dreiköpfigen Monsterdrachen Desighidora auf die Menschheit los. Die beiden guten Feen Lora und Moll rufen die alternde Riesenmotte Mothra zu Hilfe, die sich Desighidora jedoch kaum gewachsen zeigt. Glücklicherweise hat sie jedoch kurz zuvor für Nachkommenschaft gesorgt. (Video.de)

森林伐採の現場監督の後藤裕一は森の中で古代遺跡を発見し埋め込まれていたメダルを外す。その遺跡は妖精のエリアス族のもので、昔、地球を滅ぼそうとした宇宙怪獣デスギドラを閉じ込めた封印だった。そうとは知らない裕一はそれを持ちかえり、娘・若葉にペンダントとして与えた。エリアス族末裔の小人姉妹に「エリアスの盾と封印の意味」を知らされた後藤一家は姉妹と共に紋別へ行くが、そこには巨大な岩隗が出現していた。大樹の協力でエリアスの盾を奪還した姉妹だが、ついに岩隗からデスギドラが復活してしまう。

Durante uma escavação, funcionários de uma mineradora acham um simbolo estranho entre as rochas. Um selo magico que guarda ali, uma grande criatura que há muitos anos aterrorizou a terra, chamada Desghidorah. A quebra do selo liberta o monstro que mais uma vez, causa destruição e pânico. É chegada a hora de mais uma vez, Mothra, surgir para defender o planeta. Mas, Mothra se encontra em estado crítico, pois ela está muito velha e gastou energia para gerar um ovo. Tem inicio uma batalha entre gigantes monstros, onde o resultado decidirá o futuro do planeta.

Японские шахтёры случайно вызволяют из подземного плена огромного трёхголового монстра Десгидору, ранее уже успевшего уничтожить марсианскую цивилизацию. На битву с Десгидорой выдвигается извечная защитница Японии — гигантская бабочка Мотра.

Diminutos hermanos gemelos usan una mariposa negra para enfrentar a su malvada hermana y una bestia.