经历了严苛的考验，笠原郁（荣仓奈奈 饰）逐渐成长为一名优秀的图书队特遣队队员。而在小田原图书馆守卫战之后，她似乎终于发现，多年来始终念兹在兹的王子殿下正是那位经常摆着一张臭脸的教官堂上笃（冈田准一 饰）。某天，郁的父母意外来访，她手忙脚乱，因为她始终未将自己真正的工作告诉他们。因病失聪的女孩中泽球江（土屋太凤 饰）多年来一直暗恋大哥哥一样的小牧干久（田中圭 饰），可谁知小牧被良化队指控向残疾人传播了有害身心健康的书籍而遭到被捕。另一方面，名叫朝比奈修二（中村苍 饰）的博物馆研究员接近柴崎麻子（栗山千明 饰），他和善的笑容背后另有企图。手冢光（福士苍汰 饰）接二连三接到神秘电话，来电者掌握着图书队未来的命运……

2019年，日本政府成立「媒體良化組織」，立法對書籍實施管制、銷毀。圖書館為了捍衛閱讀自由，成立武裝組織「圖書隊」。此時，即將舉行「藝術之祭」展覽，會場將展示世上僅剩一本的珍貴書籍，於是圖書隊決定出動守護這本書。沒想到「媒體良化組織」突然發動猛烈攻擊，使圖書隊面臨前所未有的危機！

Set 18 months after movie "Library Wars." After the government's enactment of the Media Betterment Act, battles wage between the Betterment Squads and the Library Defense. The Library Defense resists censorship and advocates freedom of expression. The biggest battle awaits for the Library Defense.

年号が昭和から正化になってから33年、関東図書隊のタスクフォース所属の堂上篤と笠原郁は、日々理不尽な検閲から図書を守るため奮闘。彼ら図書隊は、全てのメディアを取り締まりの対象とするメディア良化委員会と激しいつばぜり合いを展開していた。読書と表現の自由を守るべく体を張る彼らを、予想外の戦闘が待ち受けていた。

어느 날 도서대 특수부대의 카오루 일행은 세상에 한 권밖에 존재하지 않는 ‘도서관법규요람’의 일반전시가 열리는 예술 축제 회장에서 경비를 맡는다. 간단한 임무라고 생각했는데 그 명령 뒤에는 도서대를 해산하기 위한 목적을 지닌 테츠카 히카루의 형 사토시의 음모인데 ...