二十四世纪初期，突然出现了一个力图消灭战争的私设武装组织“天人”。“天人”凭借高达强力介入国际事务，虽然一度遭遇组织崩溃的危机，但依然促成了地球联邦的诞生。地球联邦政府成立后，经过独立治安部队失控的插曲，终于形成了不依赖武力的社会。 然而和平似乎总是不长久的，西历2314年，危机再度降临。130年前废弃的木星探测船接近地球圈，揭开了关乎人类存亡的大战的序幕……

故事延續靈魂人物剎那·F·塞耶上回與變革者首腦－里朋斯·阿爾馬克最終決戰結束後，過了兩年，也就是西元2314年，地球上空突然出現一艘沒有生命反應的木星探查船…。原來，這是一艘遠在130年前已製就太陽爐的探查船。 正當大家對它卸下設防，誰知，突然冒出未知物體，也就是ELS（Extraterrestrial Livingmetal Shapeshifter）。它企圖強行佔領地球…，更可怕的是，毀滅人類，更是它欲同步進行的殘忍行動。 眼看情況危及，剎那立刻偕同天上人成員，和地球聯邦軍組成保衛地球的大軍…，奮力向前與ELS一決生死，只為地球的將來著想。

故事延續靈魂人物剎那·F·塞爾上回與變革者首腦－里朋斯·阿爾馬克最終決戰結束後，過了兩年，也就是西元2314年，地球上空突然出現一艘沒有生命反應的木星探查船…。原來，這是一艘遠在130年前已製就太陽爐的探查船。 正當大家對它卸下設防，誰知，突然冒出未知物體，也就是ELS（Extraterrestrial Livingmetal Shapeshifter）。它企圖強行佔領地球…，更可怕的是，毀滅人類，更是它欲同步進行的殘忍行動。 眼看情況危及，剎那立刻偕同天上人成員，和地球聯邦軍組成保衛地球的大軍…，奮力向前與ELS一決生死，只為地球的將來著想。

We zitten in het jaar 2314, 2 jaar nadat de A-LAWs zijn verslagen. De New Earth Federation heeft vrede proberen te realiseren via de afschaffing van wapens op de planeet. Een lang vergeten ruimteschip dat naar Jupiter was gestuurd 130 jaar geleden komt terug zonder een schijnbaar teken van leven. Maar ondertussen zit er een nieuwe buitenaardse bedreiging aan boord; de Extraterrestrial Living-metal Shapeshifters (ELS). De Celestial Being komt terug om de aarde en de mensheid tegen deze nieuwe dreiging te beschermen.

The year is 2314 AD, two years have passed since the defeat of the Innovators and the exposure of the A-Laws' crimes against humanity. The A-Laws have been abolished and their infrastructure integrated into the Earth Sphere Federation Army. However, the world's exposure to GN Particles has resulted in many people awakening as True Innovators. Celestial Being has returned to the shadows to rebuild and quietly observe the infantile peace. However, an abandoned probe from an expedition to Jupiter 130 years ago approaches Earth bringing a new crisis with it, one that threatens all of mankind. While Celestial Being begins their final mission to save humanity from an unimaginable threat, Gundam Meister Setsuna F. Seiei is about to discover the true purpose of his evolution as an Innovator. Aeolia Schenberg's plan has moved into its final stage...

L'histoire se déroule en 2314, soit deux ans après la défaite des A-Laws et des Innovades menés par Ribbons Almark lors de la saison 2 de Gundam 00. Les Celestial Beings continuent de veiller sur la paix fragile qui s'est installé. Sur Terre, Saji Crossroad continue de veiller au chevet de Louise Halevy qui est toujours hospitalisée suite au traumatisme vécu lors de la dernière guerre, alors que dans l'espace, la princesse Marina Ismail et Shirin Bakthiar du Royaume d'Azadiztan supervisent la construction d'une nouvelle colonie spatiale. Un vaisseau d’exploration abandonné il y a 130 ans à côté de Jupiter a quitté son orbite et retourne vers la Terre. Le vaisseau est détruit mais des débris retombent sur Terre et d'étranges phénomènes commencent alors à se produire. Afin de mettre un terme à la guerre qui se prépare, Setsuna F. Seiei devra découvrir le véritable but de son évolution en tant qu’Innovator et ce à quoi Aeolia Schenberg comptait préparer l’humanité.

Im Jahr AD 2314 reist eine unbekannte Alienrasse in das Sonnensystem. Auf ihrem Weg stößt diese im Orbit vom Jupiter auf eine heruntergekommene Forschungsraumstation. Die Aliens assimilieren die Raumstation und senden diese als Speerspitze ihrer Streitkräfte in Richtung Erde. Seit dem Sieg über die Innovators und A-Laws etablierte die Erdallianz, die aus ihren Fehlern gelernt hat, eine pazifistische und friedliche Politik, um die Probleme der Welt zu lösen. Zwei Jahre nach den Ereignissen aus Staffel 2 reisen Marina Ismail und Shirin Bakthiar in einem Shuttle zu einer Kolonie. Auf dem Weg wird ihr Shuttle von einem Attentäter angegriffen. Ehe das Shuttle vernichtet wird, erscheint Setsuna F. Seiei und beschützt diese. Um seine Identität als Mitglied von Celestial Being zu verschleiern, nutzt er hierfür nicht seinen Gundam, sondern einen angepassten Flag. Kurz drauf entdeckt die Erdföderation die in Richtung Erde fliegende Raumstation.

E' l'anno 2134 AD. Due anni sono passati dalla sconfitta degli Innovators. L'A-Laws è stata destituita e la sua tecnologia è stata integrata nel nuovo esercito. Tuttavia l'esposizione planetaria alle particelle GN ha comportato il risveglio di molte persone come "True Innovators". I Celestial Being sono tornati come osservatori, giusto in tempo per affrontare una nuova sfida: una sonda gioviana abbandonata è in rotta verso la terra, portando con se un nuovo pericolo per l'umanità. Sarà lo stimolo per innescare l'ultima fase del proggetto di Aeolia Schenberg?

イノベイドの力による支配で地球人類を導こうとしたリボンズ・アルマークとソレスタルビーイング（CB）の死闘は、真のイノベイターへの覚醒を遂げて人間同士の相互理解への道を示した、刹那・F・セイエイの勝利によって幕を閉じた。情報操作によって悪行を隠蔽し続けていた独立治安維持部隊アロウズは解体され、世界は再編成された地球連邦平和維持軍（連邦軍）の下で、ようやく真の平和へ向けて歩み始めたのだった。 それから2年後の西暦2314年。表舞台から姿を消したCBの刹那やロックオン・ストラトス達は戦争の抑止力となるべく、密かに活動を続けていた。しかし、新たな戦争の火種が迫りつつあった。発端は、130年前に廃船となったはずの木星探査船「エウロパ」の地球圏への漂着。エウロパには一切の生体反応が無かったが、地球への突入を防ぐために連邦軍のイノベイターであるデカルト・シャーマン大尉の手で破壊された。しかし、この一件以降、無人の乗り物の暴走、イノベイターへ覚醒しつつある人々への脳量子波の干渉、人体へ寄生する謎の金属生命体の発見などの怪事件が頻発し始めた。 新たな戦いを予期したCBは、謎の金属生命体の調査を開始する。

지구연방 신정부의 유화정책에 의해 점차 평화를 되찾아가는 세계. 거기에 CB의 모습은 보이지 않았다. 목성에서 돌연 나타나 지구를 향하는 지구 외 변이성 금속체 ELS의 대군, 그리고 아직 외계 종족과의 대화의 준비를 갖추지 못한 인류. 대화에 앞서 생존을 위해, 그리고 어쩌면 가능할지도 모르는 대화를 위해 CB와 건담 마이스터들은 다시금 싸움터로 향한다.

A série começa em 2307 AD. AD do calendário Gregoriano. Nesta era os combustíveis fósseis acabaram e a humanidade na Terra, dividida basicamente entre três grandes blocos de poder, a Aliança Econômica Internacional ou UNION centralizada nos Estados Unidos, a Liga Reformista da Humanidade centralizada na China, Rússia e Índia, e a nova União Européia, AEU, desenvolveu um sistema de captação de energia solar composto por um anel externo no planeta com aproximadamente 50 mil quilômetros de comprimento. Mesmo no século XXIII a humanidade continua criando conflitos entre os blocos de poder e, cansados deste cenário de guerras sem fim, uma organização paramilitar possuindo 4 mobile suits chamados Gundam, resolveu lutar para unificar o mundo em um único bloco e acabar com todos as guerras de uma vez por todas. Esta organização se chama Celestial Being.

Es el año 2314 D. C. Han pasado dos años desde la derrota a la despiadada A-LAWS, y el nuevo gobierno de la Federación de la esfera terrestre ha buscado la paz mediante el establecimiento de un mundo libre de armas. Sin embargo, una nave olvidada que fue enviada a Júpiter hace 130 años de alguna manera vuelve a la Tierra, aparentemente sin signos de vida a bordo, sin embargo trae consigo una nueva y peligrosa amenaza alienígena, las formas de vida de metal cambia formas Extraterrestrial Livingmetal Shapeshifter (ELS), que comienzan a asimilar la tecnología de la Tierra y sus habitantes. Ahora, con la humanidad en peligro de la destrucción total, Celestial Being hace su retorno a defender a la tierra en contra de la invasión de los ELS extraterrestre en lo que parece será la última batalla.

Es el año 2314 d. C. Han pasado dos años desde la derrota a la despiadada A-LAWS, y el nuevo gobierno de la Federación de la esfera terrestre ha buscado la paz mediante el establecimiento de un mundo libre de armas. Sin embargo, una nave olvidada que fue enviada a Júpiter hace 130 años de alguna manera vuelve a la Tierra, aparentemente sin signos de vida a bordo, sin embargo trae consigo una nueva y peligrosa amenaza alienígena, las formas de vida de metal cambiaformas (ELS), que comienzan a asimilar la tecnología de la Tierra y sus habitantes. Ahora, con la humanidad en peligro de la destrucción total, Celestial hace su retorno a defender a la tierra en contra de la invasión de los ELS.