哥斯拉破坏日本多年，〈G对策总部〉发明黑洞炮对付，工藤（谷原章介）和吉泽乃佳（田中美里）也受命全力进行。。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。

1954年，經由核子試爆誕生的魔獸-哥吉拉在東京上陸，從二次大戰戰火中重新繁榮起來的首都一夜之間再度化為廢墟。由於東京遭到嚴重破壞，於是日本政府決定遷都大阪，新生的日本再度重新振作。

In an alternate timeline the original Godzilla is never defeated and repeatedly reemerges to feed on Japan's energy sources. A new inter-dimensional weapon called the Dimension Tide is created with the intent of eliminating Godzilla. However, the new weapon might also serve as a gateway to something far more sinister.

Aujourd'hui, l'équipe de militaires et de scientifiques spécialement désignée pour annihiler Godzilla pense avoir trouvé la solution : aspirer ce dernier dans un trou noir miniature, le confinant ainsi dans une prison dont il ne pourra plus jamais s'échapper. Mais après un premier essai à première vue réussi, un petit imprévu survient alors que toute l'équipe a déjà plié bagages. Le trou noir ne s'étant, malgré les apparences, pas tout à fait refermé, un énorme insecte ailé en émerge et pond un œuf avant de repartir. Un enfant s'en empare et, par un concours de circonstances, est amené à le cacher dans les égouts. L'œuf finit par éclore et bientôt, une gigantesque méganula arpente la ville à la recherche de nourriture.

Um den permanenten Angriffen Godzillas auf Japans Städte ein Ende zu bereiten wird das G-War Hauptquartier eingerichtet. Dort entwickelt man eine Anti-Godzilla-Bombe die ein schwarzes Loch erzeugt, das das grüne Monster aufsaugen soll. Während eines letzten Tests unterläuft ein Fehler und das Tor zu einer anderen Dimension wird geöffnet. Heraus kommt eine Riesenlarve aus der nach kurzer Zeit 5-Meter-lange Riesenlibellen schlüpfen, die Meganulas. Sie sammeln Energie und pumpen sie in eine weitere Larve aus der schließlich jenes Monster schlüpft mit dem selbst Godzilla nicht gerechnet hätte: Megaguirus ein gigantischer Riesenkäfer. Der will sofort Godzillas Energie anzapfen und so wird Japan schließlich zum Schlachtfeld auf dem sich Godzilla, Megaguirus und die Menschheit gegenüber stehen...

Nella città di Tokyo un'arma satellitare apre un varco temporale dal presente al passato, attraverso il quale arriva un uovo argentato dal quale nasce una libellula gigante (identica alle larve del film Rodan) che arriva nella città e deposita un agglomerato di uova da cui nascono centinaia di insetti giganti. Alcuni di essi prelevano del sangue di Godzilla, nel frattempo giunto in città. Dopo un primo duello con Godzilla gli insetti si uniscono insieme al D.N.A di Godzilla facendo nascere Megagurius, un insetto gigante che ricorda molto la sorella di Mothra, Battra, anche se più spaventosa. Nel duello finale Godzilla sconfiggerà Megaguirus con un potentissimo raggio atomico salvando la città.

ゴジラシリーズ第24作、「ミレニアムシリーズ」第2作。1954年のゴジラ襲来により、大阪に首都を遷都した日本は度重なるゴジラ襲来により原子力発電を永久放棄していた。2001年、ゴジラ襲来に備え開発されたブラックホール砲“ディメンション・タイド”。だがその実験後、時空の歪みから現れた古代の巨大昆虫は卵を産み落とし、それは少年の手によって東京・渋谷に運び込まれた。卵から孵化した無数のメガヌロンは渋谷を水没させると、成虫のメガニューラに変態、日本に迫りつつあったゴジラと激突した。

1954년 이후, 연이은 고지라의 공격으로 인해 피폐해진 일본은 수도를 도쿄에서 오사카로 옮겨 고지라를 자극하지 않을 새로운 에너지 개발에 고심하지만, 총리의 명령으로 극비리에 시도한 플라즈마 발전 에너지를 감지한 고지라에 의해 오사카가 습격당한다. 당시, 자위대 특수부대원들이 필사적으로 고지라에 대항해보지만 역부족이었고, 이 때 당시 자위대 특수부대의 생존자였던 츠지모리 키리코는 대 고지라 섬멸조직인 G 그래스퍼의 대장으로 취임하게 되고, 상부조직인 G 대책본부에서는 고지라를 통째로 소멸시키기 위한 블랙홀 병기 ‘디멘션 타이드’의 개발이 이루어지게 된다. 그리고 디멘션 타이드의 완성을 위해, 아키하바라 상점가에 틀어박혀 있던 젊은 천재과학자 쿠도를 초빙한다.

Godzilla wraca, by raz jeszcze sterroryzować Tokio! Tym razem ludzie uzbrojeni są w nową broń, która otwiera "czarne dziury" w przestrzeni. Do jednej z nich chcą zwabić legendarnego jaszczura. Zamiast tego sprowadzają na ziemię plagę gigantycznych ważek. Zaczyna się bitwa, w której naprzeciw słynnego gada stają ludzie i matka krwiożerczych owadów - Megaguirus.

Um dispositivo de buraco negro é criado no Japão e novos inimigos surgem para o famoso monstro.

Чтобы сражаться с Годзиллой, японские ученые сконструировали два новых вида оружия — высокотехнологичный корабль Грифон и устройство «Приливная волна». Испытание «Приливной волны» совпадает по времени с появлением Мегануронов — стрекозообразных существ, которые питаются энергией человека. Королева Мегагирус, повелительница Мегануронов, монстр высотой метров в 60, готовится напасть на Годзиллу, чтобы поглотить ее энергию. Люди здесь, может показаться, совсем ни при чем, однако от исхода битвы двух супергигантов зависит судьба человечества…

En su búsqueda de alimento radioactivo, Godzilla ha destruido ciudades y plantas nucleares Japonesas a lo largo de la segunda mitad del siglo XX. Para detenerlo, se creó el Cuartel G-War, un centro de investigación apoyado por el equipo de combate G-Graspers. Su última arma, el Dimension Tide, tiene como objetivo encerrar a Godzilla en el interior de un Agujero Negro.

Godzilla enfrenta una doble amenaza, una arma nueva y un insecto gigantesco inventados por científicos japoneses.