After the events of the previous film, the 17 years-old Sukeban Deka III, Yui Kazama, works for the Juvenile Security Bureau along with her older sisters Yuka and Yuma. This organization is led by politician Kuraudo Sekin, who fights juvenile crime in heavy-handed manners, to the extent to equip his student agents with triple-bladed yo-yo weapons. However, when Sekin's methods become too zealous, Yui quits the bureau and refuses to undertake undercover missions for them. It is soon discovered that Sekin's actual goal is to overthrow the Japanese government, and the Kazama sisters, along with a gang of young outcasts, have to stop him.

Asamiya Saki wirft ihren Posten hin: Sie kann nicht länger mit ansehen wie brutal die Schülerpolizei gegen jugendliche Kleinkriminelle vorgeht. Als sie erfährt, dass hinter alldem der machthungrige Leiter des Jugendordnungsamtes Kurando Sekine steckt und dieser einen perfiden Plan hegt, kehrt sie zurück. Gemeinsam mit der »Außenseiter-Kommune« kämpft sie gegen ihre ehemaligen Kollegen erneut für Gerechtigkeit und Ordnung.

初代は囚われの母のために戦った。二代目は青春を奪い去った鉄仮面の謎に挑んだ。そして三代目は二人の姉と共に凶星輝く邪悪な時代に立ち向かった── 警察が介入できない学生たちの取締りを強化するために組織された青少年治安局。関根蔵人を中心とする学生刑事たちは、正義の名の下に強引な粛清を繰り返す。暗闇司令の指示で学生刑事に加わっていた唯は、リーダー・阿川瞳子と対立、故郷、九州に帰ってしまう。しかし、青少年治安局の真の目的は国家に対する無差別テロだった。結花が、由真が、そして暗闇司令までもが関根蔵人に捕らえられた。唯は今、最大の敵に立ち向かう。

"청소년 치안국"이라는 국가 기관이 설립되고, 그 기관의 학생 형사 10인방이 무자비하게 불량 청소년들을 사냥한다. 그러나 이러한 방식에 반발하여 학생 형사에서 탈퇴한 스케반 형사 유이는, 이 모든 것이 치안국장인 쿠라히토의 쿠데타 계획의 일환이라는 것을 알게 된다. 유이와 그녀의 동료들은 이를 막기 위해 치안국과 싸우게 되는데, 결국 유이는 쿠라히토를 물리치고 모두를 구해낸다.