时为弘化年间（19世纪40年代），幕府将军德川家庆的异母弟弟——明石藩藩主松平齐昭（菅貫太郎 饰）骄纵跋扈，冷酷无情。虽则如此，齐昭却仕途顺利，即将成为幕府老中。为免苍生受其荼毒，笔头老中土井（丹波哲郎 饰）密令旗本岛田新左卫门（片岡千恵蔵 饰）刺杀齐昭。岛田领命，召集仓永左平太（嵐寛寿郎 饰）、平山九十郎（西村晃 饰）、新六郎（里見浩太朗 饰）等十数人组成刺客部队。不久，齐昭参勤完毕，启程归国。岛田等中伺机而动，明石藩武士鬼头半兵卫（内田良平 饰）则绞尽脑汁，全力护主。宿命之战将在落合驿全面展开……

A sadistic Daimyo (feudal lord) rapes a woman and murders both her and her husband, but even when one of his own vassals commits suicide to bring attention to the crime, the matter is quickly hushed up. Not only will there be no punishment, but because the Daimyo is the Shogun's younger brother, he will soon be appointed to a high political position from which he could wreak even more havoc. Convinced that the fate of the Shogunate hangs in the balance, a plot is hatched to assassinate the Daimyo. The two most brilliant strategic minds of their generation find themselves pitted against each other; one is tasked to defend a man he despises, and has a small army at his disposal. The other is given a suicide mission, and has 12 brave men. They are the 13 Assassins.

Un groupe d'assassins se réunit pour une mission suicide dans le but de tuer un seigneur cruel.

Um Daimyo (senhor feudal) sádico estupra uma mulher e mata ela e seu marido, mas mesmo quando um de seus vassalos comete suicídio para chamar a atenção para o crime, o assunto é rapidamente silenciado. Não apenas não haverá punição, mas como o Daimyo é o irmão mais novo do Shogun, ele será nomeado em breve para um alto cargo político, da qual poderá causar ainda mais estragos. Convencido de que o destino do Shogunato está na balança, uma trama é planejada para assassinar o Daimyo. As duas mentes estratégicas mais brilhantes de sua geração se enfrentam; alguém é encarregado de defender um homem que despreza e tem um pequeno exército à sua disposição. O outro recebe uma missão suicida e tem 12 homens corajosos. Eles são os 13 assassinos.