羊村里发现了一只生病的蜗牛，羊羊们抢救蜗牛，慢羊羊村长准备用热缩喷雾把喜羊羊缩小，然后潜入到蜗牛体内给蜗牛治病，但这个计划被灰太狼知道，为了抓住喜羊羊，他也把自己缩小，潜入了蜗牛体内。喜羊羊和灰太狼都进入了蜗牛身体里后，才发现原来生病的蜗牛体内有很多细菌，里面正爆发着一场轰动的细菌大战，这些细菌也分成白色和黑色两派，最终，喜羊羊带领着白细菌，跟灰太狼带领的黑细菌展开了斗争。电影版的故事没有那么简单直白，到最后故事的主轴已经不是羊和狼，而是细菌。其实每个人体内都有很多细菌，黑白细菌的斗争，只是相互获得一个平衡，但他们之间还存在着一个黄细菌，这个黄细菌结合了黑白细菌的力量，所以更加强大，但同时，他又相当高傲，看不起所有人，所以剧情发展到最后，黄细菌就成了电影里最大的反派。至于喜羊羊和灰太狼，最终共同去对付这个更加可恶的黄细菌。