人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的帮助下，铁郎穿过一道道火线，经过几番周折，终于登上了久违的银河铁道999号，重新开始了一段漫长、孤独而又充满惊险的宇宙旅程…… 　　本片为《银河铁道999》第三部剧场版动画。

铁郎在外旅行一年后回到了地球，却被总督波尔加扎达三世当成是危险分子即将处死。危急时刻，999号救了铁郎。在999号列车上，铁郎与美特尔重复，除了列车长和柯莱尔这些老朋友之外，铁郎还认识了电子精灵嘉农和小猫阿咪。他们为了与宇宙的黑暗支配者抗争，一同踏上了新的旅程。 通过太阳系后，999号朝着下一站行星泰克诺罗吉亚驶去。不料由于途中发生轨道异常，列车只得紧急停靠在了小行星百年灵萤火虫上。黑暗支配者的手下女骑士赫尔美莎丽亚坐着战舰突然出现。为了不连累小行星上的少女伊赛尔，大家决定次日就出发。然而，就在列车驶离小行星的刹那，小行星在赫尔美莎丽亚的攻击下发生了大爆炸。紧追不舍的赫尔美莎丽亚被哈洛克舰长所阻挡，双方展开了炮击战。999趁乱逃了出来，他们面临着更强大的敌人和前途难测的旅程…… 本片为《银河铁道999》第三部剧场版动画。

Tetsuro believed he was freeing the Earth from the clutches of the Metanoid Empire’s tyranny. Yet one year after his return, Tetsuro is a prisoner of a new tyrant, and this one human! However, before worse than imprisonment can happen to the boy, Maetel and the 999 swoop into the boy’s rescue. With his freedom, gun, and trusty hat returned to him, Tetsuro reaffirms his desire to save his home. But a new darkness is rising to swallow the light, and one of its agents has him in her sights. Before the train can depart for a new destination, Tetsuro will have to face the deadly knight Helmazaria!

Un an après les événements survenus dans Galaxy Express 999, Tetsuro, toujours en compagnie de Maetel, reprennent la route en direction de la planète Eternal.

Der Film knüpft ein Jahr nach den Ereignissen von Galaxy Express 999 an. Der junge Tetsuro und seine fürsorgliche Begleiterin Matel versuchen das Universum von dem Mechanized Empire, welches die Erde besetzt, zu befreien.

Subito dopo essere salito per l'ultima volta sul Galaxy Express 999, Tetsurou Hoshino è stato incarcerato. Il treno galattico sta per fare la sua fermata di 24 ore sulla Terra, che ora è governata da un nuovo dittatore, ancora più terribile, che ha preso il posto degli uomini meccanici che la dominavano in precedenza, e contro i quali Tetsurou aveva combattuto con valore. Bolkazanda III, il nuovo governatore della Terra, è in realtà il fantoccio di un misterioso dominatore, che non ha alcuna pietà per la razza umana. Tetsurou, che nel frattempo si è fatto crescere una folta chioma, viene aiutato da una ragazza che assomiglia molto alla madre scomparsa, fino al giorno in cui la fanciulla viene imprigionata in un blocco di ghiaccio...

かつての機械帝国は滅び、人間の手で繁栄しているかに見えていた地球。だが、新たなる支配者が現れ、人々はその圧政に苦しんでいた。かつての英雄、鉄郎もいまや危険分子として幽閉されていた。鉄郎は脱走を試みるが、すぐに見つかってしまい、総督ボルカザンダⅢ世に処刑されようとしていた。その時、懐かしい汽笛の音が鉄郎に近づいてきた。メーテルを乗せて９９９が鉄郎を助けに来たのだ。１年ぶりの再会に感動する鉄郎とメーテル。取り上げられていた戦士の銃を再びメーテルから受け取った鉄郎は、再び遥かなる宇宙への旅立つのだった。

1998년 공개된 세 번째 극장판. 기계인간의 멸망 이후 무기질 생명체인 메타노이드가 새로운 적으로 등장한 우주를 배경으로 하기 때문에 스토리가 기존 1, 2기 극장판이나 TV판과는 직접적으로 연결되지 않지만.[17] 원작과 차이가 많은 극장판 1,2 보다는 TV판과 이어진다고 보는것이 타당할 것이다. 내용은 1996년부터 다시 연재된 은하철도 999의 새로운 시리즈[18]를 토대로, 여기 등장한 에피소드 2~3가지를 각색해서 만들었다. 그래서 이전 극장판에는 청소년풍이었던 테츠로의 캐릭터 디자인이 원작이나 TV판과 같이 둥글둥글한 이미지로 돌아갔다. 하지만 팬들에게는 흑역사 취급을 받고 있다. 러닝 타임이 50분밖에 안 되는데다 스토리가 완결되지 않고 다음 편을 기다려 달라는 자막으로 마무리되기 때문이다. 심지어 다음편은 나오지 않았다. 작화는 CG를 쓰는 등 그 당시 기준으로 최상급이었지만 스토리가 문제였던 작품.

Baseado na história do mestre de mangá Leiji Matsumoto (O Cockpit, Rainha Emeraldas), a curta-metragem de 55 minutos continua um ano após os eventos do Expresso da Galáxia 999, no qual um garoto chamado Tetsuro e seu companheiro Matel trabalham em conjunto para livrar o universo do Império Mecanizado que havia dominado a Terra.

Галактический экспресс - космический челнок сделанный в ретро стиле начало ХХ века, этакая ностальгия по прошлому, безвозвратно утерянному. Ведь на борту его люди делающие шаг к бесконечности жизни и поезд место где ты оставляешь частичку себя, потому что на последней остановке назад пути не будет.

Фильм затрагивающий аспекты психологии любого человека в любом возрасте, ведь каждый когда то думал в детстве что бессмертен, а понимание того что смерть рано или поздно настигнет, повергает в шок. Но что такое бесконечность бытия в сравнении с коротким периодом с названием жизнь, где каждый миг существования поневоле приходиться ценить, потому что большего нам не дано и мы не боги в конце концов чтобы жить бесконечно. Вот и наш герой с каждой остановкой галактического экспресса попадает в различные авантюры, и вскоре приходит к переосмысливанию ценностей.

La acción de Galaxy Express 999 Fantasía Eterna se desarrolla 1 año después de la vuelta de Tetsuro a la Tierra. Maetel rescatará a un aprisionado Tetsuro y lo embarcará un vez más a bordo del GE999. Juntos tendrán la obligación de liberar la galaxia de las fuerzas oscuras.