Shikidouji, the illustrator of Shoji Gatoh's Full Metal Panic! light novel series, revealed that production has been green-lit on a "director's cut" version of the first Full Metal Panic!! television anime series from 2002. The director's cut will consist of three films. The announcement does not state if the film trilogy will add new footage. (Source: ANN)

夏。任務のことしか頭にないと思っていた宗介から、突然「2人で南の島へ行こう」と誘われたかなめは動揺とときめきを隠せない。だが、2人がやって来たのはミスリルの潜水艦トゥアハー・デ・ダナン。クルーたちから盛大な歓迎を受けるかなめだが、同艦の女性艦長テッサと宗介との関係が気になるかなめは複雑な想いを抱く。そんな中、死んだと思われていたテロリストのガウルンが現われ、艦をシージャックしてしまう。

전쟁 매니아 사가라 소스케, 그와 절묘한 호흡을 이루는 치도리 카나메, 그리고 삼각 관계에 본격적으로 돌입한 테레사 테스타롯사 앞에 죽은 줄로만 알았던 가우룽이 다시 나타난다. 가우룽이 체포되면서 끝날 줄만 알았던 투아하 데 다난에 절체 절명의 위기에 다가온다. 세계에 얼마 없는 위스퍼드 능력자인 치도리 카나메와 테레사 테스타롯사, 그리고 사가라 소스케는 이 상황을 어떻게 타개할 것인가!

กองกำลังปริศนาที่เรียกตนเองว่า มิธริล (Mithril) ได้เข้าแทรกแซงสงครามและการก่อการร้ายทั่วโลก เพื่อความสงบสุขและใช้เทคโนโลยีที่ล้ำสมัยกว่า มีการบริหารโดยคนที่มีความสามารถที่เรียกว่า Whispered ที่มีพรสวรรค์และความรู้ในด้านเครื่องจักรกลดีกว่าคนทั่วไป ซาการะ โซสึเกะ พลทหารวัย 17 ปี ได้รับภารกิจให้ไปปกป้อง คานาเมะ จิโดริ นักเรียนมัธยมปลายหญิงที่มีคุณสมบัติของ Whispered ที่อาจตกเป็นเป้าของการก่อการร้าย โดยไม่ให้เธอรู้ตัว อย่างไรก็ตาม โซสึเกะ ที่โตมาจากสงครามตั้งแต่เด็กก่อนได้รับการช่วยเหลือจากมิธริล ทำให้ใช้ชีวิตในรั้วโรงเรียนทีมีความสงบสุขไม่ค่อยเป็นนัก

Trong kỳ nghỉ hè, Chidori đồng ý lời mời của Sousuke đến đảo Merida. Tưởng chừng đây là chuyến du lịch thư giãn với thiên nhiên, nhưng rồi Chidori phát hiện mình và Sousuke thật ra đang trong cuộc phiêu lưu tốc độ nguy hiểm đầy cảm giác mạnh. Tại đây, trong lúc Sousuke và Gauron đánh nhau tại nhà chứa máy bay Tuatha de Danaan, Gauron đã chiếm được chiến hạm và kích hoạt cơ chế tự hủy diệt AS của mình, dẫn đến việc tiêu diệt bản thân và cả Tuatha de Danaan. Với sự giúp đỡ của Kaname, liệu Sousuke có thể loại bỏ AS của Gauron khỏi tàu ngầm trước khi nó nổ tung?