In the far future, peace and violence walk hand in hand. The citizens of Jesus Town, a false utopia ruled by the iron fist of Gurjev and his cyborg enforcer Michael, long for a savior from their veil of peace. While a small band of rebels search for a new weapon to aid in their fight against Gurjev, a dark force begins to stir. Hidden far from civilization lies what could be the answer to everyone's prayers. After a long imprisonment, Hakaider, the Destruction Rider, is discovered by the rebel forces. Kaoru, a member of the rebellion, enlists Hakaider to aid in their fight. Now aware of the new menace, Gurjev seeks to crush the rebels and remove the threat of Hakaider once and for all. Will Hakaider prove to be a long desired savior, or an unstoppable force that will destroy all?

Dans un univers parallèle, la ville de Jesus Town est menée de main de fer par Gurjev qui contrôle les forces de police dirigées par le robot Mickael. C'est alors que survient Hakaider. Robot doté de capacités de combat le rendant redoutable, il entre de force dans la ville et cherche à attaquer Gurjev. Sa route croise alors celle d'un groupe de rebelles...

一見平和な街、ジーザスタウンは、独裁者グルジェフの牛耳る狂気の街だった。逆らうものには容赦なくロボトミー手術が施され、ロボット・ミカエルと重武装兵による恐怖の支配が行われていたのである。長い眠りから覚めたハカイダーは、バイク・ギルティにまたがりジーザスタウンへと突入！　ハカイダーと重武装兵の戦闘が開始された。

Aqui é apresentada uma aventura sombria ambientada em um futuro pós-apocalíptico. Na utópica cidade de Jesus Town, o líder Guljef e seu anjo mecânico Mikhael controlam a população que vive sem vontade própria. Contra eles, um grupo de renegados luta para levar liberdade ao povo. Hakaider, um andróide esquecido, se une a eles. Mesmo lutando pela liberdade e justiça, mostra todo seu lado sanguinário.